Peter Simmonds, Pakorn Aiewsakun. Clasificación de virus: ¿dónde trazar la línea? Springer, Arch Virol. 2018; 163(8): 2037–2046. Nuffield Department of Medicine, University of Oxford, UK
Resumen
La secuenciación de alto rendimiento (HTS) y su uso en la recuperación y ensamblaje de secuencias de virus novedosos de muestras ambientales, clínicas, veterinarias y de plantas humanas han desenterrado un vasto y nuevo catálogo de virus. Su clasificación, conocida solo por sus secuencias, plantea un gran desafío para la taxonomía de virus tradicional, especialmente a nivel familiar y de especies, que históricamente se han basado en gran medida en definiciones descriptivas de taxones. Por lo general, implican cierto conocimiento de sus propiedades fenotípicas, incluidas las estrategias de replicación, la estructura del virión y las características clínicas y epidemiológicas, como el rango de huespedes, la distribución geográfica y los resultados de la enfermedad. Sin embargo, hay poca o ninguna información disponible sobre estos atributos para los virus identificados en los conjuntos de datos metagenómicos. Si dichos virus se van a incluir en la taxonomía de virus, sus tareas deberán guiarse en gran medida o totalmente por métricas de relación genética. El problema inmediato aquí es el International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), una organización que autoriza la clasificación taxonómica de los virus, pero proporciona poca o ninguna orientación sobre cuán similares o divergentes deben ser los virus para ser considerados miembros de nuevas especies. o nuevas familias. Recientemente hemos desarrollado un método para calificar similitud genómica entre virus: el Genome Relationships Applied to Virus Taxonomy– GRAViTy) entre los virus eucariotas y procariotas actualmente clasificados por la ICTV. A nivel familiar y de género, encontramos consistencia a gran escala entre las relaciones genéticas y sus asignaciones taxonómicas para virus eucariotas de todas las configuraciones y tamaños de genoma. Sin embargo, las asignaciones familiares de virus procariotas se han realizado a un nivel genético bastante diferente, y las agrupaciones actualmente clasificadas como subfamilias coinciden mucho mejor con el nivel familiar de virus eucariotas. Estos hallazgos apoyan la reorganización en curso de la taxonomía de bacteriófagos por el Grupo de Estudio de Fagos del ICTV. Un medio rápido y objetivo para explorar la diversidad viral metagenómica y realizar asignaciones basadas en evidencia para tales virus en cada capa taxonómica es esencial. El análisis de secuencias por GRAViTy proporciona evidencia de que las asignaciones familiares (y de género) de virus actualmente clasificados se basan en gran medida en la relación genómica, y estas características podrían servir como guía hacia una clasificación basada en evidencia de virus metagenómicos en el futuro. y las agrupaciones actualmente clasificadas como subfamilias son mucho mejores para el nivel de familia de virus eucariotas. Estos hallazgos apoyan la reorganización en curso de la taxonomía de bacteriófagos por el ICTV Phage Study Group. Un medio rápido y objetivo para explorar la diversidad viral metagenómica y realizar asignaciones basadas en evidencia para tales virus en cada capa taxonómica es esencial.
La diversidad y clasificación de los virus.
La taxonomía de virus es un elemento esencial en la descripción de virus y actúa como un catálogo unificado de su gran diversidad e interrelaciones genéticas. Los virus son asignados en una jerarquía de niveles taxonómicos por el International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV); (https://talk.ictvonline.org/) Sin embargo, la diversidad viral es mucho mayor que la de otros organismos, con grandes diferencias en su material genético (ARN o ADN) y sus configuraciones (bicatenaria o monocatenaria), así como la orientación de sus genes codificados. Además, los genomas virales pueden distribuirse en varios segmentos, a veces empaquetados juntos en un virión, o a menudo en partículas de virus separadas, todo lo cual es necesario para infectar una célula para que ocurra la replicación. Los genomas virales vienen varios tamaños, lo que refleja sus diversos mecanismos de replicación e interacciones celulares, así como la complejidad estructural variable de sus viriones. Los genomas de virus más pequeños varían desde menos de 2,000 bases, que contienen dos genes, hasta 2.5 millones de pares de bases, que contienen más de 2,500 genes.......
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Dr. Anibal E. Bagnarelli, Bioquímico-Farmacéutico-UBA.
Ciudad de Buenos Aires, Argentina
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