John R. Mascola, Barney S. Graham, Anthony S. Fauci, Editorial: Variantes virales del SARS-CoV-2: abordar un objetivo en movimiento. JAMA. Publicado en línea el 11 de febrero de 2021. doi: 10.1001 / jama.2021.2088. Vaccine Research Center, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institutes of Health, Bethesda, Maryland
En este número de JAMA (1), Zhang y sus colegas informan sobre la aparición de una nueva variante del coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) en el sur de California que representó el 44% (37 de 85) de las muestras recolectadas y estudiadas en enero. 2021. La terminología de variación viral puede resultar confusa porque los medios de comunicación e incluso las comunicaciones científicas suelen utilizar los términos variante , cepa y linaje.indistintamente. La terminología refleja la biología de replicación básica de los virus de ARN que resulta en la introducción de mutaciones en todo el genoma viral. Cuando se seleccionan mutaciones específicas, o conjuntos de mutaciones, a través de numerosas rondas de replicación viral, puede surgir una nueva variante. Si la variación de la secuencia produce un virus con características fenotípicas claramente diferentes, la variante se co-denomina cepa . Cuando a través de la secuenciación genética y el análisis filogenético se detecta una nueva variante como una rama distinta en un árbol filogenético, nace un nuevo linaje.
Las nuevas variantes se vuelven predominantes a través de un proceso de selección evolutiva que no se comprende bien. Una vez identificadas, surgen varias preguntas con respecto a las posibles consecuencias clínicas de una nueva variante: ¿se transmite más fácilmente? ¿Es más virulento o patógeno? y ¿puede evadir la inmunidad inducida por la vacunación o una infección previa? Por estas razones, se estudian nuevas variantes virales, lo que lleva a los términos "variante bajo investigación o variante de interés".
Para comunicarse de manera eficaz sobre las nuevas variantes del SARS-CoV-2, se necesita una nomenclatura común, que al igual que el virus, está evolucionando. Afortunadamente, the World Health Organization (WHO) está trabajando en una nomenclatura sistemática que no requiere una referencia geográfica, ya que las variantes virales pueden diseminarse rápida y globalmente. Actualmente, la terminología se superpone, como se refleja en el informe de Zhang et al. Esta nueva variante (CAL.20C) se denomina linaje 20C/S:452R en la nomenclatura de Nextstrain, en referencia al clado padre 20C y la alteración de pico 452R. De manera similar, utilizando una nomenclatura PANGO distinta, esta variante deriva del linaje B (B.1.429 y B.1.427).
Si bien las alteraciones en cualquier gen viral pueden tener implicaciones para la patogénesis, las que surgen en la proteína de pico que media la entrada viral en las células huésped y es un objetivo clave de las vacunas y los anticuerpos monoclonales son de particular interés. La nueva variante, identificada en California y denominada 20C/S:452R, tiene 3 cambios de aminoácidos en la proteína de pico, representados usando la nomenclatura de aminoácidos de una sola letra: S13I, W152C y L452R. Para interpretar este nuevo conjunto de alteraciones, conviene repasar lo que se conoce sobre variantes recientes que se han vuelto predominantes en otras regiones del mundo.......
(1) Zhang W, Davis BD, Chen SS, et al. Emergence of a novel SARS-CoV-2 strain in Southern California. JAMA. Published online February 11, 2021. doi:10.1001/jama.2021.1612
