Dae-Hyun Ko, Eun Jin Lee, Su-Kyung Lee, Han-Sung Kim, So Youn Shin, Jungwon Hyun, Jae-Seok Kim, Wonkeun Song, Hyun Soo Kim. Aplicación de la secuenciación de próxima generación para detectar variantes de Mycobacterium tuberculosis farmacorresistente: correlación genotipo-fenotipo. Ann Clin Microbiol Antimicrob. 2019; 18: 2. Department of Laboratory Medicine, Hallym University College of Medicine, Chuncheon, South Korea.
Resumen
Antecedentes: La resistencia del Mycobacterium tuberculosis a los medicamenteos (MTB) es un problema de salud importante en todo el mundo. Recientemente, se ha comenzado a utilizar la tecnología de secuenciación de próxima generación (NGS) para detectar genes de resistencia de MTB. Nuestro objetivo fue evaluar la utilidad clínica del panel de investigación del TB -Ion S5 NGS para detectar la resistencia a MTB en pacientes coreanos con tuberculosis.
Métodos: Se aislaron cepas de Mycobacterium tuberculosis de muestras clínicas con varios perfiles de resistencia a los medicamentos, incluidas cepas susceptibles (N=36). Los ácidos nucleicos se extrajeron del medio de cultivo inactivado y se sometieron a NGS a base de amplicones para detectar variantes de resistencia en ocho genes (gyrA , rpoB , pncA , katG , eis , rpsL , embB e inhA ). Los datos de estudios anteriores que utilizaron el mismo panel se combinaron para producir valores combinados de sensibilidad y especificidad para detectar la resistencia a los medicamentos en comparación con los métodos basados en el fenotipo.
Resultados: Las reacciones de secuenciación fueron exitosas para todas las muestras. Se consideró que un total de 24 variantes estaban relacionadas con la resistencia y 6 de ellas eran nuevas. La concordancia entre los resultados fenotípicos y genotípicos fue excelente para isoniazida, rifampicina y etambutol, y fue pobre para estreptomicina, amikacina y kanamicina. Los valores predictivos negativos fueron superiores al 97% para todas las clases de fármacos, mientras que los valores predictivos positivos variaron (44% a 100%). Existía la posibilidad de que no se pudieran detectar mutaciones comunes debido a su baja cobertura.
Conclusiones: Aplicamos con éxito NGS para el análisis genético de resistencias a fármacos en MTB, así como para cepas susceptibles. Obtuvimos listas de polimorfismos y posibles polimorfismos, que podrían servir de guía para futuras pruebas de aplicación de NGS en laboratorios de micobacteriología. Al analizar los resultados de NGS, se debe considerar el análisis de cobertura de cada muestra para cada gen y polimorfismos benignos no relacionados con la resistencia a los medicamentos.
Introducción
La tuberculosis (TB) es una enfermedad infecciosa causada por el Mycobacterium tuberculosis (MTB) y es uno de los problemas de salud más importantes en todo el mundo. Aproximadamente 10,4 millones de casos incidentes de tuberculosis ocurrieron en 2016; la mayoría de ellos procedían de la Región de Asia Sudoriental, seguida de las Regiones de África y el Pacífico Occidental. La tuberculosis ha causado más de 1,6 millones de muertes en todo el mundo y es la novena causa principal de muerte. El control epidemiológico de la tuberculosis, especialmente las cepas resistentes a los medicamentos, es uno de los problemas más desafiantes a nivel mundial.
Se han utilizado varios métodos para detectar la susceptibilidad de MTB a varios tipos de fármacos, desde ensayos de fenotipado hasta ensayos de genotipado. Para la determinación del fenotipo de la farmacorresistencia, se pueden utilizar métodos proporcionales y métodos de concentración absoluta. Los métodos fenotípicos generalmente requieren de varias semanas a varios meses para realizarse, ya que requieren el cultivo de MTB, que es un microbio de crecimiento lento. Para superar este problema, se han utilizado métodos genotípicos para detectar resistencias a fármacos en MTB que son ensayos de sonda lineal y el ensayo Xpert MTB/RIF (Cepheid, Sunnyvale, CA, EE. UU.) Son métodos de genotipado representativos para detectar la resistencia a los fármacos..........
