Daniel Evans, et al. Los peligros de usar Cq para cuantificar el ácido nucleico en muestras biológicas: una lección de COVID-19. Oxford Academic-Clinical Chemistry. 2022; 68(1): 153–162 (2022). National Measurement Laboratory, LGC, Teddington, Middlesex, UK.
Resumen
Antecedentes: Se han obtenido cantidades de ARN del síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), medidas mediante PCR cuantitativa de transcripción inversa (RT-qPCR), para estratificar el riesgo clínico y/o determinar objetivos de rendimiento analítico. Investigamos la reproducibilidad y cómo el establecimiento de límites de diagnóstico alteró la sensibilidad clínica de las pruebas en la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19).
Métodos: Se analizaron las distribuciones cuantitativas de ARN del SARS-CoV-2 [ciclo de cuantificación (Cq) y copias/mL] de más de 6000 pacientes de 3 laboratorios clínicos en el Reino Unido, Bélgica y la República de Corea. Se evaluó el impacto de los puntos de corte de Cq en la sensibilidad clínica. Los materiales del esquema de evaluación de calidad externa INSTAND de junio/julio de 2020 SARS-CoV-2 se utilizaron para estimar las copias/mL notificadas por el laboratorio y para estimar la variación en copias/mL para un Cq determinado.
Resultados: Cuando se aplicó el límite de Cq de 25 sugerido por la OMS, la sensibilidad clínica se redujo a alrededor del 16 %. La sensibilidad clínica también se redujo alrededor del 27 % cuando se aplicó un límite de detección simulado de 10.6 copias/mL. La variación entre laboratorios para un valor de Cq dado fue >1000 veces en copias/ml (IC del 99 %).
Conclusión: Si bien la RT-qPCR ha sido fundamental en la respuesta a la COVID-19, recomendamos que los valores de Cq (umbral del ciclo o punto de cruce) no se utilicen para establecer límites clínicos u objetivos de rendimiento de diagnóstico debido a la escasa reproducibilidad entre laboratorios; Las unidades calibradas basadas en copias (utilizadas en otras partes de la virología) ofrecen alternativas más reproducibles. También informamos un fenómeno en el que el rendimiento del diagnóstico puede cambiar en relación con el número de reproducción efectivo. Nuestros hallazgos indican que las disparidades entre las poblaciones de pacientes a lo largo del tiempo son una consideración importante al evaluar o implementar pruebas de diagnóstico. Esto es especialmente relevante para la situación de emergencia de una pandemia en evolución.
Introducción
El principal método de diagnóstico para la infección por coronavirus del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) es la PCR cuantitativa de transcripción inversa (RT-qPCR) que detecta el ARN viral en los pacientes. La RT-qPCR es capaz de una alta sensibilidad analítica, en algunos casos midiendo copias de ARN casi individuales por reacción. En consecuencia, los pacientes que tienen pequeñas cantidades de ARN viral, posiblemente como resultado de una infección leve, temprana o tardía o postinfección de ARN residual, se identificarán junto con aquellos con títulos virales altos que pueden representar una mayor probabilidad de enfermedad grave y/o pose un riesgo más significativo de propagar la infección.
Dado que la RT-qPCR proporciona un resultado cuantitativo (denominado "ciclo de cuantificación" [Cq] por las directrices MIQE y la Organización Internacional de Normalización, pero también denominado umbral del ciclo o punto de cruce], ha habido varios grupos que informaron asociaciones con Cq y el resultado del paciente y propusieron que el Cq se use junto con otros factores, como los síntomas, para guiar el manejo del paciente. Los valores de Cq se han convertido en una parte popular de el léxico de las métricas de prueba del SARS-CoV-2 dentro de la literatura científica y la prensa popular, así como cuando se aplica a los objetivos de desempeño del diagnóstico in vitro (IVD). La OMS propone un Cq de 25 como el nivel mínimo de virus requerido para ser detectado por las pruebas en el punto de atención. Los médicos también están utilizando los valores de Cq para guiar las decisiones relacionadas con pacientes individuales a pesar de la falta de evidencia convincente.........
