699- Taxonomía de parasitología medica

Blaine A. Mathisona and Bobbi S. Pritt. Actualización de taxonomía en parasitología médica, 2016–2017. J Clin Microbiol. 2019; 57 (2): e01067-18. ARUP Laboratories, Salt Lake City, Utah, USA.Division of Clinical Microbiology, Mayo Clinic, Rochester, Minnesota, USA. Colleen Suzanne Kraft, Editor,  Emory University.

Introducción

Los parásitos abarcan un número diverso de protozoos y metazoos (helmintos y artrópodos). La taxonomía es un campo de biología en constante cambio y, a medida que comprendemos mejor las relaciones entre varios organismos, los taxones se degradan, mejoran, cambian en consecuencia. Si bien las características morfológicas se usaron tradicionalmente para describir y clasificar los diversos parásitos, y todavía lo son con la mayoría de los parásitos metazoos, los estudios moleculares realizados en las últimas décadas han redefinido nuestra comprensión de la relación entre parásitos y ahora forman la base de nuestro actual sistema de clasificación jerárquica.

El sistema de clasificación actual refleja nuestra comprensión predominante de cómo los clados parásitos (linajes monofiléticos que se cree que evolucionaron de un antepasado común) están relacionados entre sí. Este sistema esta descrito en detalle por  Adl and Mathison en la 12th edition of the Manual of Clinical Microbiology (in press) y representa el esquema taxonómico utilizado por biólogos e investigadores durante más de una década. El mayor cambio en el nuevo sistema de clasificación es el menor énfasis en los rangos de complejidad nombrados, como clase, orden  y familia, dada su naturaleza algo artificial y ocasionalmente engañosa, especialmente con respecto a la taxonomía de protozoos.

Los parásitos metazoos (helmintos y artrópodos) continúan siguiendo el sistema jerárquico clásico de Linneo. En cualquier caso, la mayoría de los organismos clasificados como "parásitos" en el ámbito médico y de salud pública todavía se rigen por el International Code of Zoological Nomenclature (ICZN) cuando se trata de descripciones y designaciones de especies.

Esta mini revisión se basa en la última actualización de taxonomía de parásitos publicada en esta revista para resumir los cambios taxonómicos de parásitos clínicamente relevantes nuevos y revisados ​​que ocurrieron en 2016 y 2017. También se incluyen los cambios taxonómicos clínicamente relevantes que ocurrieron en la última década y que no se incluyeron en la última actualización.

Métodos: Se realizó una revisión sistemática utilizando varios materiales de referencia para identificar estudios revisados ​​por pares que describen los cambios taxonómicos de parásitos de importancia clínica publicados durante enero de 2016 hasta diciembre de 2017. Entre las fuentes consultadas se encuentran el 12th edition of the Manual of Clinical Microbiology, sección VIII: Parasitología (en prensa), y el sitio web DPDx  U.S. Centers for Disease Control and Prevention’s Division of Parasitic Diseases and Malaria (DPDM). También se realizó una búsqueda sistemática en el PubMed database (U.S. National Library of Medicine National Institutes of Health) Se han incluido solamente parásitos detectados en especimen humanos.

Resultados: Los taxones parásitos revisados ​​y nuevos informados desde enero de 2016 hasta diciembre de 2017 se enumeran en Tablas 1 ​y 2,2 de esta presentación respectivamente, junto con su relevancia clínica. También se proporcionan características definitorias de laboratorio para los nuevos taxones. Durante la revisión de la literatura, también se observaron varios cambios taxonómicos clínicamente relevantes, adiciones e ideas que se habían descrito desde 2012 pero que no se incluyeron en la edición anterior de esta revisión y, por lo tanto, se incluyeron en esta mini revisión...................

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Fe de erratas: Ver  J Clin Microbiol. 2020.  24; 58(7): e00822-20.

(*) Una vez que esta en la pagina del articulo, pulsando el botón derecho puede acceder a su  traducción al idioma español. Este blog de bioquímica-clínica está destinado a profesionales bioquímicos y médicos; la información que contiene es de actualización y queda a criterio y responsabilidad de los mencionados profesionales, el uso que le den a la misma. Las páginas de este blog sin fines de lucro, se renuevan dentro de 3 días en forma automática. Cordiales saludos. 

Dr. Anibal E. Bagnarelli, 
Bioquímico-Farmacéutico-UBA. 
Licenciado en Industrias Bioquímico Farmacéuticas- UBA
Ciudad de Buenos Aires, Argentina

698- Chagas: diagnóstico presente y futuro

Virginia Balouz, Fernán Agüero, Carlos A. Buscaglia. Aplicaciones diagnósticas de la enfermedad de Chagas: conocimiento actual y pasos futuros. Adv Parasitol. 2017; 97: 1–45. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas - Instituto Tecnológico de Chascomús (IIB-INTECH), Universidad Nacional de San Martín (UNSAM) 

Resumen

La enfermedad de Chagas, causada por el protozoo Trypanosoma cruzi, es una patología debilitante de por vida, de gran importancia América Latina y una amenaza emergente para la salud pública mundial. Al ser una enfermedad desatendida, la mayoría de los pacientes chagásicos tienen acceso limitado a un diagnóstico y tratamiento adecuados, y solo hay una inversión marginal en investigación para el desarrollo de medicamentos y vacunas. En este contexto, la identificación de nuevos biomarcadores capaces de trascender los límites actuales de los métodos de diagnóstico surge como una prioridad principal en la investigación aplicada de la enfermedad de Chagas. La expectativa es, que estos nuevos biomarcadores proporcionen resultados confiables, reproducibles y precisos independientemente de los antecedentes genéticos, la cepa del parásito infectante, el estadio de la enfermedad y las características clínicas asociadas de las poblaciones chagasicas. Además, deberían poder abordar otras necesidades de diagnóstico aún no satisfechas, como su transmisión  evaluación rápida de la eficacia o el fracaso del tratamiento, indicación /predicción de la progresión de la enfermedad y tipificación directa del parásito en muestras clínicas. La falta de acceso de las poblaciones pobres y desatendidas a los diagnósticos esenciales también enfatiza la necesidad de desarrollar nuevos métodos operativos en los entornos Point-of-Care (PoC). En resumen, las pruebas diagnósticas emergentes que integran estas herramientas novedosas y personalizadas deberían tener un impacto significativo en la efectividad de los esquemas de intervención actuales y en el manejo clínico de los pacientes chagásicos. En este capítulo, discutimos el conocimiento actual y los posibles pasos futuros en las aplicaciones diagnósticas de la enfermedad de Chagas, así como la oportunidad que brindan los avances recientes de métodos de alto rendimiento para el descubrimiento de biomarcadores.

Introducción 

La enfermedad de Chagas o tripanosomiasis americana, causada por el protozoo parásito Trypanosoma cruzi (Kinetoplastida, Trypanosomatidae), es una enfermedad tropical desatendida de por vida y la principal causa de miocardiopatía en áreas endémicas (Rassi, Rassi y Marin-Neto, 2010 ). Con 8 a 10 millones de personas ya infectadas y hasta 120 millones de personas en riesgo de infección, la enfermedad de Chagas constituye la enfermedad parasitaria más importante de América Latina y una de las más comunes a nivel mundial (Stanaway y Roth, 2015). Sin embargo, su carga exacta es difícil de evaluar debido a varios factores, incluida la amplia distribución geográfica de la transmision del T.cruzi a través de vectores, el lapso de décadas entre la infección y la aparición de síntomas, ciertos errores de los métodos de diagnóstico actuales, datos de prevalencia sesgados y reconocimiento incompleto de los síntomas atribuibles a la enfermedad de Chagas (Stanaway y Roth, 2015). Las estimaciones más recientes indican que la enfermedad de Chagas es responsable de  (-) 550,000 años de vida ajustados por discapacidad (AVAD), una medida que captura tanto la mortalidad prematura (12,000 muertes por año) como las pérdidas de salud no fatales (Stanaway y Roth, 2015). A pesar de este enorme número de víctimas, solo dos medicamentos tripanocídicos, el benznidazol y el nifurtimox, están disponibles actualmente para quimioterapia. Ambos son compuestos orales nitro-heterocíclicos que requieren una administración prolongada, pueden presentar efectos adversos graves, no pueden usarse para tratar a mujeres embarazadas debido a sus riesgos teratogénicos inciertos y, lo más importante, muestran una alta eficacia únicamente si se administran al inicio de la infección (Carlier y Truyens,2015; Rassi, Rassi y Marin-Neto, 2010 ; Viotti et al., 2006 ). Las perspectivas para el desarrollo de una vacuna eficaz con fines profilácticos y /o terapéuticos, por otro lado, aún se ven empañadas por importantes desafíos científicos y socioeconómicos ( Beaumier et al., 2016 ;Bustamante y Tarleton, 2015)...........

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Bioquímico-Farmacéutico-UBA. 
Licenciado en Industrias Bioquímico Farmacéuticas- UBA
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697- Toxoplasmosis

A. Alonso Aguirre y otros. Enfoque de salud único para la toxoplasmosis: estrategias de epidemiología, control y prevención. Ecohealth. 2019; 16(2): 378–390. Department of Environmental Science and Policy, George Mason University, Fairfax, USA. y otros.

Resumen

One Health es un esfuerzo colaborativo e interdisciplinario que busca una salud óptima para las personas, los animales, las plantas y el medio ambiente. La toxoplasmosis, causada por Toxoplasma gondii , es una infección intracelular de protozoos distribuida en todo el mundo, con un ciclo de vida heteroxíneo que afecta prácticamente a todas las homeotermas y en la que los felinos actúan como reservorios definitivos. Aquí, revisamos la historia natural de T. gondii, su transmisión e impactos en humanos, animales domésticos, vida silvestre terrestre y acuática, y ecosistemas. Se revisan las estrategias de epidemiología, prevención y control, con el objetivo de facilitar el conocimiento de esta enfermedad y promover colaboraciones transdisciplinarias, investigación integradora y desarrollo de capacidades entre universidades, agencias gubernamentales, ONG, formuladores de políticas, médicos en ejercicio, veterinarios y el público en general. público.

Introducción

La toxoplasmosis, causada por una infección con el coccidio Toxoplasma gondii , es un importante problema de salud pública en todo el mundo. Se estima que entre el 8 y el 22% de las personas en los EE. UU. Están infectadas, y existe una prevalencia similar en el Reino Unido . En América Central, América del Sur y Europa continental, las estimaciones de la infección rango de 30 a 90% .

Estas infecciones tienen consecuencias significativas que afectan la mortalidad y la calidad de vida. En los EE. UU., Donde más de un millón de personas se infectan cada año y aproximadamente 2839 personas desarrollan enfermedades oculares sintomáticas anualmente, el costo de la enfermedad se estima en casi $ 3 mil millones y una pérdida de 11,000 años de vida ajustados por calidad anualmente. Mead y col.(1999) sugirieron que el T. gondii es uno de los tres patógenos (junto con Salmonella y Listeria ) que representan el 75% de todas las muertes debidas a enfermedades transmitidas por alimentos en los Estados Unidos. Scallan y col.(2011) estimaron que el toxoplasma causó el 8% de las hospitalizaciones y el 24% de las muertes en los Estados Unidos como resultado de enfermedades transmitidas por alimentos.

Como estrategia global, One Health reconoce la interconexión de la salud de las personas, los animales, las plantas y el medio ambiente desde los niveles locales hasta los globales y emplea un enfoque holístico que alienta y expande las colaboraciones transdisciplinarias, la investigación integradora, el desarrollo de capacidades, la práctica clínica, política y comunicación entre muchas partes interesadas. Este enfoque puede superar los límites burocráticos y representa una oportunidad para nuevas asociaciones enfocadas en soluciones para humanos, animales, plantas y el medio ambiente.......... 

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696- Giardia duodenalis

Martin F. Heyworth- Giardia duodenalis: genetica y huespedes. Parasite. 2016; 23:13. Research Service, Medical Center, University Philadelphia. Department of Medicine, Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania Philadelphia. USA

Resumen

Las técnicas para subclasificar los trofozoítos de Giardia duodenalis morfológicamente idénticos han incluido comparaciones de la movilidad electroforética de las enzimas y de los cromosomas, y la secuenciación de genes que codifican β-giardina, triose fosfato isomerasa,  la pequeña subunidad de ARN ribosómico y glutamato deshidrogenasa. Hasta la fecha, los organismos de G. duodenalis se han subclasificado en ocho conjuntos genéticos (designados A – H). El genotipado de los organismos de G. duodenalis aislados de varios huéspedes ha demostrado que los ensamblajes A y B infectan la mayor variedad de especies de huéspedes y parecen ser los principales (o posiblemente los únicos) G. duodenalis ensamblajes que indudablemente infectan sujetos humanos. Al menos en algunos casos de infección por ensamblaje A o B en mamíferos salvajes, hay evidencia sugestiva de que la infección fue el resultado de la contaminación ambiental por quistes de G. duodenalis de origen humano.

Introducción

Los organismos de Giardia morfológicamente similares o idénticos , denominados Giardia duodenalis (sinónimos G. intestinalis y G. lamblia ), pueden infectar el intestino de numerosas especies de mamíferos huéspedes. El G. duodenalis es la única especie de Giardia que causa infección humana; otras especies actualmente reconocidas en este género incluyen las siguientes (los hosts se mencionan entre paréntesis): Giardia muris (roedores) , G. microti (topillos, ratas almizcleras), G. psittaci (periquitos) , G Ardeae(garzas azules grandes)  y G. agilis (anfibios) .

A partir de la década de 1980, se han desarrollado métodos cada vez más precisos para subclasificar los organismos morfológicamente idénticos de G. duodenalis . Los primeros trabajos de este tipo implicaron el examen de la movilidad electroforética de las enzimas G. duodenalis . A mediados de la década de 1990, dicho trabajo delineó dos subpoblaciones distintas de G. duodenalis , denominadas conjuntos A y B. La evidencia adicional de heterogeneidad de G. duodenalis surgió del estudio de la movilidad electroforética de los cromosomas de Giardia. La amplificación de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) de G. duodenalis y el análisis y secuenciación de los productos de PCR resultantes del ADN y el polimorfismo de longitud de fragmento de restricción (RFLP), agregaron una mayor comprensión de la heterogeneidad del organismo, confirmando la existencia de ensamblajes  A y B que junto con los datos de la electroforesis enzimática, delinearon seis conjuntos adicionales (C – H).

Los genes de Giardia duodenalis (loci genéticos) utilizados para genotipar los organismos incluyen genes que codifican β-giardina (bg), triosa fosfato isomerasa (tpi), la pequeña subunidad de ARN ribosómico (ssu) y glutamato deshidrogenasa (gdh). Se ha demostrado que los ensamblajes de Giardia duodenalis son relativamente específicos para ciertos hospedadores (ensamblajes C – H) o esencialmente sin restricciones en términos de las especies de hospedadores que pueden infectar (ensamblajes A y B)- Dentro de un solo "aislado" de G. duodenalis , diferentes loci genéticos pueden tener secuencias de ADN típicas de diferentes ensamblajes (p. Ej., Ssu típico del ensamblaje B, y tpi y bg típicos del ensamblaje A), una situación que puede hacerlo poco realista tratar de asignar un aislado dado de G. duodenalis exclusivamente a uno u otro conjunto............... 

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Bioquímico-Farmacéutico-UBA. 
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695- Amebiasis: diagnóstico en el Laboratorio

Syazwan Saidin, Nurulhasanah Othman. Rahmah Noordin. Actualización sobre diagnóstico de laboratorio de amebiasis- Revisión.SpringerLink. European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases 2019; 38: 15–38. Institute for Research in Molecular Medicine, Universiti Sains Malaysia, Penang, Malaysia.

Resumen

La amebiasis, una enfermedad de protozoos entéricos causada por la Entamoeba histolytica, es un problema de salud pública en muchos países en desarrollo, que causa hasta 100,000 casos fatales anualmente. La detección de la E. histolytica patógena y su diferenciación de la Entamoeba spp. no patógena desempeñan un papel crucial en el manejo clínico de los pacientes. El diagnóstico de laboratorio de la amebiasis intestinal en los países en desarrollo aún se basa en métodos de mano de obra intensiva que implican la tinción de muestras de heces y microscopía. Los métodos actualizados y más sensibles incluyen una variedad de ELISA para la detección de antígeno y las pruebas rápidas; sin embargo, su sensibilidad y especificidad diagnóstica parecen variar entre los estudios y algunas pruebas no distinguen entre diferentes especies de  Entamoeba. Las técnicas de detección molecular son altamente sensibles y específicas y los enfoques de amplificación isotérmica se pueden desarrollar en pruebas aplicables en el campo; sin embargo, el costo sigue siendo una barrera para su uso como método de prueba de laboratorio de rutina en la mayoría de las áreas endémicas. El diagnóstico de laboratorio de la amebiasis extraintestinal enfrenta desafíos por falta de detección definitiva de la infección actual en pruebas de punto de atención disponibles comercialmente. Para ambos tipos de amebiasis, todavía existe la necesidad de pruebas altamente sensibles y específicas que sean rápidas y rentables para su uso en países en desarrollo donde la enfermedad es prevalente. En los últimos años, se están descubriendo nuevas moléculas de valor diagnóstico y  desarrollando nuevas pruebas.

Introducción

La amebiasis sigue siendo un gran desafío para la salud pública en muchas regiones, especialmente en los países  donde prevalecen la pobreza y bajos ingresos, y desafíos complejos están obstaculizando su desarrollo económico. Las áreas con altas tasas de infección amebiana incluyen partes de India, Bangladesh, países de África tropical, Brasil,  México, China y el sudeste asiático. Se estima que afecta a 50 millones de personas en todo el mundo y causa hasta 100.000 muertes al año. Aproximadamente el 90% de las personas infectadas son portadores asintomáticos; el otro 10% muestra síntomas clínicos como colitis, disentería y amebiasis extraintestinal.

La manifestación clínica más común de infección extraintestinal es el absceso hepático amebiano (ALA) y un retraso en el diagnóstico y el tratamiento que puede causar la muerte. A pesar de la prevalencia de la amebiasis, todavía no existe una vacuna para prevenir esta enfermedad. La infección humana generalmente se encuentra en áreas con malas condiciones sanitarias, tratamiento inadecuado del agua y bajo nivel socioeconómico. El único reservorio es humano y la infección ocurre a través de alimentos, agua o manos contaminadas con material fecal que contiene quistes. Se ha informado de la transmisión de persona a persona a través del contacto oral-genital y oral-anal, especialmente entre los homosexuales y aquellos con mala higiene personal.

El diagnóstico de amebiasis intestinal se basa en síntomas clínicos y resultados de pruebas de laboratorio. Se necesita una mejora continua de los programas de salud, así como el monitoreo y el mapeo de la prevalencia de la amebiasis y esto requiere buenas herramientas de diagnóstico. Esta revisión describe el diagnóstico de laboratorio de la amebiasis. Además de los métodos convencionales, se ha realizado una cantidad considerable de trabajo para desarrollar pruebas de diagnóstico serológicas y moleculares nuevas y mejoradas tanto para fines clínicos como de investigación.

Diagnóstico de laboratorio de amebiasis.

Los métodos de diagnóstico de laboratorio para la amebiasis se basan en técnicas parasitológicas, inmunológicas y moleculares. La observación microscópica del parásito en heces, fluidos corporales o muestras de tejido se considera el "estándar de oro" en el diagnóstico. Los pacientes en áreas endémicas con signos y síntomas clínicos que incluyen malestar gastrointestinal y diarrea acuosa o sanguinolenta deben sospecharse de amebiasis intestinal. El diagnóstico de laboratorio de la enfermedad intestinal se puede realizar mediante microscopía, cultivo, análisis de isoenzimas, prueba de detección de antígeno, prueba de base molecular y prueba de punto de atención (POC).

El diagnóstico de laboratorio de la amebiasis extraintestinal es diferente del de la amibiasis intestinal de dos formas. Primero, la mayoría de los pacientes con amebiasis extraintestinal, especialmente ALA, no tienen colitis amebiana concurrente. Por lo tanto, el análisis de la muestra de heces generalmente no se realiza para casos sospechosos de ALA, a menos que también estén presentes síntomas intestinales. En segundo lugar, la mayoría de los pacientes con amebiasis intestinal han estado expuestos a Entamoeba histolytica y han desarrollado anticuerpos IgG contra este parásito que pueden persistir durante algún tiempo. Por lo tanto, el diagnóstico definitivo utilizando los ensayos de detección de anticuerpos IgG disponibles es un desafío debido a la dificultad de diferenciar las infecciones pasadas y actuales.........

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Ciudad de Buenos Aires, Argentina

694- Fase prehospitalaria: laboratorio clínico y medicina de emergencia

Q/A: Moderador: Octavia M. Peck Palmer, Expertos: Sarah E. Wheeler, Mario Plebani, Daniel Patterson, Nichole L. Korpi-Steiner, Cameron Martin. Reconocimiento de la fase preanalítica prehospitalaria: esfuerzos de colaboración entre el laboratorio clínico y la medicina de emergencia para garantizar pruebas de calidad. Oxford Clin Chem 2020: 66 (8); 998–1005.  Critical Care Medicine and Clinical and Translational Science, University of Pittsburgh School of Medicine.

Anualmente, en los EE. UU., 145 millones de pacientes son atendidos en el Departamento de Emergencias (DE). Entre estos, 22 millones llegan en ambulancia, que es un modo de transporte de Servicios Médicos de Emergencia (EMS), y otros llegan en transporte personal, sin cita previa o ambulancia aérea. El DE admite aproximadamente el 20% de los pacientes que llegan por EMS al hospital para recibir atención avanzada. Los técnicos de emergencias medicas brindan atención compleja a los pacientes mientras se dirigen al hospital que incluye realizar pruebas de punto de atención (POCT), como pruebas de glucosa para identificar hipoglucemia y pruebas de lactato para la detección temprana de sepsis. También administran medicamentos a través de varias vías: oral, intravenosa, intramuscular o endotraqueal. Al llegar al hospital, los pacientes pueden someterse a una serie de evaluaciones invasivas y no invasivas que incluyen signos vitales, radiografías y pruebas de laboratorio.

Tanto durante el transporte como una vez admitido, esta población de pacientes presenta consideraciones preanalíticas únicas. Las intervenciones administradas durante el transporte pueden tener un impacto significativo en la precisión de las pruebas en el hospital y generar coleccione de muestras innecesarias que tengan como objetivo investigar los resultados anormales de las pruebas. Estas colecciones adicionales pueden prolongar la atención y alargar el tiempo de respuesta (TAT) desde la recolección de muestras hasta los resultados de otras pruebas o procedimientos médicamente necesarios.  A medida que las pruebas dirigidas por EMS se expanden, la evaluación colaborativa de la fase preanalítica prehospitalaria y el impacto en las pruebas clínicas es esencial.

En abril de 2020, una iniciativa entre Partners HealthCare y EMS anunció el inicio de las pruebas de COVID-19 en el hogar en Boston, MA. Cómo y cuándo se realizaran esta prueba puede afectar los resultados. Una consecuencia negativa de esta prueba es un resultado falso negativo. Los pacientes asintomáticos que se presentan al DE clasificados como COVID-19 negativos se tratarán de manera diferente en comparación con un paciente COVID-19 positivo desde el punto de vista de triaje ED, atención hospitalaria y procesamiento de muestras clínicas de laboratorio y precauciones de prueba.

Faltan protocolos estandarizados a nivel nacional que guíen la recolección de muestras y las pruebas para este entorno pre-hospitalario único. Por lo tanto la colaboración continua entre EMS y ED  es necesaria para que  expertos en laboratorios clinicos para evaluar la fase de prueba total y reconocer los desafíos prehospitalarios asociados con pacientes que están gravemente enfermos o lesionados y llegan a través del transporte EMS. 

Para abordar la fase prehospitalaria durante el transporte EMS, invitamos a cinco expertos a compartir sus puntos de vista sobre cómo: 
i) identificar y mitigar los desafíos prehospitalarios, y
ii) construir relaciones multidisciplinarias para garantizar pruebas de calidad....... 

Temas en discusión:

1) ¿Se discuten errores preanalíticos y analíticos comunes que se presentan en poblaciones de pacientes de transporte de emergencia?

2) ¿Cómo pueden los laboratorios clínicos ayudar efectivamente a reducir los errores analíticos durante el transporte de emergencia?

3) ¿Qué consideraciones especiales hacen que las pruebas de punto de atención de transporte de emergencia sean diferentes de las pruebas estándar de punto de atención en el hospital, y cómo podemos abordar estos problemas?

4) ¿Qué intervenciones administradas durante el transporte de emergencia pueden tener un impacto preanalítico inmediato o continuo en el punto de atención y sobre las pruebas de laboratorio central?

5) ¿Cómo pueden colaborar los laboratorios clínicos y las divisiones de medicina de emergencia para garantizar una atención óptima al paciente durante y después del transporte de emergencia y su permanencia en el departamento de emergencia?

6) ¿Qué orientación nacional e internacional está disponible para ayudar a crear flujos de trabajo y pautas para mejorar las pruebas de pacientes en esta población?

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693- PCR-RT multiplex con virus respiratorios

Shengyun Liao, Lingli Wang, Xiang Ji, Qiang Li, Lan Ma. Detección simultánea de 15 patógenos respiratorios con un prueba de PCR multiplex en tiempo real, basado en análisis de curvas de fusión de sonda de fluorescencia. Int J Mol Epidemiol Genet. 2019; 10(2): 29–37. Shenzhen Yilifang Biotech Co. Ltd, Shenzhen , China,

Resumen

Las infecciones agudas del tracto respiratorio son comunes en todo el mundo y son causadas por una gran diversidad de patógenos. Un método de diagnóstico rápido y preciso de infección respiratoria es crucial para una intervención clínica oportuna. Aquí, al combinar el análisis de curva de fusión de fluorescencia y el análisis multiplex en tiempo real, desarrollamos un método novedoso que puede detectar simultáneamente 15 virus respiratorios. La especificidad para los genes diana fue del 100%, según se evaluó con un panel de 47 agentes patógenos respiratorios, que no indicaron reacciones cruzadas. Los límites de detección del ensayo a nivel de ácido nucleico variaron de 5 a 500 copias/μL de ácidos nucleicos. En comparación con el método de cultivo convencional, en 384 muestras clinicas nuestro ensayo mostró más del 75% de sensibilidad y 100% de especificidad para cada patógeno respiratorio . Aún más, la correlación kappa para todos los patógenos varió de 0.86 a 1.00. En general, este método tiene características de alto rendimiento, bajo costo y alta sensibilidad y precisión, lo que demostró que  es muy adecuado para pruebas clínicas de rutina en infecciones respiratorias.

Introducción

Las infecciones agudas del tracto respiratorio son la principal causa de morbilidad y mortalidad en todo el mundo, especialmente en lactantes y niños pequeños. Los patógenos causan infecciones respiratorias agudas que son muy variables, incluyendo predominantemente 26 virus  identificados hasta ahora, así como hongos y bacterias filogenéticamente diversas, como bacterias Gram negativas (por ejemplo, estreptococos), Clamidia-especies y micoplasma. Los síntomas clínicos similares de las infecciones respiratorias causadas por diversos agentes patógenos dificultan el diagnóstico diferencial basado en parámetros clínicos. Por lo tanto, la detección rápida y precisa de patógenos respiratorios es importante para el manejo clínico oportuno, la reducción del abuso inadecuado de antibióticos y la prevención de brotes y epidemias.

Los avances en biología molecular han mejorado dramáticamente la detección clínica de patógenos. En particular, la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y la PCR de transcripción inversa ahora se usan ampliamente para detectar virus respiratorios, exhibiendo una sensibilidad superior para la detección de virus respiratorios sobre los métodos más convencionales de cultivo de virus y pruebas rápidas de detección directa de antígeno. El desarrollo de la tecnología de PCR multiplex a partir de técnicas de PCR convencionales anteriores ha permitido la detección simultánea de múltiples patógenos respiratorios de una sola muestra de paciente, lo que ahorra tiempo, esfuerzo y costos. En los últimos años, han surgido una variedad de nuevas técnicas de PCR multiplex basadas en la PCR multiplex común, incluida la tecnología de oligonucleótidos de cebado dual, la amplificación de sonda dependiente de la ligadura multiplex  y una técnica de extensión específica del objetivo, que combina PCR multiplex con tecnología de chip de fase líquida.

La mejora de varios aspectos de las condiciones comunes de PCR en estas tecnologías ha permitido lograr una detección de alto rendimiento con alta sensibilidad y especificidad. Aunque el uso de estas tecnologías tiene las ventajas de aumentar la sensibilidad de detección y la automatización, están asociadas con un mayor número de pasos operativos junto con un mayor tiempo operativo, riesgo de contaminación y costo.

La reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT) ha sido el estándar de oro para analizar genes relacionados con enfermedades durante décadas. Los métodos actuales de RT-PCR permiten la detección simultánea de solo dos o tres patógenos en una sola reacción  debido a la capacidad discriminatoria limitada de los instrumentos. El análisis de curva de fusión de fluorescencia basado en sonda multicolor se desarrolló para superar estas limitaciones........

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692- Pruebas de laboratorio en el COVID-19- (II)

Daniel Shyu, James Dorroh, Caleb Holtmeyer. Pruebas de laboratorio para COVID-19: una revisión de publicaciones evaluada por pares e implicaciones para su utilización clínica. Mo. Med. 2020 May-Jun; 117(3): 184–195. Department of Medicine, University of Missouri Columbia, USA

Resumen

Las pruebas de diagnóstico para la infección por coronavirus 2019 (COVID-19) son críticas para un diagnóstico rápido, tratamiento y aislamiento para romper el ciclo de transmisión. Una reacción en cadena de polimerasa con transcriptasa inversa positiva en tiempo real (RT-PCR), junto con datos clínicos y epidemiológicos, es el estándar actual para el diagnóstico, pero aún existen varios desafíos. Los ensayos serológicos ayudan a comprender mejor la epidemiología y evaluar las respuestas a las vacunas, pero no son confiables para el diagnóstico en la fase aguda de la enfermedad o para asumir inmunidad protectora. La serología está llamando la atención, principalmente debido a que el plasma convaleciente gana importancia como tratamiento para los casos de agravamiento de la enfermedad en pacientes con COVID-19. Proporcionamos una revisión sobre  estudios de investigación revisados ​​por pares sobre RT-PCR, serología e inmunoanálisis de antígenos para COVID-19,

Introducción

Hay falta de orientación para los médicos sobre la interpretación de la evidencia publicada y las limitaciones de las pruebas de laboratorio emergentes para la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19). El diagnóstico actual requiere una combinación de síntomas/signos de infección respiratoria y una reacción positiva en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR) para el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus-2 (SARS-CoV-2). El  CDC-China presento por primera vez el genoma del SARS-CoV-2 en el  Global Initiative on Sharing All Influenza Data  para compartir todos los datos de la influenza. Luego, el CDC-USA obtuvo la autorización de la FDA para el uso en emergencia (EUA) de la primera RT-PCR. Las pruebas se limitaron a los CDC, pero luego se extendieron a otras agencias como el CLIA-USA que autorizo un test de diagnóstico para aislamiento rápido para interrumpir el ciclo de transmisión. Con el aumento de las EUA, se necesitan consideraciones cuidadosas para interpretar los resultados de las pruebas.

El RT-PCR detecta el ácido ribonucleico viral (ARN) usando cebadores/sondas fluorogénicas y etapas de ciclo térmico.  Es sensible, seguro y rentable como  los métodos de cultivo viral, pero con  limitaciones. La serología también ha llamado la atención sobre la base de ciertas ventajas, es decir, la estimación de la sero-prevalencia, las infecciones asintomáticas, el rastreo de contactos y la efectividad de la vacuna. En el SARS, la serología fue confiable para el diagnóstico basado en una prueba negativa durante la enfermedad aguda seguida de una serología positiva en muestras convalecientes, o un aumento cuádruple de títulos agudos a convalecientes, probados en paralelo.  El inmunoensayo de flujo lateral (LFIA), el inmunoensayo de quimioluminiscencia o el ensayo inmunoabsorbente ligado a enzimas tradicional (ELISA) son métodos comunes, que se basan en la afinidad de IgG /IgM a las proteínas recombinantes de espiga (S) y nucleocápside (N) para el SARS-CoV-2 , y son pruebas de punto de atención (POC) con un tiempo de respuesta rápido, pero también existen ciertas desventajas...................

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Rendimiento clínico de dos ensayos serológicos de SARS-CoV-2 (Nuevo)

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Dr. Anibal E. Bagnarelli, Bioquímico-Farmacéutico-UBA. 
Ciudad de Buenos Aires, Argentina

691- HIVDR: futuras tecnologías

Urvi M. Parikh, Kevin McCormick, Gert van Zyl, John W. Mellorsa. Tecnologías futuras para controlar la resistencia a los medicamentos contra el VIH y su curación. Curr Opin HIV AIDS. 2017; 12(2): 182–189. Division of Infectious Diseases, Department of Medicine, University of Pittsburgh, Pittsburgh, Pennsylvania, USA.

Propósito de la revisión:  Se necesitan ensayos sensibles, mensurables y asequibles para monitorear el éxito de las intervenciones para  prevenir, tratar e intentar curar la infección por VIH. Esta revisión evalúa las tecnologías actuales y emergentes que son aplicables tanto para la vigilancia de la resistencia a los medicamentos contra el VIH (HIVDR) como para la caracterización de los reservorios de VIH que persisten a pesar de la terapia antirretroviral y que son obstáculos para curar la infección del mismo

Hallazgos recientes:  La secuenciación de próxima generación (NGS) tiene el potencial de adaptarse a enfoques rentables y de alto rendimiento para la vigilancia y monitoreo de la VIHDR durante la ampliación continua de la terapia antirretroviral y el despliegue de la profilaxis previa a su exposición. Del mismo modo, las mejoras en PCR y NGS están dando como resultado una secuenciación de genoma único de mayor rendimiento para detectar provirus intactos y caracterizar los sitios de integración de VIH y las expansiones clonales de células infectadas.

Resumen:  Los métodos actuales de genotipado de la población para el monitoreo de resistencia son de alto costo y bajo rendimiento. La NGS, combinado con matrices de recolección y almacenamiento de muestras más simples (por ejemplo, manchas de sangre seca), tiene un potencial considerable para ampliar la vigilancia global y el monitoreo de pacientes con VIHDR. Es probable que las adaptaciones recientes de NGS para identificar sitios de integración del VIH en el genoma humano y caracterizar los provirus integrados del VIH faciliten las investigaciones sobre el impacto de las intervenciones experimentales "curativas" en los reservorios de VIH.

Introducción

Se necesitan con urgencia ensayos sensibles, mensurables y asequibles para monitorear el éxito de las intervenciones para prevenir, tratar e intentar curar la infección por VIH. Dieciocho millones de personas se encuentran actualmente en Terapia Antirretroviral (TAR), y los objetivos recientes de ONU-SIDA tienen como objetivo aumentar ese número al 90% de todas las personas infectadas. Al mismo tiempo, la Profilaxis Previa a la Exposición (PrEP) se implementa con tenofovir/emtricitabina oral, que también es un componente clave del TAR de primera línea, y está planificada para miles de personas en riesgo en todo el África subsahariana, Europa y los Estados Unidos. La propagación del VIH-drogaresistente sigue siendo la mayor amenaza para socavar el beneficio para la salud pública, sin embargo el 'Test and Treat'  y la implementación de PrEP, actualmente no está ampliamente disponible debido a su alto costo y bajo rendimiento. Es poco probable que esta situación cambie sin los  avances tecnológicos que tengan efectos importantes en el costo y la capacidad.

Aunque la TAR y PrEP tienen el potencial de reducir la incidencia del VIH, ambos enfoques requieren accesibilidad a los medicamentos y suministro continuo de los mismos, que necesitan  muchos recursos. El informe del ‘Berlin Patient’ de 2009, impulsó los esfuerzos mundiales para lograr una cura asequible del VIH que redujera la transmisión del VIH sin la necesidad de TAR de por vida. Un obstáculo importante para el progreso hacia una cura del VIH ha sido la dificultad para cuantificar y caracterizar el reservorio del VIH que conduce a una recaída viral después de detener el TAR. 

La secuenciación de próxima generación (NGS) ahora se está adaptando para ayudar a identificar los virus del VIH intactos (competentes en replicación) y sus sitios de integración en el genoma humano. La última aplicación condujo al reconocimiento de que las expansiones clonales de las células infectadas por el VIH son comunes. Otros refinamientos de los ensayos de NGS deberían facilitar la evaluación de la eficacia de las intervenciones experimentales destinadas a reducir los reservorios de VIH y controlar el VIH.

La revisión actual analiza las limitaciones de los ensayos actuales para la vigilancia de la resistencia a los medicamentos y la investigación de la cura del VIH, los avances recientes en la aplicación de NGS como posibles soluciones y las mejoras importantes que se necesitan para aprovechar todo el potencial de los ensayos de NGS............

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690- Hepatitis E en Bancos de Sangre

Fiona Boland,a, Auxiliadora Martinez, Louise Pomeroy, Niamh O'Flahertya. Detección del virus de Hepatitis E en donantes de sangre en la Unión Europea. Karger-Transfus Med Hemother. 2019; 46(2): 95–103. Irish Blood Transfusion Service  and NAT Laboratory, National Virus Reference Laboratory, University College Dublin , Dublin, Ireland

Resumen

Este artículo de revisión resume las estrategias de detección del virus de la hepatitis E (HEV) en donantes de sangre en la Unión Europea (UE). Desde 2012, ocho países de la UE han implementado la detección de HEV. Las tasas locales de seroprevalencia, incidencia de ARN y epidemiología molecular son variables y no suelen ser directamente comparables. Informamos el rango de tasas de reactividad de ARN-HEV de 1/744 donaciones (Francia) de 1/ 8,636 donaciones (Gales) con una tasa general de la UE de 1/3,109 donaciones (se analizaron 3,2 millones de donaciones). Los genotipos HEV 3c, 3e y 3f son los subtipos más frecuentemente reportados. En estos 8 países, se han introducido pruebas de detección tanto universales (n = 5) como selectivas (n = 3) utilizando donación individual (ID; n = 1) o mini-pool (MP; n= 7; MP-6, -16, -24 y -96). También describimos la experiencia irlandesa de la detección de HEV mediante un algoritmo de detección de donantes basado en ID-NAT que intercepta donaciones incluso de aquellos con viremia de bajo nivel; 21 de 56 donantes (37.5%) tenían una carga viral (VL) menor de 100 UI/mL. Realizamos un experimento MP-24 que puede resultar útil en relación con la detección de donantes y la transmisibilidad de componentes sanguíneos asociados. Los resultados irlandeses indican que el 59% de los donantes con un HEV-VL menor de 450 UI / ml puede haber tenido un resultado negativo en un MP-24.

Introducción

Muchos establecimientos de sangre han evaluado la necesidad de controlar componentes sanguíneos probados con ARN del virus de la hepatitis E (HEV) para mitigar el riesgo de transfusión transmitida (TT)-HEV. Esto, a pesar del conocimiento de que la exposición dietética al HEV excede el riesgo de transfusión de sangre en la mayoría de los casos. En ausencia de una regulación de detección de donantes de sangre para impulsar un enfoque estándar de la Unión Europea (UE), las decisiones de los servicios de sangre en relación con HEV se guían por complejidades logísticas, económicas y éticas. Desde el 1 de enero de 2015, la European Pharmacopoeia estableció un requisito obligatorio para la detección de HEV-NAT de plasma tratado con solvente/detergente (S/D). En 2017, la European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) publicó un informe de vigilancia que abarca 10 años de datos epidemiológicos sobre HEV en Europa. Durante este período de tiempo, el 80% de las infecciones por HEV (16.810/21.018) se notificaron en 3 países de la UE: Alemania, Francia y el Reino Unido. Otra publicación de 2017 que son el resultado de una reunión de consulta de expertos del ECDC que evalúa el riesgo y la prevención de la transmisión de HEV a través de sustancias de origen humano (Lisboa: 27 de mayo de 2016; participantes de 11 países de la UE) comenta: “si se implementa, la detección de las donaciones de sangre debería realizarse con conocimiento medico de su sensibilización la estricta recomendación dietética para pacientes en riesgo”. Una encuesta de consulta sobre la detección de HEV en 16 países diferentes sugirió que "la detección de sangre es una opción, pero según la mayoría de los encuestados requiere datos y análisis adicionales", y la solución preferida es la erradicación de HEV de fuentes ambientales . No existen otros requisitos reglamentarios obligatorios.

Los primeros en adoptar la detección de HEV para plasma tratado con S/D fueron los servicios de sangre franceses (27 de noviembre de 2012)  y holandeses (enero de 2013). El 1 de enero de 2016, el Servicio Irlandés de Transfusión de Sangre (IBTS) implementó la prueba universal de donación individual (ID)-NAT para el ARN-HEV. Varios factores contribuyeron a esta decisión. En primer lugar, la seroprevalencia y la incidencia de ARN entre los donantes de sangre irlandeses (1/ 5,000 donaciones)  y, en segundo lugar, las limitaciones del cuestionario de salud y estilo de vida de los donantes para identificar a los donantes asintomáticos infectados con HEV. También se consideraron las obligaciones éticas y legales para proteger a sus destinatarios.................

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689- Hepatitis C en jóvenes y adultos

US Preventive Services Task Force Recommendation Statement.Detección de la infección por el virus de la hepatitis C en adolescentes y adultos. JAMA. 2020;323(10):970-975.

Resumen: 

Importancia:   El virus de la hepatitis C (VHC) es el patógeno crónico mas frecuente transmitido por la sangre en los EE. UU, y es  una de las principales causas de complicaciones de la enfermedad hepática crónica. El VHC se asocia con más muertes que las otras 60 principales enfermedades infecciosas reportadas combinadas, incluido el VIH. Los casos de infección aguda por VHC han aumentado aproximadamente 3,8 veces en la última década debido al aumento del uso de drogas inyectables a pesar de su mejora en el control

Objetivo: Con el objeto de Actualizar su recomendación de 2013, el USPSTF encargó una revisión de la evidencia sobre la detección de infección por VHC en adolescentes y adultos.

Población: Esta recomendación se aplica a todos los adultos asintomáticos de 18 a 79 años sin enfermedad hepática conocida.

Evaluación de la evidencia:  El USPSTF concluye con moderada certeza que la investigación y detección de la infección por el VHC en adultos de 18 a 79 años tiene un beneficio neto sustancial.

(Resumen de Recomendación B)

Importancia:  En los EE. UU., Se estima que 4,1 millones de personas tienen infección por VHC pasada o actual (es decir, dan positivo por el anticuerpo anti-VHC). De estas personas que dan positivo para el anticuerpo anti-VHC, aproximadamente 2.4 millones tienen infecciones actuales basadas en pruebas con ensayos moleculares para detectar ARN del VHC. La prevalencia estimada de infección crónica por el VHC es aproximadamente del 1,0% (2013 a 2016).  Se estima que en 2017 en USA ocurrieron 44.700 nuevas infecciones por VHC. Los casos de infección aguda por VHC se han incrementado aproximadamente 3,8 veces (2010 a 2017) en la última década debido al aumento del uso de drogas inyectables. El aumento más rápido en la incidencia aguda de VHC se produjo en adultos jóvenes de 20 a 39 años que se inyectan drogas, con aumentos en ambos sexos pero es más pronunciados en los hombres mayores. Las tasas aumentaron especialmente en las poblaciones blancas indias americanas/nativas de Alaska y no hispanas.......................

Pruebas de cribado

La detección con pruebas de anticuerpos anti-VHC seguidas de pruebas PCR para detectar el ARN del VHC es precisa para identificar pacientes con infección crónica por el VHC. Actualmente, las evaluaciones de diagnóstico a menudo se realizan con varias pruebas no invasivas que tienen un menor riesgo de daño que la biopsia hepática para diagnosticar la etapa de fibrosis o la cirrosis en personas que dan positivo. 

Entre los pacientes con resultados anormales en las pruebas de función hepática (medición de los niveles de aspartato aminotransferasa, alanina aminotransferasa o bilirrubina) a los que se les realizó una prueba por razones distintas a la detección del VHC, la detección de la causa de la anormalidad a menudo incluye pruebas de infección por el VHC y se considera un caso más bien que el cribado; por lo tanto, está fuera del alcance de esta recomendación.............

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688- Hepatitis B y cáncer

Ci Song,  y col. Asociacion entre la infección por el virus de la hepatitis B y el riesgo de todos los tipos de cáncer.  JAMA Netw Open. 2019 ; 2(6): e195718. Department of Epidemiology and Biostatistics, Jiangsu Key Lab of Cancer Biomarkers, Prevention and Treatment, School of Public Health, Nanjing Medical University,  China y otros

Recomendaciones

Este estudio de cohorte poblacional de 496 732 individuos chinos encontró que la seropositividad del antígeno de superficie de la hepatitis B se asoció con el riesgo de carcinoma hepatocelular, cáncer de estómago, cáncer colorrectal, cáncer oral, cáncer pancreático y linfoma. Las asociaciones se validaron en una población independiente y en estudios basados ​​en tejidos.

Resumen

Importancia: El virus de la hepatitis B (VHB) se ha identificado como un factor de riesgo importante para el carcinoma hepatocelular. Sin embargo, las asociaciones entre la infección por VHB y otros tipos de cáncer no se conocen bien.

Objetivo: Evaluar las asociaciones entre la infección crónica por el VHB y el riesgo de todos los tipos de cáncer.

Diseño, escenario y participantes:  Este estudio basado en la población incluyó 3 cohortes en China. El estudio de cohorte prospectivo del China Kadoorie Biobank (CKB), realizado entre junio de 2004 y julio de 2008, utilizó un ensayo de tira reactiva para la detección del antígeno de superficie de la hepatitis B en suero (HBsAg) entre 496.732 participantes para determinar la asociación entre la infección por VHB y el riesgo de todo cáncer tipos. Se utilizaron dos estudios de cohortes para validar las asociaciones mediante la aplicación de ensayos de detección de HBsAg en suero más precisos: la cohorte Qidong (37.336 participantes inscritos desde noviembre de 2007 a abril de 2011) y el estudio de casos y controles anidados de Changzhou (17.723 participantes inscritos desde junio de 2004 a Septiembre de 2005). Se incluyeron un total de 97 muestras de tejidos de cáncer de estómago, 10 muestras de tejidos de cáncer de páncreas y 9 muestras de tejidos de cáncer de pulmón para evaluar la presencia de replicación y expresión del VHB.

Resultados

En la cohorte CKB, la edad media (DE) de los 496.732 participantes fue de 51.5 (10.7) años. El 59,0% de los participantes eran mujeres. Después de 4,4 millones de años-persona de seguimiento, los participantes que eran seropositivos a HBsAg (n = 15.355) tenían un mayor riesgo de carcinoma hepatocelular (cociente de riesgos [HR], 15,77; IC 95%, 14,15-17,57), cáncer de estómago (HR, 1,41; IC del 95%, 1,11-1,80), cáncer colorrectal (HR, 1,42; IC del 95%, 1,12-1,81), cáncer oral (HR, 1,58; IC del 95%, 1,01-2,49), cáncer de páncreas (HR, 1.65; IC 95%, 1.03-2.65) y linfoma (HR, 2.10; IC 95%, 1.34-3.31) en comparación con los participantes que fueron seronegativos para HBsAg (n = 481.377). Debido a la limitación del tamaño de la muestra, solo las asociaciones de infección por VHB con carcinoma hepatocelular y cáncer de estómago se validaron en la cohorte Qidong (carcinoma hepatocelular: HR, 17,51; IC 95%, 13,86-22,11; cáncer de estómago: HR, 2.02; IC 95%, 1.24-3.29); el estudio de casos y controles anidados de Changzhou validó solo una asociación entre la infección por VHB y el cáncer de estómago (odds ratio, 1.76; IC 95%, 1.04-2.98). Además, entre 22 participantes con cáncer de estómago de la cohorte Qidong que fueron seropositivos anti-HBc, 12 muestras (54.5%) de tejidos cancerosos fueron positivos para el ADN del VHB, mientras que entre 25 participantes con cáncer de estómago que fueron seronegativos anti-VHB, fueron detectado sin ADN del VHB.  La misma tasa negativa y positiva se observó en el conjunto de validación del Hospital de Tumores de Zhejiang (19 de 35 muestras [54,3%] que fueron positivas para el ADN del VHB). Además, entre los 8 pacientes con cáncer de estómago de la cohorte Qidong que fueron seropositivos anti-HBc, anti-HBc y proteína de hepatitis BX se expresaron en todas sus muestras de tejido de cáncer de estómago.

Conclusiones y relevancia:  Este estudio encontró que la infección por el VHB también se asoció con el riesgo de cáncer no hepático, especialmente los cánceres del sistema digestivo entre adultos en China.........

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687- Hepatitis A

Angel N. Desai, Arthur Kim.  Control de la hepatitis A en 2020-2021. JAMA. online  6, 2020. Fishbein Fellow, JAMA, Chicago, Illinois. Division of Infectious Diseases, General Hospital Boston. Harvard Medical School, Boston, Massachusetts.

Resumen

El virus de la hepatitis A (VHA) es una causa común de hepatitis viral.  Tras décadas de mejores medidas de saneamiento e higiene y la introducción de la vacuna contra el VHA en 1995, el número de infecciones en los EE. UU. Disminuyó en casi un 95% entre 1996 y 2011. Sin embargo, las infecciones por VHA aumentaron entre 2016 y 2018 con un estimado de 15 000 casos reportados durante este período, en gran parte asociados con brotes relacionados con el uso de drogas y la falta de vivienda. Otras infecciones recientes en los Estados Unidos han ocurrido entre hombres que tienen sexo con hombres y durante grandes brotes transmitidos por alimentos. Estos brotes han señalado un cambio epidemiológico en los EE. UU. De pequeños eventos típicamente asociados con el consumo de alimentos contaminados, centros de cuidado infantil o viajeros no vacunados que regresan de entornos endémicos, a grandes brotes en redes caracterizadas por la transmisión de persona a persona. 

Diagnóstico

El VHA se transmite principalmente por vía fecal-oral y se adquiere por ingestión de alimentos o agua contaminados (transmisión indirecta) o por contacto sexual u otro contacto directo con un individuo infectado. Los síntomas de la infección por el VHA no se pueden distinguir de otras causas de hepatitis viral aguda, por lo que el diagnóstico debe establecerse mediante pruebas serológicas, generalmente durante la fase de convalecencia aguda o temprana. La IgM anti-VHA establece el diagnóstico de hepatitis A aguda y aparece en pacientes sintomáticos 5 a 10 días antes del inicio de los síntomas. La IgM anti-HAV puede permanecer elevada durante 3 a 12 meses después de la infección. No se recomienda realizar pruebas a personas asintomáticas sin evidencia de hepatitis clínica o exposición al VHA conocido con un ensayo de IgM. Los resultados indeterminados de IgM anti-VHA deben ser seguidos por pruebas repetidas. La IgG anti-VHA generalmente persiste durante la vida de un paciente después de una infección o vacunación y se presenta justo antes o en el momento del inicio de los síntomas en casos de infección aguda. La infectividad máxima, según lo determinado por la eliminación viral en las heces, ocurre aproximadamente 2 semanas antes del desarrollo de síntomas clínicos, aunque puede ocurrir una eliminación prolongada, especialmente en niños. La prueba de amplificación de ácido nucleico del VHA para el ARN viral (incluida la reacción en cadena de la polimerasa) también está disponible para detectar el virus en la sangre o las heces, pero rara vez se requiere para establecer un diagnóstico.

Tratamiento y Prevención

La infección por VHA generalmente es autolimitada, aunque los síntomas pueden variar de hepatitis asintomática a fulminante, que ocurre con menos frecuencia. La hepatitis A aguda tiende a ser más sintomática y grave en niños mayores y adultos, y algunos pacientes pueden desarrollar patrones de hepatitis prolongados y colestáticos después de la infección. La recaída clínica también puede ocurrir dentro de los 6 meses posteriores a la infección inicial. El tratamiento se basa en un manejo de apoyo, lo que subraya la importancia de la prevención. La vacunación es la medida preventiva más importante contra la adquisición de la infección por el VHA. El Comité Asesor sobre Prácticas de Inmunización (ACIP)-2020 del CDC recomienda la vacunación para todos los niños de 1 año en adelante; los hombres que tienen sexo con hombres y las personas que usan drogas inyectables y no inyectables, tienen factores de riesgo ocupacionales de infección; los que viajan a áreas de alta endemicidad, tienen un mayor riesgo de complicaciones por hepatitis A (por ejemplo, enfermedad hepática crónica, infección por VIH y embarazo si están en riesgo de infección) o tienen un mayor riesgo de infección. En respuesta a los grandes brotes de la comunidad y los datos de observación en torno a las tasas de hospitalización y mortalidad relacionadas con el VHA, las personas que no tienen hogar o tienen una vivienda inestable deben inmunizarse. Si bien no se recomienda a los trabajadores del servicio de alimentos que se vacunen contra la hepatitis A, la decisión de vacunar a esta población se puede considerar en caso de brotes a gran escala.

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686- COVID-19 en el Laboratorio

Covid-19 en el laboratorio de bioquímica clínica 

- Pruebas serológicas para anticuerpos COVID-19: se deben reconocer las limitaciones 
- ¿Es relevante una "tormenta de citoquinas" para COVID-19? 
- Pruebas de anticuerpos Covid-19: documento informativo 

- Como en el SIDA, el coronavirus crea un cortocircuito en el sistema inmunológico 

- Interpretación de pruebas de diagnóstico para SARS-CoV-2 
- Las crecientes pistas sugieren que el coronavirus podría desencadenar diabetes. El virus daña las células productoras de insulina.

- Las pruebas de anticuerpos contra el coronavirus tienen un obstáculo matemático- La precisión de las pruebas de detección depende en gran medida de la tasa de infección.
- La carrera para llevar las pruebas de SARS-CoV-2 en línea. Los laboratorios clínicos y los fabricantes de IVD aumentan la producción y el procesamiento de pruebas en medio de una pandemia acelerada 
- Los laboratorios están a la altura del desafío COVID-19.  La experiencia, flexibilidad y dedicación de Labs ayudan a pacientes y hospitales a superar la crisis. 
 La eosinopenia y la proteína C reactiva elevada facilitan el triaje de pacientes con COVID-19 con fiebre clinica: un estudio retrospectivo de casos y controles 

- AACC emite recomendaciones sobre el uso de pruebas de anticuerpos COVID-19 

- Pruebas serológicas para anticuerpos COVID-19: sus limitaciones 
- Características clínicas y resultados de las pruebas de semen entre hombres con enfermedad por coronavirus 2019 
- Utilidad clínica de la medición de troponina cardíaca en la infección por COVID-19 
- Primera prueba CRISPR para el coronavirus aprobada en los Estados Unidos 
 - Interpretación de pruebas de diagnóstico para SARS-CoV-2 

- Detección universal del SARS-CoV-2 en mujeres admitidas para parto 

 -¿Las pruebas rápidas de anticuerpos para el COVID-19 realmente cambiarán todo?
SARS-CoV-2 y sepsis viral: observaciones e hipótesis
- Percepción: Incorporación de características especificas en las pruebas de laboratorio del SARS-CoV-2:  especificidad y sensibilidad 
- Valores anormales de pruebas de laboratorio en pacientes con infección por COVID-2019 

 - Resultados potencialmente falsos negativos de las pruebas de ácido nucleico para el SARS-CoV-2 

-Carrera hacia el desarrollo de pruebas diagnósticas para un nuevo coronavirus (2019-nCoV 
-Cómo están respondiendo los laboratorios de los EE. UU. al  COVID-19?
-Pruebas RT-PCR en pacientes con COVID-19

-FDA y  pruebas de Coronavirus (COVID-19) 
-Detección de SARS-CoV-2 
-Detección de SARS-CoV-2 en diferentes tipos de muestras clínicas

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685- Clasificacion de virus

Peter Simmonds, Pakorn Aiewsakun. Clasificación de virus: ¿dónde trazar la línea? Springer, Arch Virol. 2018; 163(8): 2037–2046. Nuffield Department of Medicine, University of Oxford, UK

Resumen

La secuenciación de alto rendimiento (HTS) y su uso en la recuperación y ensamblaje de secuencias de virus novedosos de muestras ambientales, clínicas, veterinarias y de plantas humanas han desenterrado un vasto y nuevo catálogo de virus. Su clasificación, conocida solo por sus secuencias, plantea un gran desafío para la taxonomía de virus tradicional, especialmente a nivel familiar y de especies, que históricamente se han basado en gran medida en definiciones descriptivas de taxones. Por lo general, implican cierto conocimiento de sus propiedades fenotípicas, incluidas las estrategias de replicación, la estructura del virión y las características clínicas y epidemiológicas, como el rango de huespedes, la distribución geográfica y los resultados de la enfermedad. Sin embargo, hay poca o ninguna información disponible sobre estos atributos para los virus identificados en los conjuntos de datos metagenómicos. Si dichos virus se van a incluir en la taxonomía de virus, sus tareas deberán guiarse en gran medida o totalmente por métricas de relación genética. El problema inmediato aquí es el International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), una organización que autoriza la clasificación taxonómica de los virus, pero proporciona poca o ninguna orientación sobre cuán similares o divergentes deben ser los virus para ser considerados miembros de nuevas especies. o nuevas familias. Recientemente hemos desarrollado un método para calificar  similitud genómica entre virus: el Genome Relationships Applied to Virus Taxonomy– GRAViTy) entre los virus eucariotas y procariotas actualmente clasificados por la ICTV. A nivel familiar y de género, encontramos consistencia a gran escala entre las relaciones genéticas y sus asignaciones taxonómicas para virus eucariotas de todas las configuraciones y tamaños de genoma. Sin embargo, las asignaciones familiares de virus procariotas se han realizado a un nivel genético bastante diferente, y las agrupaciones actualmente clasificadas como subfamilias coinciden mucho mejor con el nivel familiar de virus eucariotas. Estos hallazgos apoyan la reorganización en curso de la taxonomía de bacteriófagos por el Grupo de Estudio de Fagos del ICTV. Un medio rápido y objetivo para explorar la diversidad viral metagenómica y realizar asignaciones basadas en evidencia para tales virus en cada capa taxonómica es esencial. El análisis de secuencias por GRAViTy proporciona evidencia de que las asignaciones familiares (y de género) de virus actualmente clasificados se basan en gran medida en la relación genómica, y estas características podrían servir como guía hacia una clasificación basada en evidencia de virus metagenómicos en el futuro. y las agrupaciones actualmente clasificadas como subfamilias son mucho mejores para el nivel de familia de virus eucariotas. Estos hallazgos apoyan la reorganización en curso de la taxonomía de bacteriófagos por el ICTV Phage Study Group. Un medio rápido y objetivo para explorar la diversidad viral metagenómica y realizar asignaciones basadas en evidencia para tales virus en cada capa taxonómica es esencial.

La diversidad y clasificación de los virus.

La taxonomía de virus es un elemento esencial en la descripción de virus y actúa como un catálogo unificado de su gran diversidad e interrelaciones genéticas. Los virus son asignados en una jerarquía de niveles taxonómicos por el International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV); (https://talk.ictvonline.org/) Sin embargo, la diversidad viral es mucho mayor que la de otros organismos, con grandes diferencias en su material genético (ARN o ADN) y sus configuraciones (bicatenaria o monocatenaria), así como la orientación de sus genes codificados. Además, los genomas virales pueden distribuirse en varios segmentos, a veces empaquetados juntos en un virión, o a menudo en partículas de virus separadas, todo lo cual es necesario para infectar una célula para que ocurra la replicación. Los genomas virales vienen varios tamaños, lo que refleja sus diversos mecanismos de replicación e interacciones celulares, así como la complejidad estructural variable de sus viriones. Los genomas de virus más pequeños varían desde menos de 2,000 bases, que contienen dos genes, hasta 2.5 millones de pares de bases, que contienen más de 2,500 genes....... 

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Dr. Anibal E. Bagnarelli, Bioquímico-Farmacéutico-UBA. 
Ciudad de Buenos Aires, Argentina