1067- Datos geoespaciales y de laboratorios clinicos

Vahid Azimid .Aprovechamiento de datos geoespaciales y de laboratorio para la salud de la población" ADLM- Clin Labor News 2024 Abril 16. Laboratory Information Systems at Washington University School of Medicine in St. Louis. USA 

Resumen (ChatGPT)

El artículo enfatiza la importancia de utilizar diversos conjuntos de datos, como registros médicos electrónicos (EHR), datos ambientales e indicadores socioeconómicos, para obtener una comprensión integral de los determinantes y resultados de la salud a nivel comunitario.

Los autores destacan los beneficios de combinar datos de laboratorio, que ofrecen información sobre la prevalencia de enfermedades, con datos geoespaciales, que proporcionan un contexto espacial y permiten la identificación de patrones geográficos. Al analizar estos conjuntos de datos integrados, los investigadores y profesionales de la salud pública pueden identificar áreas con mayor carga de morbilidad, comprender los factores subyacentes que contribuyen a las disparidades en salud y adaptar las intervenciones en consecuencia. Además, el artículo analiza los desafíos asociados con la integración de datos, incluidas las preocupaciones sobre la privacidad, las cuestiones de estandarización de los datos y la necesidad de técnicas analíticas avanzadas. Enfatiza la importancia de la colaboración interdisciplinaria entre profesionales de la salud, científicos de datos y formuladores de políticas para abordar estos desafíos y maximizar la utilidad de los datos integrados para la gestión de la salud de la población. En general, el artículo aboga por un enfoque holístico de la salud de la población, que aproveche las sinergias entre los datos de laboratorio y geoespaciales para informar intervenciones basadas en evidencia y mejorar los resultados de salud de las comunidades.

Introducción

.........." Cada vez se reconoce más que la salud está determinada en gran medida por factores ajenos al sistema sanitario. Estos determinantes sociales de la salud (Social Determinants of Health-SDoH) incluyen factores como el vecindario y el entorno construido de una persona, el estatus socioeconómico, el nivel educativo y el acceso a la atención médica.

Dado el impacto de los SDoH, así como las tendencias actuales en los modelos de pago de atención médica hacia un sistema basado en valores, los sistemas de salud y los pagadores están trabajando para identificar y ayudar a abordar los factores relacionados con SDoH que conducen a costos más altos y malos resultados para los pacientes. 

Un recurso en este esfuerzo es el análisis geoespacial, una poderosa herramienta en la intersección de la geografía y la ciencia de datos. Los sistemas de atención médica pueden utilizar el análisis geoespacial para recopilar, interpretar y visualizar datos geográficos para identificar tendencias y relaciones geoespaciales. El análisis geoespacial puede ayudar a mejorar la asignación de recursos, la vigilancia de enfermedades y la planificación de la salud pública. Los datos geoespaciales también se pueden utilizar para vincular las métricas de salud de los pacientes con datos socioeconómicos y demográficos a nivel de población para analizar el efecto del SDoH en los resultados de salud.

El laboratorio clínico genera una gran cantidad de datos de salud de pacientes de alta calidad, a menudo cuantificables, en un amplio espectro de condiciones médicas. Esto hace que los datos de laboratorio sean un recurso invaluable para evaluar la salud de la población, el SDoH y la equidad en salud. Además, dada su experiencia en la materia, su mentalidad de mejora de la calidad, sus capacidades de análisis de datos y su posición para impactar la prestación de atención médica, los laboratorios clínicos están especialmente bien posicionados para aprovechar los datos geoespaciales para identificar oportunidades para cerrar las brechas en la atención .

Este artículo presentará y describirá consideraciones en el diseño experimental de un análisis geoespacial con un enfoque en datos de laboratorio.

Componentes claves del diseño experimental

Parametros a considerar:

1- Formule una pregunta de investigación

En cualquier esfuerzo científico, es importante definir los objetivos y las hipótesis de la investigación para guiar el experimento y derivar conclusiones significativas. Dentro del laboratorio clinico, los posibles casos de uso para el análisis geoespacial pueden incluir la vigilancia de enfermedades, la identificación de puntos críticos de enfermedades o el análisis del impacto de SDoH en las pruebas y resultados de laboratorio.

2- Determinar la escala y las unidades geográficas

Un análisis geoespacial puede tener un alcance local, regional o global. Esta decisión estará impulsada por la pregunta de investigación específica y también informará las unidades geográficas utilizadas en el análisis.

Por ejemplo, si la pregunta involucra a todo un país, el análisis podría realizarse a nivel regional, provincial o estatal. El análisis de un estado puede involucrar unidades geográficas más pequeñas, como sectores censales o grupos de bloques. Tenga en cuenta que, si bien los códigos postales pueden ser la primera unidad geográfica que nos viene a la mente, no se recomienda agregar datos a nivel de código postal, ya que no abarcan poblaciones socioeconómica y demográficamente similaresy, como resultado, pueden confundir las tendencias entre salud y factores relacionados con el SDoH. Por el contrario, los sectores censales o grupos de bloques están diseñados para ser homogéneos en su composición demográfica y socioeconómica y son las unidades geográficas preferidas para análisis a pequeña escala.......

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(*) Una vez que esta en la pagina del articulo, pulsando el botón derecho puede acceder a su  traducción al idioma español. Este blog de bioquímica-clínica está destinado a bioquímicos y médicos; la información que contiene es de actualización y queda a criterio y responsabilidad de los mencionados profesionales, el uso que le den a la misma. 
Nueva presentación el  02 de Junio. 
Cordiales saludos. 
Dr. Anibal E. Bagnarelli,
Bioquímico-Farmacéutico,UBA.
Ciudad de Buenos Aires, R. Argentina

1066- Pruebas moleculares en IGI

Entrevista a  Nathan A. Ledeboer,  Implementación de pruebas moleculares para infecciones gastrointestinales (IGI) en la práctica clínica. Editor: Jen A. Miller. ADLM, Clin Labor News 2024: March 

Resumen - ChatGPT)

El artículo profundiza sobre la integración de métodos de pruebas moleculares en el diagnóstico de infecciones gastrointestinales (IGI) en entornos clínicos. Analiza las ventajas de las pruebas moleculares sobre los métodos tradicionales basados ​​en cultivos, destacando su sensibilidad, especificidad y tiempo de respuesta superiores. El artículo enfatiza la importancia de un diagnóstico preciso y oportuno para guiar el manejo adecuado del paciente y las medidas de control de infecciones. Además, explora los desafíos y consideraciones asociados con la implementación de pruebas moleculares, como el costo, los requisitos de infraestructura y la interpretación de los resultados. En general, el artículo subraya la importancia de adoptar enfoques de pruebas moleculares para mejorar la precisión del diagnóstico y mejorar los resultados de los pacientes en el tratamiento de infecciones gastrointestinales. Las tecnologías de diagnóstico molecular han revolucionado las pruebas de infecciones gastrointestinales en muchas áreas de la práctica clínica pero al menos todavìa no han eliminado por completo otros tipos de diagnóstico.

Entrevista:

Hablamos con Nathan A. Ledeboer, PhD, Profesor de Patología en la Facultad de Medicina de Wisconsin y Director Asociado de Laboratorio de Medicina  de Froedtert y la Facultad de Medicina de Wisconsin, sobre el papel de las pruebas moleculares en esta área en la actualidad, para determinar la parte del rompecabezas que  deparará el futuro.

¿Cuáles son las infecciones gastrointestinales más comunes que afectan a los pacientes bajo su cuidado?

Dividamos lo observado entre aquellos pacientes que han tenido enfermedades relacionadas con el tracto gastrointestinal en los EE. UU. y aquellos que pueden haber viajado: 

Entre los que adquieren IGI en los EE. UU., se encuentran las enfermedades gastrointestinales adquiridas en la comunidad y en la atención médica. Las dos cosas más importantes que tratamos en el área de las infecciones adquiridas en la atención sanitaria son C. difficile y Norovirus. Cuando pensamos en patógenos adquiridos en la comunidad, los más comunes que vemos son los que cabría esperar: Salmonella, Shigella, E. coli productora de toxina Shiga y Campylobacter. También vemos una buena cantidad de Norovirus adquirido en la comunidad, pero no realizamos pruebas para detectarlo con frecuencia. En el caso de los viajeros, dependerá de dónde hayan estado. Si han viajado a un país en desarrollo, lo más común es que veamos diarrea del viajero, que suele ser E. coli enterotoxigénica.

¿Cuáles son las ventajas de utilizar pruebas moleculares para la detección de patógenos gastrointestinales?

Hay dos ventajas realmente significativas. Lo primero y más importante es el tiempo de respuesta. Hemos trasladado las pruebas de patógenos gastrointestinales de un proceso bastante pasivo medinate cultivo con tiempos de respuesta de 2 a 3 días a obtener resultados en tan solo 2 a 3 horas con pruebas moleculares. También mejora la sensibilidad. Por ejemplo, con E. coli productora de toxina Shiga, vemos diferencias de sensibilidad del 50% o más. Con Campylobacter, Salmonella y Shigella, esa mejora puede ser del 10% al 30-40%. También veo una tercera ventaja. Cada vez es más difícil encontrar personal en el laboratorio clínico. Ayuda poder realizar estas pruebas con un enfoque molecular. La elaboración de muchos cultivos de heces negativos generalmente no es algo que la gente quiera hacer en el laboratorio y, además, lleva mucho tiempo. Por lo tanto, abordar esto con un enfoque más sencillo de las pruebas también puede ayudar con los desafíos de dotación de personal.

¿Qué ha aprendido desde que se implementaron las pruebas moleculares para IGI en la práctica habitual? Asunto reembolsos

Hemos hablado de las mejoras en la sensibilidad y de las mejoras en los tiempos de respuesta, ambas muy impactantes para la atención al paciente. Sin embargo, todavía nos enfrentamos a un panorama de reembolsos que se ha vuelto significativamente más desafiante. Cuando surgieron muchas de estas pruebas moleculares, en la mayoría de los casos pudimos cobrar por lo que hicimos. Hoy en día eso ciertamente no es el caso, y variará según el lugar del país en el que te encuentres. Desarrollar una estrategia de reembolsos y garantizar que sus pagadores la acepten es increíblemente importante. En cuanto al reembolso, con una prueba que se realiza principalmente en el entorno ambulatorio, los laboratorios también deben tener en cuenta el coste para los pacientes. 

En áreas donde hay muchos pacientes que pueden estar en un plan de atención médica  deducible alto, dependiendo del tamaño del panel que esté ejecutando, ese paciente puede enfrentar una factura que oscila entre U$ 100 y $ 500 e incluso $ 800. Los pacientes retroceden significativamente cuando reciben una factura elevada de su centro de atención médica. El rechazo llega a lugares como los consultorios de atención primaria y los servicios de atención de urgencia.

Creo que los laboratorios necesitan desarrollar un alto nivel de comprensión de cómo funcionan los reembolsos en sus mercados. Es importante hacer realmente todo lo posible para abordar los costos para los pacientes en el sistema de salud y al mismo tiempo realizar pruebas con un alto nivel de calidad. Equilibrar esto es un gran desafío.....

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2) Ejemplo de pruebas moleculares en IGI

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1064- Nuevos limites en urocultivos pediatricos

Nader Shaikh; Sojin Lee; Janina A. Krumbeck; Marcia Kurs-Lasky. "Utlizando  nuevos límites de corte para definir un urocultivo positivo en niños". Pediatrics 2023; 152 (4): e2023061931. Children’s Hospital of Pittsburgh of UPMC

Resumen (ChatGPT)

En este artículo de Pediatrics, los investigadores proponen un nuevo umbral para definir un urocultivo positivo en niños. El estudio aborda el desafío de diagnosticar infecciones del tracto urinario (ITU) en niños, donde los límites tradicionales para el crecimiento bacteriano pueden conducir a un sobrediagnóstico y a un tratamiento innecesario. El límite propuesto tiene como objetivo reducir las prescripciones innecesarias de antibióticos y al mismo tiempo identificar con precisión las ITU. A través de su análisis, los investigadores proporcionan evidencia que respalda la efectividad de este nuevo umbral, que podría tener implicaciones significativas para la práctica clínica en la atención pediátrica. 

Resumen

Antecedentes:  El urocultivo convencional selecciona una gama limitada de organismos que crecen bien en condiciones aeróbicas. Por el contrario, el examen de secuencias de genes bacterianos en la orina proporciona una evaluación relativamente imparcial de los organismos presentes. Por lo tanto, al utilizar la secuenciación del amplicón del gen del ácido ribonucleico ribosómico (ARNr) 16S como estándar de referencia, ahora tenemos la capacidad de evaluar la precisión del urocultivo en el diagnóstico de la infección del tracto urinario (ITU).

Métodos: Se inscribieron niños febriles de 1 mes a 3 años de edad que se sometieron a cateterismo vesical por sospecha de ITU. Utilizando la secuenciación del amplicón del gen 16S rRNA como estándar de referencia, calculamos la precisión del urocultivo en varios puntos de corte (10 000, 50 000 y 100 000 unidades formadoras de colonias por mililitro). Los niños con una abundancia relativa ≥80 % de cualquier organismo en la secuenciación del amplicón del gen 16S rRNA con marcadores urinarios elevados de inflamación se definieron como portadores de una ITU.

Resultados:  Cuando se utilizó un límite de 10 000 UFC/mL, la sensibilidad y especificidad del urocultivo fueron del 98 % (intervalo de confianza [IC] del 95 %: 93 %–100 %) y del 99 % (IC del 95 %: 97 %–100 %). , respectivamente. El uso de un punto de corte de 50 000 unidades formadoras de colonias por ml disminuyó la sensibilidad al 80 % (IC del 95 %: 68 %–93 %) sin cambiar la especificidad. El uso de un punto de corte de 100 000 disminuyó aún más la sensibilidad al 70 % (IC del 95 %: 55 %–84 %).

Conclusiones: El cultivo convencional sigue siendo un método preciso para diagnosticar las ITU en niños pequeños; sin embargo, estos datos sugieren que un límite de 10 000 unidades formadoras de colonias por ml proporciona el equilibrio óptimo entre sensibilidad y especificidad para los niños sometidos a cateterismo vesical.

Lo que se conoce sobre este tema:  Para establecer el límite con la mayor precisión en la prueba de urocultivo se requiere una comparación con un estándar de referencia. Hasta la fecha, ningún estudio ha comparado el urocultivo con un estándar de referencia independiente del cultivo.

Qué agrega este estudio: Los datos de este estudio de precisión diagnóstica respaldan el uso de un límite de 10 000 unidades formadoras de colonias por ml para diagnosticar infección del tracto urinario en niños febriles sometidos a cateterismo vesical.

Introducción

La definición de urocultivo positivo ha sido objeto de controversia durante décadas. El uso de un límite de 100.000 unidades formadoras de colonias por mililitro (UFC/mL) para definir la infección del tracto urinario (ITU) en pacientes adultos se basó en gran medida en un pequeño estudio de casos y controles informado por Kass  en 1956 en el que comparó los resultados de los urocultivos. de mujeres con pielonefritis clínicamente diagnosticada y controles asintomáticos; la mayoría de las mujeres con pielonefritis tenían recuentos de colonias superiores a 100 000 UFC/ml y la mayoría de las mujeres asintomáticas tenían recuentos de colonias inferiores a 10 000 UFC/ml. 

Casi 30 años después, en un estudio transversal de niños pequeños sometidos a cateterismo vesical para descartar ITU,  Hoberman y col. compararon las características de niños que tenían un crecimiento de    10 000 a 49 000 UFC/ml y de 50 000 a 99 000 UFC/mL.  Entre las 35 muestras con un crecimiento entre 10 000 y 99 000 UFC/mL, se observaron con mayor frecuencia crecimiento mixto y/o cocos grampositivos entre niños con recuentos de colonias de 10 000 a 49 000 UFC/mL en comparación con niños con recuentos de colonias de 50 000 a 99 000 UFC/mL. 

Desde entonces, el límite de 50 000 ha sido el límite aceptado para la interpretación de los resultados de los cultivos de muestras recogidas mediante cateterismo en niños menores de 2 años.  Sin embargo, debido a que en ninguno de estos 2 estudios se utilizó un estándar de referencia independiente del cultivo, solo pueden considerarse explicativos  y no pueden proporcionar más que aproximaciones a un punto de corte que podría resultar útil en la práctica clínica. De hecho, ha habido informes de problemas con el límite pediátrico actualmente aceptado de 50 000 UFC/ml. 

Un ejemplo notable proviene de un estudio de Swerkersson et al  en el que una proporción considerable de niños pequeños con pielonefritis confirmada radiológicamente tenían recuentos de colonias por debajo del límite actualmente aceptado de 50 000 UFC/mL.

Para investigar las compensaciones entre sensibilidad y especificidad en varios puntos de corte, se necesita un estudio transversal en el que se realice tanto un urocultivo (la prueba índice) como un estándar de referencia independiente del cultivo en muestras no seleccionadas de sujetos en quienes es clínicamente sensato sospechar ITU. Los avances recientes en  secuenciación , que utiliza la secuencia exacta del gen altamente conservado del ARN ribosomal (ARNr) 16S para identificar las bacterias presentes en las muestras, permite disponer de un estándar de referencia sensible y relativamente imparcial para la identificación de organismos en la orina. 

En un estudio anterior, encontramos una alta concordancia entre la secuenciación del amplicón del gen 16S rRNA (en lo sucesivo denominada secuenciación 16S) y el urocultivo convencional en una cohorte de niños pequeños (sin superposición con la cohorte actual) que se estaban evaluando para detectar ITU.  En esta cohorte de niños pequeños y febriles sometidos a cateterismo vesical para descartar una ITU, utilizando la secuenciación 16S como estándar de referencia, calculamos la precisión del cultivo convencional en diferentes puntos de corte para identificar el que proporciona el equilibrio óptimo de sensibilidad y especificidad..........

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1063- Resistencia bacteriana

Prof. Marcos Blaskovich ¿Cómo se vuelven realmente resistentes las bacterias a los antibióticos?  Jo Adetunji. Editor, The Conversation. UK. 2023, Noviembre. Universidad de Queensland.

Resumen (ChatGPT)

Es un artículo informativo que profundiza sobre los mecanismos detrás de la resistencia a los antibióticos y  explica que las bacterias desarrollan resistencia a través de diversos medios, incluidas mutaciones genéticas y la adquisición de genes de resistencia de otras bacterias. Destaca el papel de la selección natural en el impulso de la evolución de cepas resistentes y enfatiza que el  uso excesivo e incorrecto de antibióticos acelera este proceso. Además, analiza estrategias para combatir la resistencia a los antibióticos, como el desarrollo de otros nuevos y la implementación de programas de gestión para promover el uso responsable de los mismos. En general, proporciona una comprensión integral del complejo fenómeno de la resistencia a los antibióticos y la necesidad urgente de realizar esfuerzos concertados para abordarlo.

.....“Lo que no me mata me hace más fuerte”, acuñado originalmente por Friedrich Nietzsche en 1888 , es una descripción perfecta de cómo las bacterias desarrollan resistencia a los antibióticos .

Contrariamente a la creencia común, la resistencia a los antibióticos no se trata de que su cuerpo se vuelva resistente a los antibióticos sino  que surge cuando las bacterias se exponen a niveles de antibióticos que no las matan inmediatamente. Desarrollan defensas que evitan que el mismo antibiótico les haga daño en el futuro, incluso en dosis más altas.

Cómo se adaptan las bacterias

La capacidad de adaptación de las bacterias radica en parte en su asombrosa tasa de reproducción. Algunas especies, como Escherichia coli , pueden replicarse  cada 20 minutos, dependiendo del entorno. Una bacteria puede convertirse en más de 68 mil millones en 12 horas. Sin embargo, las bacterias no reproducen fielmente su código genético y pueden producirse mutaciones en cada generación.

Si bien la mayoría de los cambios son malos, a veces pueden ayudar a que las bacterias crezcan en presencia de un antibiótico. Esta población “nueva y mejorada” rápidamente se hace cargo . Mutaciones adicionales permiten la supervivencia a concentraciones de antibióticos aún mayores. Esta evolución de la resistencia se puede ver haciendo crecer bacterias en una placa  de agar con zonas de niveles crecientes de antibióticos. El crecimiento se detiene cuando encuentran por primera vez la siguiente zona, pero una vez que han desarrollado resistencia se expanden rápidamente hasta llegar a la siguiente región con más antibiótico. Las bacterias pueden desarrollar fácilmente resistencia de manera similar durante el tratamiento típico con antibióticos entrte siete diez días.

También intercambian material genético.

El otro mecanismo clave que permite la resistencia bacteriana es el intercambio de información genética entre bacterias. Además del fragmento principal de ADN que codifica el genoma bacteriano, las bacterias pueden albergar fragmentos de ADN circulares llamados plásmidos. Estos plásmidos se intercambian fácilmente entre bacterias , incluidas especies diferentes. El intercambio de plásmidos suele ocurrir por contacto físico directo entre bacterias. Las bacterias son promiscuas, así que esto puede suceder a menudo. Una vez dentro de una bacteria, los plásmidos pueden transmitirse a la siguiente generación. Desafortunadamente, los plásmidos son particularmente buenos para codificar múltiples genes de resistencia.

Cuatro formas en que las bacterias resisten

Las bacterias desarrollan resistencia al tratamiento con antibióticos mediante cuatro métodos principales:

1) No permitiendo la entrada del antibiótico: Las bacterias son buenas para evitar que entren moléculas no deseadas. Las bacterias grampositivas como Staphylococcus aureus tienen una pared celular gruesa que encierra una membrana lipídica. Las bacterias gramnegativas, como E. coli , son más difíciles de matar ya que tienen una membrana externa adicional que actúa como una barrera adicional. Las bacterias pueden traer las cosas que necesitan para sobrevivir a través de estas superficies celulares pueden secuestrar estas rutas de entrada,  modificar la pared celular, la membrana celular y las proteínas de entrada para bloquear la penetración de los antibióticos. Por ejemplo, las bacterias aumentan el grosor de la pared celular para resistir el ingreso de antibióticos como la vancomicina..........

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2) ¿Antibioticos denro de 50 años?

(*) Una vez que esta en la pagina del articulo, pulsando el botón derecho puede acceder a su  traducción al idioma español. Este blog de bioquímica-clínica está destinado a bioquímicos y médicos; la información que contiene es de actualización y queda a criterio y responsabilidad de los mencionados profesionales, el uso que le den a la misma. 
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1062- Biomarcadores de sepsis

Pedro Póvoa y col. Cómo utilizar biomarcadores de infección o sepsis al lado de la cama: guía para los médicos. Springer Nature-Intensive Care Med. 2023; 49(2): 142–153. NOVA Medical School, New University of Lisbon, Lisbon, Portugal. Center for Clinical Epidemiology and Research Unit of Clinical Epidemiology, OUH Odense University Hospital, Odense, Denmark

Resument (ChatGPT)

El artículo ofrece información sobre la aplicación práctica de biomarcadores en el diagnóstico de infecciones y sepsis. Enfatiza la importancia de utilizar biomarcadores junto con la evaluación clínica para mejorar la precisión del diagnóstico y guiar las decisiones de tratamiento en pacientes críticamente enfermos. El artículo analiza varios biomarcadores, como la procalcitonina y la proteína C reactiva, destacando sus fortalezas y limitaciones. También aborda consideraciones clave para interpretar los resultados de los biomarcadores en la práctica clínica, incluidos los factores específicos del paciente y el contexto de su presentación. En general, el artículo constituye un recurso valioso para los médicos que buscan optimizar el uso de biomarcadores en el manejo de infecciones y sepsis en entornos de cuidados intensivos.

Resumen

....." La sepsis se define como una disfunción orgánica potencialmente mortal causada por una respuesta desregulada del huésped a la infección. En este contexto, los biomarcadores podrían considerarse indicadores de infección o de respuesta desregulada del huésped o de respuesta al tratamiento y/o ayudar a los médicos a pronosticar el riesgo del paciente. En las últimas décadas se han identificado y evaluado más de 250 biomarcadores, pero ningún biomarcador diferencia con precisión entre sepsis y síndrome similar a la sepsis. Los datos publicados respaldan el uso de biomarcadores para la identificación de patógenos, el diagnóstico clínico y la optimización del tratamiento con antibióticos. En esta revisión, destacamos cómo los médicos podrían mejorar el uso de biomarcadores de respuesta del huésped específicos de patógenos y de los más utilizados, la procalcitonina y la proteína C reactiva, para mejorar la atención clínica de los pacientes con sepsis. La cinética de los biomarcadores es más útil que los valores únicos para predecir la sepsis, al realizar el diagnóstico y evaluar la respuesta a la terapia con antibióticos. Finalmente, los algoritmos integrados guiados por biomarcadores pueden ser prometedores para mejorar tanto el diagnóstico como el pronóstico de la sepsis. En este documento, proporcionamos datos actuales sobre la utilidad clínica de los biomarcadores de respuesta del huésped y específicos de patógenos, ofrecemos orientación sobre cómo optimizar su uso y proponemos las necesidades para futuras investigaciones.

Introducción

La sepsis se define como una disfunción orgánica potencialmente mortal causada por una respuesta desregulada del huésped a la infección. En este contexto, los biomarcadores podrían considerarse indicadores de infección o de respuesta desregulada del huésped o de respuesta al tratamiento y/o ayudar a los médicos a pronosticar el riesgo del paciente. En la práctica diaria, para el diagnóstico y tratamiento de la sepsis, así como para la administración de antibióticos, los médicos combinan datos de diferentes fuentes que resultan de la intersección de tres vectores (Fig.1): i) manifestaciones sistémicas, ii) disfunción orgánica y iii) documentación microbiológica. Los biomarcadores podrían proporcionar información adicional en las manifestaciones sistémicas del vector (biomarcadores de respuesta del huésped, por ejemplo, proteína C reactiva-PCR y procalcitonina-PCT), disfunción orgánica (por ejemplo, biomarcadores de lesión renal) y documentación microbiológica (biomarcadores específicos de patógenos. 

Los dos primeros vectores no son específicos ni sensibles a la sepsis. La documentación microbiológica suele tardar al menos 2 a 3 días en finalizar y no es particularmente sensible, especialmente cuando los cultivos se recolectan mientras los pacientes reciben terapia antimicrobiana. Por lo tanto, aproximadamente entre el 40 y el 50% de los casos de sepsis se consideran cultivos negativos. Los biomarcadores se han estudiado en el contexto de la predicción de la sepsis, y el diagnóstico de la sepsis guiada por biomarcadores (para ejemplos de escenarios clínicos de sepsis con uso de biomarcadores). Además, los biomarcadores de sepsis se pueden dividir en marcadores de pronósticos, predictivos y teranósticos, es decir, para guiar la elección, la dosis y la duración del tratamiento (ver tablas y apendices)

Se han estudiado y evaluado más de 250 biomarcadores durante las últimas décadas, que fueron revisados ​​en detalle recientemente en otro lugar. El objetivo de esta revisión es informar a los médicos sobre los biomarcadores de infección o sepsis y orientar sobre su uso, es decir, biomarcadores específicos de patógenos y dos biomarcadores de respuesta del huésped, PCT y CRP.

¿Cómo utilizar biomarcadores?

Ante la sospecha de sepsis, el médico tiene varias preguntas que abordar. Como bien lo reconocen las pautas de la Surviving Sepsis Campaign Guidelines, las primeras preguntas son:

1) ¿Cuál es la probabilidad de infección?
2) ¿Cuál es la gravedad de la enfermedad y el riesgo de desarrollar shock séptico?
3) ¿Cuál es el patógeno más probable?
4) ¿Cuál es el tratamiento antimicrobiano más adecuado?
5) ¿El paciente mejora o no? si/no, ¿por qué?
6) ¿Cuándo se pueden suspender los antimicrobianos?

Los médicos frecuentemente intentan responder estas preguntas con la ayuda de biomarcadores, pero es importante reconocer que el rendimiento de los biomarcadores en el tratamiento de la sepsis es subóptimo.

Biomarcadores específicos de patógenos y de respuesta del huésped.

Los biomarcadores se describen como una característica biológica, medida objetivamente y utilizada como marcador sustituto de un proceso fisiológico o patológico, o como indicador de la actividad de un fármaco. En el contexto actual, los biomarcadores de infección y sepsis podrían considerarse indicadores de infección o de respuesta desregulada del huésped o de respuesta al tratamiento.

Biomarcadores específicos de patógenos

Aunque la detección de ácidos nucleicos microbianos es cada vez más común, su lugar en el tratamiento de las infecciones en general, y en las infecciones bacterianas en particular, sigue siendo incierto y aún no está bien estandarizado. Los biomarcadores específicos de patógenos, como las pruebas directas de antígenos, ya se utilizan ampliamente en los enfermos críticos. 

La mayoría de las pruebas rápidas basadas en antígenos se basan en ensayos inmunocromatográficos y tienen el potencial de usarse junto a la cama. Pruebas de antígeno respiratorio de influenza y SARS-CoV-2, y de Streptococcus pneumoniae y Legionella spp. Las pruebas de antígenos urinarios se utilizan en la neumonía adquirida en la comunidad (NAC). Presentan una alta especificidad, pero una sensibilidad de baja a moderada. A pesar de las mejoras obtenidas mediante la lectura automatizada, una prueba negativa no puede considerarse de manera confiable como un resultado de descarte. Las pruebas de antígeno de Legionella detectan Legionella pneumophila serogrupo. Si bien esta es la causa predominante de legionelosis, se producen falsos negativos con otros serogrupos o especies.......

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1061- Automatización de laboratorios en microbiología clínica

Abdessalam Cherkaoui, Jacques Schrenzel. "Automatización total de laboratorio para la detección e identificación rápida de microorganismos y sus perfiles de resistencia a los antimicrobianos. Front Cell Infect Microbiol. 2022; 12: 807668. Bacteriology Laboratory, Division of Laboratory Medicine, Department of Diagnostics, Geneva University Hospitals, Geneva, Switzerland.

Resumen (ChatGPT)

El artículo "Automatización total de laboratorio para la detección e identificación rápida de microorganismos y sus perfiles de resistencia a los antimicrobianos" publicado en Frontiers in Cellular and Infection Microbiology analiza la implementación y los beneficios de la automatización total de laboratorio (TLA) en microbiología. TLA implica la integración de varios procesos de laboratorio, como procesamiento de muestras, cultivo, identificación y pruebas de susceptibilidad, en un único sistema automatizado. Este artículo explora cómo TLA agiliza y acelera la detección e identificación de microorganismos, así como la evaluación de sus perfiles de resistencia a los antimicrobianos. Al reducir significativamente los tiempos de respuesta, TLA mejora la eficiencia de los laboratorios de microbiología de diagnóstico, lo que permite tomar decisiones de gestión de pacientes más rápidas y precisas. El artículo también destaca los desafíos y consideraciones asociados con la implementación de sistemas TLA, incluidos el costo, el mantenimiento y la validación. En general, la adopción de TLA en los laboratorios de microbiología tiene el potencial de revolucionar los flujos de trabajo de diagnóstico y mejorar los resultados de los pacientes al permitir la identificación oportuna y precisa de patógenos y sus patrones de resistencia.

Resumen

...." En un momento en que los procedimientos de pruebas bacteriológicas de diagnóstico se han vuelto más complejos y sus costos asociados aumentan constantemente, los beneficios esperados de la automatización total de laboratorio (TLA) no pueden ser simplemente una simple transposición de los procedimientos manuales tradicionales utilizados para procesar muestras clínicas. Por el contrario, la automatización debería impulsar un cambio fundamental en el flujo de trabajo del laboratorio e incitar a los usuarios a reconsiderar todos los enfoques utilizados actualmente en el diagnóstico, incluida la identificación precisa de patógenos y los métodos de prueba de susceptibilidad a los antimicrobianos. Esta revisión describe el impacto de TLA en la mejora de la eficiencia del laboratorio, así como una nueva solución totalmente automatizada para AST mediante pruebas de difusión en disco, y resume la evidencia de que la implementación de estos métodos puede afectar los resultados clínicos.

Introducción

El comienzo del siglo XIX se caracterizó por el desarrollo de un gran número de plantas industriales. Mejorar el rendimiento de la producción y, en última instancia, automatizar los procesos fue una motivación constante en el desarrollo industrial, principalmente por cuestiones de costes, pero a veces también por la seguridad de los trabajadores. 

Durante el siglo XX , la revolución electrónica permitió que la automatización aliviara a los humanos de tareas de manipulación rutinarias, tediosas y físicamente desafiantes. Entonces, la automatización apareció como la forma en que las empresas podían mejorar sus tasas de productividad sin aumentar su plantilla de empleados. La reducción de los costos operativos, la mejora de la disponibilidad de los productos, la producción con mayor confiabilidad y un mayor rendimiento son otros beneficios obvios que comúnmente se esperan de la automatización. Pero a pesar de un amplio consenso sobre esos beneficios, es necesario superar varios obstáculos antes de implementar sistemas automatizados, y esto es válido en varias áreas comerciales.

A medida que la automatización se hace realidad, surgen diferentes problemas relacionados con la aceptación de los trabajadores y su relación con las máquinas. Un gran número de trabajadores consideran la implementación de sistemas automatizados como una amenaza directa a su empleo. Por tanto, el éxito de los proyectos de automatización reside también en la forma de gestionar la implicación del personal, así como de identificar y abordar sus inquietudes. Hoy en día, la automatización se implementa de manera efectiva en casi todas las áreas comerciales, incluidos los laboratorios médicos. 

La bacteriología clínica siempre ha sido muy manual y laboriosa. A diferencia de otras disciplinas como la química clínica, la biología molecular, la inmunología y la hematología, la automatización total en bacteriología clínica no es una tarea fácil. El nivel de eficiencia de un sistema automatizado en bacteriología clínica depende en gran medida de su potencial para tratar muestras clínicas altamente heterogéneas, con varios tipos de contenedores, así como a procedimientos analíticos complejos.

Los primeros sistemas automatizados autónomos en bacteriología clínica se lanzaron en la década de 1970. Fueron diseñados para detectar el crecimiento bacteriano en muestras de hemocultivos utilizando cultivos en caldo (BACTEC™ 225, BACTEC™ 301 y BACTEC™ 460 que se lanzaron entre 1971 y 1974). La principal diferencia entre estos sistemas y las operaciones manuales, que todavía se usaban ampliamente en ese período, era que el crecimiento microbiano se detectaba automáticamente mediante el instrumento BACTEC™ en lugar de mediante la inspección visual.

La detección automática del crecimiento microbiano se realizó inicialmente añadiendo sustratos marcados radiactivamente al caldo. El metabolismo de estos sustratos provocó la liberación de dióxido de carbono marcado radiactivamente que el instrumento detecta específicamente. Cuando la cantidad de dióxido de carbono marcado radiactivamente alcanza un nivel predefinido, la botella se considera sospechosa de crecimiento microbiano. Este principio se ha perpetuado en los instrumentos de hemocultivo más recientes, con la excepción de que el marcado radiactivo ha sido reemplazado por fluorescencia......

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Nueva presentación el  10 de Mayo. 
Cordiales saludos. 
Dr. Anibal E. Bagnarelli,
Bioquímico-Farmacéutico,UBA.
Ciudad de Buenos Aires, R. Argentina