786- Q/A: POCT vs. no-POCT en enfermedades infecciosas

Sheldon Campbell, Neil Anderson, Esther Babady, Thomas J S Durant, Ann Fisher, Norman Moore. Q/A: Pruebas de enfermedades infecciosas moleculares centralizadas frente a las pruebas descentralizadas. Oxford-Clin Chem, 2021; 67 (5): 713–719.

Las plataformas moleculares simples y compactas con un rendimiento similar al de las pruebas de laboratorio han creado nuevas oportunidades para acercar las pruebas al paciente, junto con desafíos para el uso inteligente de tales tecnologías. Si bien ha habido pruebas en el lugar de atención (POCT) durante casi 40 años (o más de 3000 años, según sus criterios), para muchos profesionales de laboratorio, el POCT es como un mapa medieval, con océanos y áreas vagamente definidos marcadas “aquí como ser dragones ".

Hubo un tiempo en que los estudiantes de medicina eran responsables de dar a luz a los bebés; era una era diferente en la educación médica. Hoy en día, cualquier mujer sensata querría un obstetra de verdad mirando por encima del hombro de un estudiante. En las pruebas de laboratorio, incluso en las pruebas de rutina simples, la comunidad de laboratorios debe mantener su presencia; pero queda por ver. qué tipo de presencia, y a qué distancia, 

La pandemia de la enfermedad por coronavirus-2019 (COVID-19) ha llevado las pruebas de laboratorio a la conciencia pública como nunca antes. Las escuelas, los lugares de trabajo e incluso los equipos deportivos quieren servicios de prueba rápidos y accesibles. Esta experiencia moldeará las expectativas de los médicos y los pacientes en el futuro. En el mundo posterior a COVID, los modelos de prueba descentralizados se explorarán como nunca antes. Las nuevas tecnologías vienen con oportunidades, riesgos, posibilidades y limitaciones. 

En esta presentación, se les pidió a 5 expertos de diversos entornos clínicos y áreas de especialización que mapeen este nuevo territorio y describan "dónde podrían estar los dragones" para ayudar a los profesionales de laboratorio, medicos y administradores a evaluar los posibles impactos clínicos de las pruebas de enfermedades infecciosas,en pacientes cercanos 

Preguntas a considerar:

1-¿Qué tan completo es el menú de POCT molecular para las enfermedades infecciosas?. 

2- ¿Dónde se utilizan en su sistema de salud y qué impacto han tenido?. 

3- ¿Cuáles son los inconvenientes de las pruebas descentralizadas en las enfermedades infecciosas?. 

4- ¿Existen oportunidades o riesgos específicos para descentralizar las pruebas de COVID-19?. 

5- ¿Cuáles son las limitaciones importantes para su implementación/impacto?. 

6- ¿Cuáles son las probables tendencias futuras en las pruebas descentralizadas de enfermedades infecciosas?

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(*) Una vez que esta en la pagina del articulo, pulsando el botón derecho puede acceder a su  traducción al idioma español. Este blog de bioquímica-clínica está destinado a profesionales bioquímicos y médicos; la información que contiene es de actualización y queda a criterio y responsabilidad de los mencionados profesionales, el uso que le den a la misma. Las páginas de este blog , se renuevan dentro de 4 días en forma automática. Cordiales saludos. 

Dr. Anibal E. Bagnarelli,

Bioquímico-Farmacéutico-UBA.

Ciudad de Buenos Aires, R. Argentina

785- Mucormicosis: actualización

Anna Skiada, Ioannis Pavleas, Maria Drogari-Apiranthitou. Epidemiología y diagnóstico de la mucormicosis: actualización. J Fungi (Basel). 2020 Dec; 6(4): 265. First Department of Medicine, Laiko Hospital, National and Kapodistrian University of Athens, Greece

Resumen

La mucormicosis es una micosis angioinvasiva, debida a hongos del orden Mucorales. Su incidencia no se puede medir con exactitud, ya que hay pocos estudios basados ​​en la población, pero múltiples estudios han demostrado que está aumentando. La prevalencia de mucormicosis en la India es aproximadamente 80 veces mayor que la prevalencia en los países desarrollados, aproximadamente 0,14 casos por 1000 habitantes. La diabetes mellitus es la principal enfermedad subyacente a nivel mundial, especialmente en los países de ingresos bajos y medianos. En los países desarrollados, las enfermedades subyacentes más comunes son las neoplasias hematológicas y el trasplante. La epidemiología de la mucormicosis está evolucionando a medida que se utilizan nuevos agentes inmuno-moduladores en el tratamiento del cáncer y enfermedades autoinmunes, y a medida que las herramientas de diagnóstico modernas conducen a la identificación de géneros/ especies previamente poco comunes como Apophysomyces o complejo Saksenaea . Además, se informan nuevos factores de riesgo de Asia, incluida la tuberculosis pospulmonar y la enfermedad renal crónica. Las nuevas especies emergentes incluyen Rhizopus homothallicus, Thamnostylum lucknowense, Mucor irregularis y Saksenaea erythrospora. El diagnóstico de mucormicosis sigue siendo un desafío. El enfoque clínico del diagnóstico tiene una sensibilidad y una especificidad bajas; sin embargo, ayuda a generar sospechas y a impulsar el inicio de las pruebas de laboratorio. La histopatología, el examen directo y el cultivo siguen siendo herramientas esenciales, aunque los métodos moleculares están mejorando. La región del espaciador transcrito interno (ITS) es la región de ADN más secuenciada para hongos y se recomienda como método de primera línea para la identificación de especies de Mucorales. Se están investigando nuevas plataformas moleculares y se están explorando nuevos objetivos genéticos de hongos. Los métodos de base molecular han ganado aceptación para la confirmación de la infección es cuando se aplican en tejidos. Los métodos de detección de ADN de Mucorales en sangre han mostrado resultados prometedores para un diagnóstico más temprano y rápido y podrían usarse como pruebas de detección en pacientes de alto riesgo, pero deben validarse en estudios clínicos. Se están desarrollando más métodos rápidos y muy necesarios que no requieren procedimientos invasivos, como las pruebas de aliento basadas en la serología o en el punto de atención basado en la metabolómica, y se espera que se evalúen en un futuro próximo.

1. Introducción

La mucormicosis es una micosis angioinvasiva debida a hongos del orden Mucorales. Dependiendo de la presentación clínica se clasifica en rinocerebral, pulmonar, cutánea, gastrointestinal, diseminada u otras, lo que incluye formas raras poco frecuentes, como endocarditis, osteomielitis, peritonitis, renal, etc. La enfermedad fue descrita por primera vez en 1876 cuando Fürbinger describió en Alemania un paciente que murió de cáncer y en el que el pulmón derecho mostró un infarto hemorrágico con hifas fúngicas y algunos esporangios. En 1885, Arnold Paltauf publicó el primer caso de mucormicosis diseminada, al que denominó “Micosis mucorina”. Sus dibujos del agente etiológico mostraron la presencia de esporangióforos y estructuras similares a rizoides, lo que llevó a la conclusión de que la infección probablemente fue causada por el Lichtheimia corymbifera. Con el tiempo, se diagnosticaron más casos y la incidencia de la enfermedad ha aumentado. Actualmente, los hongos Mucorales son los siguientes patógenos de moho más comunes después de Aspergillus , lo que conduce a una enfermedad fúngica invasiva en pacientes con neoplasias malignas o trasplantes. 

La incidencia de mucormicosis también ha aumentado significativamente en pacientes con diabetes, que es el factor de riesgo subyacente más común a nivel mundial. La epidemiología de la mucormicosis está evolucionando a medida que se utilizan nuevos agentes inmunomoduladores en el tratamiento del cáncer y las enfermedades autoinmunes, y a medida que las herramientas de diagnóstico modernas conducen a la identificación de géneros/especies previamente poco comunes, como el Apophysomyces o el complejo Saksenaea . El objetivo de este artículo es presentar una actualización sobre la epidemiología y los métodos de diagnóstico disponibles para esta enfermedad potencialmente letal....

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784- Pruebas IVD para Aspergillus

Jeffrey D. Jenks, Marisa H. Miceli, Juergen Prattes, Toine Mercier, Martin Hoenigl. Ensayo de flujo lateral de Aspergillus para el diagnóstico de aspergilosis invasiva: actualización. Curr Fungal Infect Rep. 2020 Dec 4 : 1–6. Division of General Internal Medicine, University of California San Diego, La Jolla, CA USA

Resumen

Propósito: Revisar los datos del ensayo de flujo lateral de Aspergillus para el diagnóstico de aspergilosis invasiva.

Hallazgos recientes:  El Aspergillus spp. causan un amplio espectro de enfermedades con aspergilosis invasiva (IA) como su manifestación más grave. El diagnóstico temprano y confiable de la enfermedad es crucial para disminuir la morbilidad y la mortalidad asociadas y permitir el inicio rápido del tratamiento para la AI. Más recientemente, las pruebas no basadas en cultivos, como Aspergillus galactomannan (GM), han sido útiles en la identificación temprana y el tratamiento de pacientes con IA. Sin embargo, el costo, el tiempo de respuesta y el rendimiento variable de las poblaciones en riesgo de IA siguen siendo inconvenientes importantes para el uso de esta prueba. Se han desarrollado varias pruebas de diagnóstico para IA, incluida la prueba rápida de ensayo de flujo lateral  Aspergillus GM (GM-LFA) que ha demostrado un rendimiento excelente para el diagnóstico de IA en pacientes con neoplasias hematológicas y puede ser una opción viable para entornos donde la prueba ELISA GM no es factible. La evaluación adicional del GM-LFA en el entorno no hematológico está en curso, incluso en receptores de trasplantes de órganos sólidos y pacientes en la unidad de cuidados intensivos.

Introducción

El Aspergillus spp. es un  hongos ambientales que causan un amplio espectro de infecciones en humanos, incluida la aspergilosis invasiva (IA), la manifestación más grave de la enfermedad. A nivel mundial, la AI causa más de 300.000 infecciones diagnosticadas anualmente, con una tasa de mortalidad que oscila entre el 30 y el 80%. Recientemente, IA también surgió como una complicación en pacientes con enfermedad grave por coronavirus 2019, lo que resultó en altas tasas de mortalidad.

El diagnóstico de AI sigue siendo difícil, especialmente en pacientes que reciben antifúngicos activos contra el moho. El  Aspergillus galactomannan (GM) es un ensayo inmunoabsorbente ligado a enzimas (ELISA) que detecta el polisacárido GM que existe principalmente en la pared celular de las especies de Aspergillus. El ELISA GM se utiliza como criterio micológico para el diagnóstico de IA y se utiliza en muestras de suero o líquido broncoalveolar (BALF). 

En todas las poblaciones de pacientes, ELISA GM es más sensible que el cultivo, con una sensibilidad y especificidad de la sangre del 82% y 81%, respectivamente, mientras que el ELISA GM en BALF ha mostrado un mejor rendimiento diagnóstico que en sangre, con una sensibilidad y especificidad del 88% y 81%, respectivamente . El rendimiento de GM BALF, en comparación con el suero, también es superior en determinadas poblaciones de pacientes, como los que reciben agentes activos antimoho y los que no tienen neutropenia, que suelen desarrollar enfermedad invasiva de las vías respiratorias. 

A pesar de que ELISA GM ha estado disponible comercialmente durante más de dos décadas, muchos laboratorios de micología en todo el mundo no tienen acceso a las pruebas ELISA GM, y solo el 23% de los laboratorios encuestados en Asia pueden ofrecer esta prueba. Las pruebas ELISA GM adolecen de muchas limitaciones, incluido el coste y el tiempo de respuesta, especialmente en entornos donde no se realizan habitualmente pruebas a granel o las muestras se envían a un laboratorio central. 

Las pruebas moleculares como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) se utilizan ampliamente para diagnosticar AI , aunque hay una falta de estandarización entre las pruebas  y una gran variación en el rendimiento diagnóstico entre estudios y entornos. La PCR de Aspergillus de la sangre muestra un rendimiento particularmente deficiente para el diagnóstico de infecciones irruptivas en entornos que utilizan profilaxis activa contra el moho. 

Los ensayos de diagnóstico con un rendimiento mejorado y resultados más rápidos se pueden realizar más fácilmente en instalaciones con una infraestructura limitada para permitir un tratamiento dirigido más temprano de la aspergilosis invasiva (IA). La siguiente revisión proporciona una actualización sobre el rendimiento del ensayo de flujo lateral (LFA) de Aspergillus Galactomannan (IMMY, Norman, Oklahoma, EE. UU.), Una prueba rápida para el diagnóstico rápido de AI....

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783- El laboratorio en enfermedades fungicas

Chadi A. Hage, Eva M. Carmona, Oleg Epelbaum, Scott E. Evans, Luke M. Gabe, Qusay Haydour, Kenneth S. Knox, Jay K. Kolls, M. Hassan Murad, Nancy L. y  Wengenack en nombre de la American Thoracic Society Assembly on Pulmonary Infections and Tuberculosis. Pruebas de laboratorio microbiológicas en el diagnóstico de infecciones fúngicas en la práctica pulmonar y  cuidados intensivos. Una guía de práctica clínica oficial de la American Thoracic Society.  Pulmonary and Critical Care, Mayo Clinic, Rochester MN-USA . 

Resumen

Antecedentes:  las infecciones fúngicas tienen una incidencia e importancia cada vez mayores en pacientes inmunodeprimidos e inmunocompetentes. El diagnóstico oportuno se basa en el uso apropiado de pruebas de laboratorio en pacientes susceptibles.

Métodos: Se revisó sistemáticamente la literatura relevante relacionada con el diagnóstico de aspergilosis pulmonar invasiva, candidiasis invasiva y micosis endémicas comunes. Se realizó un metanálisis cuando fue apropiado. Las recomendaciones se desarrollaron utilizando el enfoque de evaluación, desarrollo y evaluación de la clasificación de recomendaciones.

Resultados: Esta guía incluye recomendaciones específicas sobre el uso de la prueba de galactomanano en suero y BAL y para el diagnóstico de aspergilosis pulmonar invasiva, el papel de la PCR en el diagnóstico de aspergilosis pulmonar invasiva, el papel de los análisis de β-d-glucano en el diagnóstico de candidiasis invasiva, y la aplicación de serología y pruebas de antígenos en el diagnóstico de micosis endémicas.

Conclusiones: El diagnóstico rápido y preciso de las infecciones por hongos se basa en la aplicación adecuada de las pruebas de laboratorio, incluidas las pruebas de antígenos, las pruebas serológicas y las pruebas basadas en PCR.

Resumen de recomendaciones

• En pacientes con inmunodepresión grave, como aquellos con neutropenia o neoplasias hematológicas malignas o receptores de trasplantes de células madre hematológicas o de órganos sólidos que presentan infiltrados pulmonares inexplicables sospechosos de IPA, recomendamos el uso de pruebas de GM en suero ( fuerte recomendación, evidencia de alta calidad).

• En pacientes con sospecha de enfermedades fúngicas invasivas, incluidos aquellos con GM sérico negativo pero con fuertes factores de riesgo de aspergilosis invasiva o GM sérico positivo, pero factores de confusión para resultados falsos positivos de GM (p. Ej., Pacientes sometidos a quimioterapia o con riesgo de mucositis, en qué epítopos de reacción cruzada de otros hongos o bacterias pueden penetrar en la mucosa intestinal, causando positividad de la prueba), recomendamos la prueba de BAL con GM (fuerte recomendación, evidencia de alta calidad)

.• En pacientes con inmunodepresión grave, como aquellos con neoplasias hematológicas o receptores de trasplantes de células madre hematológicas o de órganos sólidos, que se sospecha que tienen IPA, recomendamos el uso de pruebas de PCR de Aspergillus en sangre o suero (fuerte recomendación, evidencia de alta calidad).

• En pacientes con inmunodepresión grave, como aquellos con neoplasias hematológicas malignas o receptores de trasplantes de células madre hematológicas o de órganos sólidos que se sospecha que tienen IPA, recomendamos la inclusión de Aspergillus PCR en las pruebas de BAL como parte de la evaluación (fuerte recomendación, alta evidencia de calidad ).

• En pacientes con inmunodepresión grave, como aquellos con neoplasias hematológicas malignas o receptores de trasplantes de células madre hematológicas o de órganos sólidos con fuerte sospecha de tener IPA pero en quienes el resultado de la prueba de PCR para Aspergillus es negativo, sugerimos considerar la biopsia y / o pruebas adicionales con o sin pruebas adicionales de PCR o GM (recomendación condicional, evidencia de baja calidad)

.• En pacientes críticamente enfermos en los que existe preocupación clínica por la CI, sugerimos no depender únicamente de los resultados de la prueba de BDG en suero para la toma de decisiones diagnósticas (recomendación condicional, evidencia de baja calidad ).

• Recomendamos el uso de antígeno de Histoplasma en orina o suero para el diagnóstico rápido de histoplasmosis pulmonar aguda y diseminada sospechada cuando el diagnóstico y el tratamiento oportunos son de suma importancia para el resultado ( fuerte recomendación, evidencia de alta calidad).

• Sugerimos el uso de serologías de Histoplasma en pacientes inmunocompetentes con sospecha de histoplasmosis pulmonar. Agregar antígeno de histoplasma a las pruebas serológicas podría mejorar el rendimiento diagnóstico ( recomendación condicional, evidencia de calidad moderada).

• En pacientes con exposición geográfica apropiada y enfermedad compatible con infección o neumonía debido a blastomicosis, sugerimos utilizar más de una prueba de diagnóstico, incluida la visualización directa y el cultivo de BAL de esputo u otro material de biopsia, prueba de antígeno en orina y prueba de anticuerpos en suero. La evidencia actual no puede respaldar una sola mejor prueba como lo suficientemente sensible como para solicitarla aisladamente de otras pruebas. El enfoque debe adaptarse en función de la gravedad de la enfermedad, el contexto clínico y la disponibilidad de pruebas ( recomendación condicional, evidencia de calidad moderada ).

• En pacientes con sospecha de blastomicosis, sugerimos que las pruebas de anticuerpos séricos dirigidas específicamente contra el antígeno anti-BAD-1 (anti-adhesina1 de Blastomyces) para blastomicosis se utilicen junto con datos clínicos y epidemiológicos para establecer el diagnóstico          (recomendación condicional, baja evidencia de calidad).

• En pacientes con sospecha de blastomicosis, particularmente en pacientes inmunodeprimidos, sugerimos que se utilicen pruebas de antígenos urinarios para blastomicosis junto con datos clínicos y epidemiológicos para establecer el diagnóstico (recomendación condicional, evidencia de calidad moderada ).

• En pacientes con exposición geográfica apropiada y enfermedad compatible con infección o neumonía debida a coccidioidomicosis, sugerimos utilizar más de una prueba de diagnóstico, incluida la visualización directa y el cultivo de BAL de esputo u otro material de biopsia, pruebas de antígenos en orina y suero, y serología (suero prueba de anticuerpos). La evidencia actual no puede respaldar una sola prueba.  El enfoque debe adaptarse en función de la gravedad de la enfermedad, el contexto clínico y la disponibilidad de pruebas (recomendación condicional, evidencia de calidad moderada).

• En pacientes con sospecha de coccidioidomicosis, particularmente en pacientes inmunodeprimidos, sugerimos realizar pruebas de antígenos urinarios y séricos para ayudar a establecer el diagnóstico (recomendación condicional, evidencia de calidad moderada).

• En pacientes con sospecha de neumonía adquirida en la comunidad (NAC) del área endémica de coccidioidomicosis, sugerimos pruebas serológicas iniciales con seguimiento clínico cercano y pruebas seriadas (recomendación condicional, evidencia de calidad moderada ).

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782- Covid-19- Reactivos para diagnostico uso in vitro

Bruna Aparecida Souza Machado, Katharine Valéria Saraiva Hodel, Valdir Gomes Barbosa-Júnior, Milena Botelho Pereira Soares, Roberto Badaró. Shan-Lu Liu, Academic Editor. Los principales métodos moleculares y serológicos para el diagnóstico de COVID-19: una descripción general basada en la literatura. Viruses. 2021; 13(1): 40. SENAI Institute of Innovation (ISI) in Health Advanced Systems (CIMATEC ISI SAS), University Center SENAI/CIMATEC, Salvador, Bahia, Brazil

Resumen

Las pruebas diagnósticas han sido consideradas como la principal alternativa para el control de la enfermedad por coronavirus (COVID-19), causada por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), ya que un diagnóstico correcto permite tomar decisiones a la hora de afrontar la enfermedad, en particular porque hay una falta de suficientes vacunas y protocolos terapéuticos eficaces. Por lo tanto, en esta revisión, resumimos los principales enfoques de diagnóstico actualmente disponibles para el diagnóstico de la infección por SARS-CoV-2 en humanos según los estudios disponibles en las bases de datos de artículos. Las pruebas se pueden organizar en dos categorías principales: i) pruebas basadas en ácidos nucleicos, recomendadas para la detección inicial del virus, y ii) pruebas serológicas, recomendadas para evaluar la progresión de la enfermedad. Los estudios han demostrado que el rendimiento de los métodos de diagnóstico depende de diferentes factores, como el tipo de muestras y las características de cada ensayo. Se identificó que la positividad de las pruebas se relaciona principalmente con la aparición de síntomas. También observamos que los diagnósticos en el punto de atención se consideran una de las principales tendencias en esta área, debido al bajo costo y la simplicidad del ensayo; sin embargo, el desempeño analítico debe ser analizado críticamente. Por lo tanto, la pandemia de COVID-19 ha puesto de relieve el papel fundamental de las tecnologías de diagnóstico en el control de enfermedades infecciosas.

1. Introducción

La batalla contra las enfermedades infecciosas causadas por microorganismos, particularmente virus, sigue siendo una tarea desafiante e interminable a pesar de las enormes fuerzas y los importantes avances en la salud pública de diferentes partes del mundo. Debido a los avances de la medicina, varios investigadores y científicos creían que la batalla de la humanidad contra los agentes infecciosos estaba prácticamente terminada, con la humanidad como ganadora. Sin embargo, los repetidos brotes de las últimas dos décadas, incluidos coronavirus, influenza aviar y chikungunya, han demostrado la prematuridad de esa posición. 

Recientemente, a fines de 2019, se informó de una nueva enfermedad respiratoria de rápida propagación en Wuhan, en la provincia china de Hubei, y ahora ha afectado a más de 216 países en todo el mundo. Los datos completos del genoma viral sugirieron que la enfermedad es causada por un nuevo virus de ARN relacionado con la familia Coronaviridae , que luego fue designado como síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Posteriormente, la enfermedad se denominó enfermedad por coronavirus nuevo (COVID-19).

Los coronavirus (CoV) son virus de ARN de sentido positivo, esféricos, con envoltura, no segmentados y de gran tamaño (100-160 nm), que se sabe que se distribuyen ampliamente en humanos y otros mamíferos. El genoma de CoVs es el genoma viral de ARN más grande, con una longitud de entre 26 y 32 kb. Por lo general, dos tercios del ARN genómico codifica dos grandes poliproteínas superpuestas, el marco de lectura abierto (ORF) 1a y ORF1b, que se procesan en la polimerasa viral (RdRp) y otras proteínas no estructurales (Nsps) involucradas en la síntesis de ARN o la modulación de la respuesta del huésped. El otro tercio del genoma codifica cuatro proteínas estructurales (pico (S), envoltura (E), membrana (M) y nucleocápside (N) y otras proteínas accesorias (3a, 3b, p6, 7a, 7b, 8b, 9b y ORF14).

El análisis filogenético de todo el genoma indicó que el SARS-CoV-2 comparte una identidad de secuencia del 80% y 50% con el SARS-CoV y el coronavirus del síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS-CoV), respectivamente, que son otros coronavirus importantes que fueron responsables de endemias anteriores. Además, el SARS-CoV-2 presenta más del 90% de identidad de secuencia para enzimas esenciales y proteínas estructurales, lo que indica un mecanismo de patogénesis común y, por lo tanto, un objetivo terapéutico común con estos virus.

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ANMAT: Reactivos de Uso in Vitro para COVID-19 que se encuentran autorizados  en el marco de la emergencia sanitaria

Lista actualizada al 3 de junio de 2021  

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781- Covid-19: nuevas variantes

David Adam. Editor Nature  News  article 24 May 2021. Lo que saben los científicos sobre las nuevas variantes de coronavirus de rápida propagación.

Sigue habiendo preguntas clave sobre la rapidez con la que se pueden propagar las variantes de B.1.617, su potencial para evadir la inmunidad y cómo podrían afectar el curso de la pandemia.

Desde que la variante SARS-CoV-2 conocida como B.1.617 se informó por primera vez en la India a fines del año pasado, se ha extendido a docenas de otros países, incluidos los Estados Unidos, Singapur y el Reino Unido, donde se ha vuelto dominante en algunas regiones. .

Desde entonces, los investigadores han identificado tres subtipos, conocidos como B.1.617.1 (el B.1.617 'original'), B.1.617.2 y B.1.617.3, cada uno con una estructura genética ligeramente diferente.

Ahora se apresuran a investigar estas variantes y averiguar cómo podrían afectar la trayectoria de la pandemia en los países donde se han afianzado. Quedan preguntas clave sobre la rapidez con la que se pueden propagar las variantes, su potencial para evadir la inmunidad y si causan una enfermedad más grave.

Gran parte de esta investigación adopta la forma de epidemiología estándar: confirma los casos de COVID-19 mediante pruebas, identifica las variantes responsables de las infecciones y hace referencias cruzadas de estos datos con los síntomas clínicos y los estados de vacunación de las personas. Los científicos también pueden obtener conocimientos de los datos de secuenciación genómica, identificando qué mutaciones están presentes en los subtipos B.1.617 y comparándolas con mutaciones en variantes anteriores cuyo comportamiento se comprende mejor.

Más transmisible

“Observo las mutaciones individuales porque cada una tiene propiedades individuales que creemos que pueden conferir una mayor transmisibilidad”, dice Julian Tang, virólogo consultor en Leicester Royal Infirmary, Reino Unido. Una mayor transmisibilidad, una medida de la rapidez con la que las variantes se pueden propagar de una persona a otra, podría acelerar los brotes, lo que podría ejercer más presión sobre los sistemas de atención médica y contramedidas como los programas de vacunación. Por ejemplo, la variante B.1.617.2 tiene mutaciones llamadas 452R y 478K, que según Tang están vinculadas a una mayor transmisibilidad. Ambas mutaciones alteran la proteína pico, que el virus usa para ingresar a las células humanas.

Los investigadores también han podido rastrear rápidamente la propagación de B.1.617.2 porque su genoma contiene un marcador del que carece la variante B.1.1.7 dominante. La presencia de este marcador, conocido como el 'objetivo del gen S', se puede ver en los resultados de algunas de las pruebas de PCR utilizadas para confirmar los casos de COVID-19, por lo que los investigadores pueden utilizar los resultados positivos del objetivo S como un proxy para rápidamente mapear la dispersión de B.1.617.2, sin necesidad de secuenciar completamente las muestras. Tanto las pruebas del gen S como los datos de secuenciación más detallados de las muestras de virus del Reino Unido indican que B.1.617.2 está superando a los otros dos subtipos B.1.617 y reemplazando a B.1.1.7, una variante identificada en el sureste de Inglaterra a fines de 2020 la variante más común que genera nuevas infecciones en el país...........

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780- COVID-19 : buscando nuevos marcadores

Editor, Smriti Mallapaty. Los científicos se concentran en el marcador buscado durante mucho tiempo sobre la eficacia de la vacuna COVID.  Nature  News  21 May 2021

Los datos de siete ensayos de vacunación ayudan a identificar un marcador sanguíneo para la protección contra la enfermedad 

Una vez que las personas han sido vacunadas contra COVID-19, según un modelo computacional los niveles de anticuerpos que bloquean la infección en su sangre son un fuerte indicador de cuánta protección han obtenido contra la enfermedad, . La investigación mostró que la presencia de incluso pequeñas cantidades de estos potentes "anticuerpos neutralizantes" indica que una vacuna es eficaz para proteger contra COVID-19. 

El estudio es el mejor intento hasta ahora para definir las características de la respuesta inmune que pueden actuar como un sustituto de la protección contra COVID-19, conocido como un "correlato de protección", dice Daniel Altmann, inmunólogo del Imperial College of London. “Encontrar el correlato de protección ha sido realmente un santo grial para esta enfermedad, como para otras. Es sorprendente lo difícil que es hacerlo".

Si los investigadores tienen un correlato de protección bien definido, pueden predecir a partir de los datos de los primeros ensayos qué tan efectiva será una vacuna, dice James Triccas, microbiólogo médico de la University of Sydney en Australia y coautor del estudio. Esto "alivia la necesidad de realizar ensayos de fase III más grandes, más costosos y que requieren más tiempo".

Triccas y sus colegas examinaron datos de anticuerpos neutralizantes de ensayos de siete vacunas ampliamente utilizadas. El equipo encontró un fuerte vínculo entre los niveles de anticuerpos de los participantes registrados en los ensayos en etapa inicial y los resultados de eficacia de la vacuna de los ensayos en etapa tardía. Los investigadores estiman que una vacuna tiene una eficacia del 50% incluso si induce niveles de anticuerpos un 80% más bajos que los encontrados, en promedio, en una persona que se ha recuperado del COVID-19.

Las vacunas que generaron las respuestas de anticuerpos neutralizantes más fuertes, como las vacunas basadas en ARNm fabricadas por Moderna y Pfizer-BioNTech, fueron las más protectoras. Las vacunas que indujeron una respuesta más débil, que incluyó el Oxford-AstraZeneca, proporcionaron niveles más bajos de protección. Los investigadores predicen que debido a que los niveles de anticuerpos disminuyen con el tiempo, es posible que se necesiten inyecciones de refuerzo en aproximadamente un año, pero la protección contra enfermedades graves podría durar muchos años incluso sin ellas.

Los hallazgos ayudan a explicar por qué, a pesar de que los estudios muestran que algunas variantes del coronavirus SARS-CoV-2 reducen la capacidad de neutralizar los anticuerpos para bloquear la infección, a la mayoría de las personas que se han vacunado, incluso con una sola dosis, no les va tan mal si está infectado con esas variantes, dice Altmann. "Incluso los niveles bajos de anticuerpos, más bajos de lo que pensamos, probablemente te ayudarán".

Se necesitan más estudios para precisar qué células o moléculas determinan el nivel de protección, dice Dan Barouch, del Center for Virology and Vaccine Research en el  Beth Israel Deaconess Medical Center, Boston, Massachusetts. . Esto podría diferir según la tecnología de la vacuna, .

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