884- Neisseria gonorrhoeae: nueva generación de pruebas RAM

Robert F Potter, Eric M Ransom, Carey-Ann D Burnham. Proxima generación de pruebas de resistencia a los antimicrobianos para al Neisseria gonorrhoeae. Oxford Academic-Clin Chem, 2021; 67 (4): 573–575. Department of Pathology & Immunology, Washington University School of Medicine, St. Louis, MO, USA

 La Neisseria gonorrhoeae es una bacteria gramnegativa responsable de una de las infecciones de transmisión sexual más prevalentes en el mundo. Existe una inmensa preocupación por la resistencia a los antimicrobianos (RAM) en la N.gonorrhoeae dada su competencia natural y los informes de cepas con RAM en aumento progresivo. Estas características le han valido a N. gonorrhoeae la distinción de “Amenaza Urgente” (la categoría de mayor prioridad) en los informes del CDC de 2013 y 2019 sobre amenazas de resistencia a los antibióticos. La terapia empírica con el régimen de dos fármacos ceftriaxona y azitromicina ha demostrado ser muy eficaz en el tratamiento de infecciones; sin embargo, se ha identificado (raramente) una resistencia dual.

 Las infecciones por N. gonorrhoeae se diagnostican con mayor frecuencia mediante métodos independientes del cultivo, como la PCR. En comparación con los cultivos, estos métodos tienen muchas ventajas, incluido un tiempo de respuesta más rápido y una sensibilidad mejorada. Sin embargo, los métodos independientes del cultivo están acompañados de la limitación de que no se generan cepas bacterianas y, por lo tanto, no se pueden realizar pruebas de susceptibilidad a los antimicrobianos. Además, incluso cuando se dispone de aislamientos, las pruebas de susceptibilidad basadas en fenotipo de las cepas de N. gonorrhoeae pueden ser un desafío dadas las características de crecimiento exigente y los métodos especializados para las pruebas de susceptibilidad a los antimicrobianos que no están ampliamente disponibles en los laboratorios clínicos.

Un enfoque alternativo para la predicción de la resistencia es la detección de genes de resistencia a los antimicrobianos directamente a partir de muestras clínicas. En este número de Clinical Chemistry, Zhang et al. desarrolló un ensayo de PCR multiplex combinado con la secuenciación de próxima generación de MinION (Oxford Nanopore) para detectar genes de resistencia a los antimicrobianos de N. gonorrhoeae directamente a partir de muestras clínicas de hisopos de orina y uretra. Este enfoque está bien razonado;

Los enfoques de aprendizaje automático para la predicción de la susceptibilidad fenotípica a partir del transporte genotípico de genes de resistencia adquiridos o mutaciones que confieren resistencia han demostrado que N. gonorrhoeae tiene una mejor correlación en comparación con algunos otros patógenos gram negativos como Klebsiella pneumoniae o Acinetobacter baumannii. Si bien este enfoque es atractivo, una limitación importante de este estudio es que el perfil de resistencia molecular no se comparó con las pruebas de susceptibilidad a los antimicrobianos realizadas en cultivos aislados, que se considerarían el método de referencia para esta comparación y evaluación del rendimiento analítico.

La secuenciación metagenómica de próxima generación (mNGS) ha demostrado ser útil en el campo de la ecología para dilucidar la diversidad microbiana en una variedad de nichos biológicos y resaltar la cantidad de organismos no cultivados. La capacidad de determinar la composición de los microbios en una muestra clínica tiene una utilidad clínica potencial obvia y varios grupos han comparado los métodos convencionales con mNGS para la identificación de patógenos en sitios estériles como el LCR. 

Como era de esperar dada la naturaleza polimicrobiana de las regiones mucosas, la aplicación clínica de mNGS en estos sitios ha tenido menos éxito y se ha utilizado en menor medida, lo que hace que el estudio de Zhang et al. sea notable. Las investigaciones anteriores sobre mNGS clínicos a menudo utilizan la secuenciación de ADN de Illumina, que es rentable, con una baja tasa de error, pero produce secuencias más cortas (generalmente 150-250 bases) y puede tener un tiempo de respuesta relativamente largo......

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Dr. Anibal E. Bagnarelli,

Bioquímico-Farmacéutico-UBA.

Ciudad de Buenos Aires. R. Argentina