959- Errores congénitos inmunitarios

Stuart G. Tangye y otros autores. Errores humanos congénitos en inmunidad: actualización  2022 sobre la clasificación del International Union of Immunological Societies Expert Committee. Springer J Clin Immunol. 2022; 42(7): 1473-1507. Garvan Institute of Medical Research, Darlinghurst, Sydney, NSW 2010 Australia y otras instituciones.

Resumen

Presentamos la clasificación actualizada de errores congénitos inmunitarios, compilada por el International Union of Immunological Societies Expert Committee. Este informe documenta las características clínicas y de laboratorio clave de 55 nuevos defectos genéticos monogénicos y 1 fenocopia debido a autoanticuerpos, que se descubrieron desde la actualización anterior (publicada en enero de 2020) o se caracterizaron antes, pero desde entonces se confirmaron o ampliaron en posteriores estudios. Si bien se han informado en la literatura variantes en genes adicionales asociados con enfermedades inmunitarias, esta actualización incluye solo aquellos que el comité evaluó que alcanzaron el umbral necesario para representar nuevos errores congénitos inmunitarios. Ahora hay un total de 485 errores congénitos inmunitarios. Estos avances en el descubrimiento de las causas genéticas de las enfermedades inmunitarias humanas continúan aumentando significativamente nuestra comprensión de los mecanismos moleculares, celulares e inmunológicos de la patogénesis de la enfermedad, mejorando así simultáneamente el conocimiento inmunológico y mejorando el diagnóstico y el tratamiento de los pacientes. Este informe está diseñado para servir como un recurso para los inmunólogos y genetistas que buscan el diagnóstico molecular de individuos con trastornos inmunológicos hereditarios y para la disección científica de los mecanismos celulares y moleculares subyacentes a las enfermedades inmunitarias humanas monogénicas y relacionadas.

Introducción

Los errores congénitos inmunitarios (ECI) son causados ​​por variantes de línea germinal dañinas en genes únicos. El ECI se presenta clínicamente como una mayor susceptibilidad a infecciones, autoinmunidad, enfermedades autoinflamatorias, alergia, insuficiencia de la médula ósea y/o malignidad. Si bien individualmente es raro, el número total de personas con una ECI, representa una carga importante para la salud. Las variantes genéticas causan enfermedades al alterar el producto del gen codificado, por ejemplo, aboliendo o reduciendo la expresión y la función de la proteína (nula/hipomórfica) o modificando la proteína para adquirir ganancia de función (GOF). Los mecanismos de la enfermedad en ECI dependen de la naturaleza de la variante, así como del modo de herencia. Por lo tanto, las variantes monoalélicas pueden causar enfermedad por haploinsuficiencia, dominancia negativa o GOF. En contraste, las lesiones genéticas bialélicas (homocigotos, heterocigotos compuestos) causan rasgos autosómicos recesivos (AR) por pérdida de expresión, pérdida de función (LOF), GOF o incluso función neomórfica de la proteína codificada, mientras que los rasgos recesivos ligados al X surgen de Variantes LOF o GOF en el cromosoma X, ya sea en estado hemicigoto en los hombres o en estado homocigoto en las mujeres.

El hecho de que algunas variantes monogénicas sean patogénicas destaca claramente las funciones no redundantes y fundamentales de genes y proteínas individuales, y vías y tipos de células asociados, en el desarrollo y función de leucocitos y células no hematopoyéticas que contribuyen a la homeostasis inmunitaria y la defensa del huésped. Por lo tanto, el ECI representa un modelo elegante que vincula defectos monogénicos definidos con fenotipos clínicos de desregulación inmune, también ha revelado mecanismos de patogénesis de enfermedades, ha permitido la implementación de terapias específicas de genes o vías para el tratamiento de afecciones raras y comunes y ha establecido aspectos fundamentales de la inmunología humana. Por lo tanto, el estudio del ICE ha permitido avances profundos en medicina molecular y biología humana.

Desde 1970, un comité internacional de expertos integrado por inmunólogos clínicos pediátricos y de adultos, médicos/científicos e investigadores en inmunología básica, inicialmente bajo los auspicios de la OMS y actualmente de la Unión Internacional de Sociedades Inmunológicas (IUIS), ha proporcionado la información clínica y de investigación comunidades con una actualización de las causas genéticas de la inmunodeficiencia y la desregulación........

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(*) Una vez que esta en la pagina del articulo, pulsando el botón derecho puede acceder a su  traducción al idioma español Este blog de bioquímica-clínica está destinado a bioquímicos y médicos; la información que contiene es de actualización y queda a criterio y responsabilidad de los mencionados profesionales, el uso que le den a la misma.  Nueva presentación  el  05 de Abril. 
Cordiales saludos. 
Dr. Anibal E. Bagnarelli,
Bioquímico-Farmacéutico-UBA.
Ciudad de Buenos Aires. R. Argentina

958- Artritis reumatoidea

Maria V. Sokolova, Georg Schett, Ulrike Steffen.Autoanticuerpos en la artritis reumatoide: antecedentes históricos y hallazgos novedosos. Springer- Clin Rev Allergy Immunol. 2022; 63(2): 38-151. Department of Internal Medicine 3 - Rheumatology and Immunology, Friedrich-Alexander-Universität Erlangen- Nürnberg and Universitätsklinikum Erlangen, Germany.

Resumen

Los autoanticuerpos representan un sello distintivo de la artritis reumatoide (AR), siendo el factor reumatoide (FR) y los anticuerpos contra las proteínas citrulinadas (ACPA) los más reconocidos. Los pacientes con AR que son positivos para FR y/o ACPA ("seropositivos") en general muestran una etiología y un curso de la enfermedad diferentes en comparación con los llamados pacientes "seronegativos". Aun así, la población de pacientes seronegativos es muy heterogénea y no está bien caracterizada. Debido a la identificación de nuevos autoanticuerpos y los avances en el diagnóstico de enfermedades reumáticas en los últimos años, el grupo de pacientes seronegativos se reduce constantemente. Además de los anticuerpos contra diversas modificaciones postraduccionales, estudios recientes describen autoanticuerpos que se dirigen a algunas proteínas nativas, lo que amplía aún más el espectro de antígenos reconocidos. Además de la detección de nuevos grupos de autoanticuerpos, se han realizado muchas investigaciones para responder a la pregunta de si los autoanticuerpos contribuyen a la patogenia de la AR y de qué manera. Dado que los autoanticuerpos pueden detectarse años antes del inicio de la AR, es un tema de debate si su sola presencia es suficiente para desencadenar la enfermedad. Sin embargo, se está acumulando evidencia de funciones efectoras directas de autoanticuerpos, como la estimulación de la osteoclastogénesis y la migración de fibroblastos sinoviales en experimentos in vitro. Además, los pacientes con autoanticuerpos positivos presentan una peor evolución clínica y una mayor progresión radiográfica. En esta revisión, discutimos los hallazgos actuales con respecto a los diferentes tipos de autoanticuerpos, los mecanismos subyacentes que impulsan la enfermedad, el papel de la glicosilación de Fab y Fc y las implicaciones clínicas. 

Introducción

La artritis reumatoide (AR) es una enfermedad articular inflamatoria crónica, que se considera de origen predominantemente autoinmune. La enfermedad fue descrita por primera vez en 1800 por el Dr. Landré-Beauvais y se consideró inicialmente como una forma de gota. Solo a mediados del siglo XIX se distinguió de la gota real, en función de la medición del ácido úrico. La AR se caracteriza por un curso progresivo que, en ausencia de tratamiento, finalmente conduce a la formación de pannus (proliferación de tejido sinovial) y la destrucción de la articulación. Desde su primera descripción, la comprensión de la fisiopatología de la AR ha evolucionado enormemente. Como ocurre con la mayoría de las enfermedades reumáticas, la patogénesis de la AR es muy compleja y está influenciada por factores genéticos y ambientales, microbiota, capas de barrera y hormonas. Todavía se considera que el evento principal en la patogenia es el no-cumplimiento de su tolerancia seguido de uno o varios “segundos golpes”.

Aunque los autoanticuerpos en la AR son un tema de extensa investigación, la comprensión de su función precisa en el desarrollo de la AR aún está lejos de ser completa. En las últimas décadas, se han identificado muchos autoanticuerpos como características de la AR, comenzando con el factor reumatoide (FR) descrito por primera vez en 1957 en el suero de pacientes con AR. Aunque se ha demostrado que la FR no es lo suficientemente específica para la AR y está presente en una variedad de otras afecciones, su descubrimiento fue el primer paso hacia el reconocimiento del importante papel que desempeña la autoinmunidad en la patogenia de la artritis. 

En 1964 se describió el llamado factor antiperinuclear en el suero de pacientes con AR y varias otras enfermedades, incluido el lupus eritematoso sistémico y la espondilitis anquilosante. La naturaleza de estos anticuerpos no se percibía, y hasta 1978, cuando se describieron los anticuerpos específicos contra la queratina, no hubo grandes descubrimientos en el campo de los autoanticuerpos en la AR. Finalmente, en la década de 1990, se reconoció la comprensión crucial de la citrulinación y su importancia para la autoinmunidad en la AR. El éxito de los agentes que reducen las células B en la AR, que se observó por primera vez con rituximab aprobado para el tratamiento de la AR en 2007, confirmó aún más el papel impulsor de la inmunidad adaptativa en la patogenia de la enfermedad......

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Dr. Anibal E. Bagnarelli,
Bioquímico-Farmacéutico-UBA.
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957- Cuantificación de anticuerpos antinucleares

Mark H Wener, Susan L Fink, Chihiro Morishima, Anu Chaudhary, Kathleen Hutchinson. Cuantificación de anticuerpos antinucleares: ajuste de calibración y armonización mediante interrogatorio a la población. Oxford Academic-The Journal of Applied Laboratory Medicine, 2022; 7 (1): 46-56. Department of Laboratory Medicine and Pathology, University of Washington, Seattle, WA.

Resumen

Antecedentes: Los criterios de clasificación de 2019 para el lupus eritematoso sistémico (LES) incluyen un criterio inicial que requiere la presencia de un anticuerpo antinuclear (ANA), positivo a un título de al menos 1:80 en células HEp-2, o equivalente. Sin embargo, los resultados de las pruebas de ANA realizadas en células HEp-2 varían cuando se analizan en diferentes laboratorios. La calibración de los ensayos de ANA mediante el logro de una especificidad común en poblaciones de control sanas ofrece la posibilidad de lograr la armonización mediante el interrogatorio de la población, pero se desconoce la especificidad esperada en una población de control sana.

Métodos: Los estudios utilizados para determinar el uso de ANA realizados por microscopía de inmunofluorescencia en células HEp-2 como criterio de entrada para la clasificación de LES se volvieron a analizar mediante un metanálisis para determinar la frecuencia esperada de ANA positivos en poblaciones de control sanas en diluciones séricas de 1 :40 y 1:80.

Resultados: Nuestro metanálisis demostró que la especificidad esperada en una población control sana de ANA realizada con suero diluido 1:80 es del 91,3 % (IC 86,1–94,7 %). La especificidad esperada de ANA realizado a una dilución de suero 1:40 es del 79,2 % (IC 72,3–84,8 %).

Conclusión: Un enfoque para lograr la armonización de los ensayos de ANA de diferentes laboratorios entre sí y con el rendimiento esperado implicaría ajustar los ensayos de modo que aproximadamente el 10 % de una población de control sana tenga un ANA positivo cuando se analice a una dilución de 1:80, y aproximadamente el 20 % de los la población de control sana tiene un ANA positivo cuando se analiza a una dilución de 1:40. Este enfoque pragmático para el ajuste de la calibración y la armonización a través del interrogatorio de la población ofrece una oportunidad para que los laboratorios individuales se alineen entre sí y con el rendimiento de ANA esperado para la categorización consistente de pacientes con LES.

Introducción

El ensayo de inmunofluorescencia en células HEp-2 ha sido considerado el método de referencia "estándar de oro" para anticuerpos antinucleares/anticelulares (ANA) asociados con enfermedades reumáticas autoinmunes. Sin embargo, la inconsistencia en el desempeño e interpretación de HEp-2 ANA se ha documentado en muchos estudios y es una fuente de preocupación e insatisfacción para médicos y laboratorios. 

Desde 2014, se ha logrado un progreso sustancial en la mejora de la armonización del reconocimiento y la notificación de patrones ANA bajo los auspicios del Consenso Internacional sobre Patrones ANA (ICAP). Sin embargo, existen grandes lagunas para lograr la coherencia en la cuantificación de ANA. Parte de la falta de coherencia entre laboratorios se debe a la variabilidad en los portaobjetos de sustrato HEp-2 y los reactivos proporcionados por los principales proveedores. Muchas otras variables están bajo el control de laboratorios individuales. Aunque la microscopía automatizada ofrece la promesa de una mejor estandarización, aún no se ha logrado la armonización entre los métodos. 

Además, los métodos adecuados para que los laboratorios individuales validen la armonización no están claros, ya que no existe un estándar ampliamente disponible, aceptado y empleado. En esta publicación, sugerimos un enfoque pragmático para la armonización de la cuantificación (o título) de ANA que pueden realizar laboratorios individuales, organizaciones más grandes y la industria. Nuestro enfoque emplea la ingeniería inversa del criterio de entrada de la ANA de 2019 para el lupus eritematoso sistémico (LES) adoptado por el Colegio Americano de Reumatología (ACR) y la Alianza Europea de Asociaciones de Reumatología (EULAR, anteriormente conocida como la Liga Europea contra el Reumatismo) para establecer parámetros de desempeño objetivo que se puedan determinar a partir de una población local de control saludable y que podrían conducir a la armonización del desempeño entre laboratorios.....

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956- Patrones ICAP- HEp-2 IFA

Edward KL Chan. Consejos para adoptar la clasificación ICAP para la elaboración de informes. Clinical Laboratory News Enero 1923. University of Florida in Gainesville. Florida .USA

¿Porque adoptar la Clasificacion del Consejo Internacional sobre Patrones ANA?

R : El ensayo de inmunofluorescencia indirecta en células HEp-2 (HEp-2 IFA), comúnmente conocido como prueba de anticuerpos antinucleares (ANA), se usa en todo el mundo para detectar autoanticuerpos, muchos de los cuales son valiosos biomarcadores para el diagnóstico de enfermedades autoinmunes sistémicas. El patrón IFA a menudo proporciona información valiosa sobre la supuesta especificidad del autoanticuerpo en una muestra.

Una limitación de informar los patrones de IFA HEp-2 es el uso de terminología que no tiene consenso internacional. Esta aparente falta de consenso en la nomenclatura y los descriptores de patrones IFA de HEp-2 impulsó la formación del comité ICAP en 2014. Los objetivos de ICAP son promover la armonización de la nomenclatura de patrones IFA de HEp-2, refinar la interpretación y los informes de resultados de pruebas, y enfatizar asociaciones inmunológicas y relevancia clínica de los patrones IFA para optimizar y alinear su uso en la atención clínica. El sitio web de ICAP www.anapatterns.org proporciona la clasificación de consenso de más de 30 patrones IFA HEp-2 con imágenes ilustrativas e información detallada sobre la relevancia inmunológica y clínica de cada patrón (Ann Rheum Dis 2019; doi.org/10.1136/annrheumdis- 2018-214436).

¿Como puede un un bioquímico comenzar a aprender sobre el ICAP? 

R: Después del registro gratuito en el sitio web de ICAP, está disponible un módulo de capacitación que cubre una introducción a ICAP y recomendaciones técnicas para realizar la prueba HEp-2 IFA. Este módulo también incluye una recomendación para dividir los patrones IFA en patrones de nivel competente y experto. Esta distinción permite a los usuarios novatos adoptar ICAP paso a paso, centrándose primero en los patrones de nivel competente, sin tener que aprender los más de 30 patrones a la vez.

La diferencia entre los patrones de nivel competente y de nivel experto se basa en dos consideraciones principales. En primer lugar, los patrones con mayor relevancia clínica se clasifican como patrones de nivel competente para garantizar que todos los usuarios puedan reconocer implicaciones clínicas importantes. En segundo lugar, algunos patrones fácilmente reconocibles se incluyen en la categoría competente incluso si la relevancia clínica es menos clara en este momento. Se recomienda encarecidamente el uso de patrones de nivel competente para informar los resultados de las pruebas.

¿Existen pautas sobre como informar los resultados de HEP-2 IFA ? 

R: La armonización de la notificación de los resultados de laHEP-2 IFA es de suma importancia. Para abordar esta necesidad, el comité ICAP publicó pautas sobre cómo informar los resultados de la prueba IFA HEp-2 (Immunol Res 2021; doi: 10.1007/s12026-021-09233-0). Estas pautas proporcionan un estándar para la nomenclatura, el contenido y el formato de un informe de prueba típico.

¿Esta aumentando la adopción de la Nomenclatura ICAP en todo el mundo?   

R: Hasta la fecha, el sitio web de ICAP se ha traducido a 19 idiomas y ha recibido más de 340.000 visitas al año de usuarios de más de 180 países. En los últimos 3 años, nuestros usuarios predominantes son jóvenes (18 a 34 años, 43 %), lo que sugiere que ICAP está llegando a la generación más joven de usuarios de IFA, incluidos estudiantes, profesionales y técnicos de laboratorio, la industria y médicos. También vale la pena señalar que en 2021, se realizaron revisiones significativas al árbol de clasificación HEP-2 IFA basadas en parte en los comentarios de la comunidad de usuarios (J Appl Lab Med 2022; doi.org/10.1093/jalm/jfab140).

¿Cuales son los planes futuros del Comite para la ICAP?

R: Dado que todavía hay necesidades insatisfechas en esta área, ICAP continúa funcionando como un trabajo en progreso. Por ejemplo, solo se completó un módulo de capacitación básica y el comité ICAP está planeando tres módulos adicionales para abordar temas como patrones múltiples, mixtos y compuestos, así como la base molecular y celular de la interpretación de patrones HEp-2. Además, el comité está planeando estudios colaborativos para abordar la caracterización de nuevos patrones IFA de HEp-2 y para refinar y actualizar la importancia clínica basada en evidencia de patrones raros. Para lograr estos objetivos, el comité continuará reuniéndose regularmente y solicitando aportes y consejos de un amplio espectro de científicos de laboratorio, profesionales de la industria y reguladores.

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955- Citometria de flujo en inmunologia

Andrea Cossarizza y otros autores. Pautas para el uso de citometría de flujo y clasificación de células en estudios inmunológicos (tercera edición). Wiley- Eur. J. Immunol. 2021;51: 2708-3145. Department of Medical and Surgical Sciences for Children & Adults, University of Modena and Reggio Emilia, Modena, Italy y otras Instituciones.

Resumen

La tercera edición de las Pautas de Citometría de Flujo proporciona los aspectos clave a tener en cuenta al realizar experimentos de citometría de flujo e incluye secciones completas que describen los fenotipos y los ensayos funcionales de todos los principales subconjuntos de células inmunitarias humanas y murinas. En particular, las Directrices contienen tablas útiles que destacan los fenotipos y las diferencias clave entre las células humanas y murinas. Otra característica útil de esta edición es el análisis de citometría de flujo de muestras clínicas con ejemplos de aplicaciones de citometría de flujo en el contexto de enfermedades autoinmunes, cánceres y enfermedades infecciosas agudas y crónicas. Además, hay secciones que detallan consejos, trucos y trampas para evitar. Todas las secciones están escritas y revisadas por expertos líderes en citometría de flujo e inmunólogos,

Directivas en tiempos de COVID-19

Los momentos de grandes dificultades son aquellos en los que se puede probar si un matrimonio es verdaderamente estable y, si se supera, fortalecer mucho la unión de una pareja. El período que ha tenido que soportar, y sigue resistiendo, el matrimonio de la inmunología y la citometría, es el que hace temblar las muñecas. Pero ahora, más que nunca, esta unión científica ha demostrado su vital importancia y fortaleza. Precisamente, la tercera edición de las Pautas de Citometría de Flujo sale a la luz en un momento en que la comunidad científica internacional continúa la batalla iniciada hace casi dos años contra la amenaza más dramática que ha recibido la humanidad desde el siglo pasado, la pandemia provocada por el SARS.-CoV-2, el virus responsable del COVID-19. Todos hemos experimentado de primera mano los efectos devastadores de la pandemia, que durante muchos meses afectó no solo nuestro trabajo y actividades, sino también todos los aspectos de nuestra vida. Desde el primer momento, inmunólogos, infectólogos y virólogos, junto con miles de otros científicos, han trabajado en conjunto para comprender algunas de las estrategias que utiliza el virus para evadir una respuesta inmune efectiva y activar una serie de mecanismos patogénicos. que causan graves daños al organismo.

Durante estos tiempos desafiantes, ha sido más que impresionante presenciar un rápido cambio desde la primera descripción de modificaciones fenotípicas de los linfocitos de sangre periférica, lo que sugiere un fuerte estado inflamatorio que indicaba el trastorno de la inmunidad innata, a una identificación cada vez más sofisticada de los linfocitos específicos: las respuestas de células T y B. Ni que decir tiene que contar, analizar o describir el papel que han tenido las técnicas de citometría de flujo durante estos dos años es casi inconmensurable.

Las versiones anteriores de las Directrices han sido muy bien recibidas por la comunidad, siendo los artículos más leídos en el European Journal of Immunology.. También se ha hecho referencia a las Directrices, lo que indica que están impulsando las mejores prácticas de citometría de flujo dentro de la comunidad inmunológica. La tercera edición de la Guía fue, como se mencionó, elaborada en un período muy difícil, con cada vez mayor entusiasmo y fuerza, con el objetivo de brindar un documento útil a nuestra comunidad de inmunólogos básicos y clínicos.

Aquí, hemos reorganizado el contenido, centrándonos en los fenotipos y los ensayos funcionales, que se actualizaron y ampliaron en comparación con las versiones anteriores. Para adaptarse a esto, las secciones sobre técnicas avanzadas de citometría de flujo, incluidas en la segunda versión, no forman parte de esta edición. De manera similar, el capítulo introductorio de la tercera edición se reduce significativamente en comparación con las dos ediciones anteriores: el contenido de los capítulos "clásicos". Los principios de citometría de flujo y clasificación de células cubiertos en la segunda versión no se incluyeron en esta versión. 

En esta ocasión, la Introducción condensada consta de aspectos clave a tener en cuenta al realizar experimentos de citometría de flujo, como la reproducibilidad, los controles esenciales, la visualización de datos y el diseño del panel en la citometría de flujo de alta dimensión. Después de la Introducción , hemos ordenado el contenido por tipo de célula y, dentro de cada tipo de célula, destacamos la sección humana seguida de la murina. Para ayudar a los investigadores a usar este manual para estudiar además la función de un tipo de célula determinado, se presentan ensayos funcionales después del tipo de celda en cuestión y todas las secciones contienen trampas novedosas para evitar, así como los mejores trucos. Otro aspecto destacado de esta edición es la declaración de relevancia clínica que será una guía útil para la aplicación inmediata del análisis fenotípico o funcional que se muestra en el contexto de, por ejemplo, COVID-19 u otros tipos de enfermedades. 

Esta sección también presenta ejemplos de la clínica y analiza las posibles aplicaciones de la citometría de flujo en el contexto de una variedad de enfermedades autoinmunes, cánceres e infecciones agudas y crónicas. Creo que esta sección será de gran ayuda para los inmunólogos clínicos que ya están o están a punto de iniciar una investigación centrada en el direccionamiento terapéutico y les permitirá monitorear un subconjunto celular determinado en salud y enfermedad. A pesar de que esta característica especial sin duda atraerá a los médicos, hemos prestado especial atención a lo que será de particular interés para nuestra leal comunidad de inmunólogos básicos. Diferencias clave en la  sección humana vs murina: creo que esta sección permitirá a los lectores no solo tener una mejor comprensión de las diferencias de fenotipo entre las células inmunitarias humanas y de ratón, sino que también será de ayuda para aquellos investigadores que deseen cerrar la brecha entre la inmunología básica y la clínica, permitiéndoles  estudiar el sistema inmunitario en entornos humanos y murinos.

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954- Estudios genéticos con errores de secuencia

Diana Kwon. Se encontró que estudios genéticos muy citados contienen errores de secuencia. Nature News article 10 February 2023.

Un análisis de dos revistas destacadas revela docenas de artículos con aparentes errores en sus reactivos de detección de nucleótidos.

La prevalencia de errores en la investigación genética publicada podría estar más extendida de lo que se pensaba, según un análisis de artículos sobre genética del cáncer en dos revistas de alto impacto.

Al revisar la información complementaria de cientos de artículos, un equipo dirigido por la investigadora del cáncer Jennifer Byrne de la Universidad de Sydney en Australia ha identificado algunos estudios muy citados que contienen errores en los reactivos en las secuencias de ADN o ARN . Los científicos usan estos reactivos por varias razones, por ejemplo, para estudiar la función de un gen o secuencia genética determinada en una enfermedad, y si las secuencias se informan incorrectamente, podría afectar la reproducibilidad de la investigación.

No está claro si los errores son accidentales o indican mala conducta. El estudio, publicado en el servidor de pre-impresión bioRxiv el 3 de febrero, no ha sido revisado por pares. Algunos investigadores también cuestionan hasta qué punto los errores a nivel de nucleótidos individuales podrían afectar las conclusiones de los artículos. Sin embargo, la mayoría coincide en que la presencia de tales errores en la literatura científica es preocupante.

“Ciertamente es desalentador ver este tipo de errores”, dice Jeremy Wilusz, biólogo molecular del Baylor College of Medicine en Houston, Texas. “Si es solo un problema de informes o algo más grande, eso no lo sé, pero no debería estar sucediendo”.

Buscando errores

Byrne y su equipo han estado investigando la literatura científica en busca de errores en las secuencias genéticas desde que encontraron un puñado de artículos con este problema en 2015. En 2021, Byrne y sus colegas analizaron casi 12.000 artículos en las revistas Gene and Oncology Reports usando Seek & Blastn, una herramienta de software que extrae secuencias cortas de nucleótidos mencionadas en artículos, que detecta posibles errores y los compara con una base de datos pública de nucleótidos conocida como Blastn. Encontraron más de 700 artículos que informaban sobre reactivos experimentales que tenían errores en sus secuencias de ARN o ADN.

En el último estudio, el equipo quería investigar revistas con un factor de impacto relativamente alto, una medida, basada en citas, que algunos utilizan como indicador del alcance y prestigio de una revista. “Posiblemente, es la literatura de alto factor de impacto a la que la gente le presta más atención”, dice Byrne.

Los investigadores se centraron en artículos sobre genética del cáncer publicados en dos revistas: Molecular Cancer, en la que habían encontrado algunos artículos con secuencias incorrectas durante análisis anteriores, y Oncogene . (Ambas revistas son publicadas por Springer Nature; el equipo de noticias de Nature es independiente de su editor).

Byrne y sus colegas examinaron manualmente los reactivos que afirman apuntar a genes humanos no modificados o secuencias genómicas en 334 artículos sobre el cáncer molecular publicados en 2014, 2015, 2018 y 2020. (Debido a que los reactivos de secuencia de nucleótidos en los artículos se informaron en los archivos complementarios, en lugar de el texto principal, el equipo no pudo usar la herramienta Seek & Blastn).

El equipo encontró errores en 253 (3,8%) de las 6.647 secuencias de nucleótidos analizadas. Los errores se distribuyeron en 92 de los 334 manuscritos y la mediana de secuencias problemáticas fue de 2 por artículo. La proporción de artículos con errores en la secuencia de nucleótidos osciló entre el 10 % de los artículos en 2016 y el 38 % en 2020. “La mayor sorpresa para nosotros fue la proporción de artículos con errores en 2020”, dice Byrne. “No esperábamos eso”.

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