787- Fabricas de "fake-papers"

Holly Else & Richard Van Noorden. La lucha contra las fábricas de papeles falsos que producen ciencia falsa. Nature  News feature  article 23 March 2021.

Algunos editores dicen que están luchando contra las trampas industrializadas. Un análisis del Nature examina el problema de la "fábrica de papel" y cómo los editores están tratando de afrontarlo.

Cuando Laura Fisher notó sorprendentes similitudes entre los trabajos de investigación presentados a RSC Advances , comenzó a sospechar. Ninguno de los artículos tenía autores o instituciones en común, pero sus gráficos y títulos parecían en forma alarmante similares, dice Fisher, editor ejecutivo de la revista. "Estaba decidido a intentar llegar al fondo de lo que estaba pasando".

Un año después, en enero de 2021, Fisher se retractó de 68 artículos de la revista, y los editores de otros dos títulos de la Royal Society of Chemistry (RSC) se retractaron cada uno por sospechas similares; 15 aún están bajo investigación. Fisher había encontrado lo que parecían ser productos de "fábricas de papel": empresas que producen manuscritos científicos falsos por encargo. El editor de las revistas, el RSC de Londres, anunció en un comunicado que había sido víctima de lo que se creía que era “la producción sistémica de investigaciones falsificadas”.

Lo sorprendente de esto no fue la actividad de la fábrica de papel en sí: los detectives sobre integridad en la investigación habían advertido repetidamente que algunos científicos compran papeles de firmas de terceros para ayudarles en sus carreras. Más bien, era extraordinario que un editor hubiera anunciado públicamente algo sobre lo que las revistas generalmente guardan silencio. “Creemos que es una fábrica de papel, por eso queremos ser abiertos y transparentes”, dice Fisher.

El RSC no estaba solo, agregó su declaración: "Somos uno de los varios editores que se han visto afectados por dicha actividad". Desde enero pasado, las revistas se han retractado de al menos 370 artículos que han sido vinculados públicamente a las fábricas de papel, según un análisis de Nature , y se espera que sigan muchas más retractaciones.

Gran parte de esta limpieza de la literatura se debe a que, el año pasado, detectives externos señalaron públicamente documentos que creen que provienen de fábricas de papel debido a sus características sospechosamente similares. En conjunto, las listas de artículos marcados suman más de 1.000 estudios. Los editores están tan preocupados por el tema que en septiembre pasado, el Comité de Ética de Publicaciones (COPE), un órgano asesor de editores en Londres, celebró un foro dedicado a debatir sobre la “manipulación sistemática del proceso de publicación a través de las fábricas de papel”. Su oradora invitada fue Elisabeth Bik, una analista de integridad de la investigación en California conocida por su habilidad para detectar imágenes duplicadas en documentos, y una de las "detectives" que publica en línea sus preocupaciones sobre las fábricas de papel.

Elizabeth Bik cree que hay miles más de estos artículos en la literatura. El anuncio de RSC es significativo por su apertura, dice. “Es bastante vergonzoso que tantos papeles sean falsos. Felicitaciones a ellos por admitir que han sido engañados ".

En algunas revistas que han tenido una serie de presentaciones aparentes de fábricas de papel, los editores ahora han renovado sus procesos de revisión, con el objetivo de no dejarse engañar de nuevo. La lucha contra las trampas industrializadas requiere una revisión más estricta: decirle a los editores que soliciten datos sin procesar, por ejemplo, y contratar personas específicamente para verificar las imágenes. La publicación científica necesita un "esfuerzo concertado y coordinado para erradicar la investigación falsificada", dijo la RSC.

Detectives de la fábrica de papel

En enero de 2020, Bik y otros detectives de imágenes que trabajan con seudónimos, Smut Clyde, Morty y Tiger BB8, publicaron, en un blog dirigido por el periodista científico Leonid Schneider, una lista de más de 400 artículos publicados que dijeron que probablemente provenían de una fábrica de papel. Bik lo apodó la fábrica de papel 'renacuajo', debido a las formas que aparecían en los análisis de Western blot, que es un tipo de prueba que se utiliza para detectar proteínas en muestras biológicas. Siguió una serie de titulares de los medios. A lo largo del año, los detectives (no siempre trabajando juntos) publicaron hojas de cálculo de otros documentos sospechosos, recogiendo características similares en múltiples estudios. Para marzo de 2021, habían enumerado colectivamente más de 1300 artículos, según el recuento de Nature, como posiblemente provenientes de fábricas de papel.........

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Recomendacions de la NIH Funded Research

(*) Una vez que esta en la pagina del articulo, pulsando el botón derecho puede acceder a su  traducción al idioma español. Este blog de bioquímica-clínica está destinado a profesionales bioquímicos y médicos; la información que contiene es de actualización y queda a criterio y responsabilidad de los mencionados profesionales, el uso que le den a la misma. Las páginas de este blog , se renuevan dentro de 3 días en forma automática. Cordiales saludos. 

Dr. Anibal E. Bagnarelli,

Bioquímico-Farmacéutico-UBA.

Ciudad de Buenos Aires, R. Argentina

786- Q/A: POCT vs. no-POCT en enfermedades infecciosas

Sheldon Campbell, Neil Anderson, Esther Babady, Thomas J S Durant, Ann Fisher, Norman Moore. Q/A: Pruebas de enfermedades infecciosas moleculares centralizadas frente a las pruebas descentralizadas. Oxford-Clin Chem, 2021; 67 (5): 713–719.

Las plataformas moleculares simples y compactas con un rendimiento similar al de las pruebas de laboratorio han creado nuevas oportunidades para acercar las pruebas al paciente, junto con desafíos para el uso inteligente de tales tecnologías. Si bien ha habido pruebas en el lugar de atención (POCT) durante casi 40 años (o más de 3000 años, según sus criterios), para muchos profesionales de laboratorio, el POCT es como un mapa medieval, con océanos y áreas vagamente definidos marcadas “aquí como ser dragones ".

Hubo un tiempo en que los estudiantes de medicina eran responsables de dar a luz a los bebés; era una era diferente en la educación médica. Hoy en día, cualquier mujer sensata querría un obstetra de verdad mirando por encima del hombro de un estudiante. En las pruebas de laboratorio, incluso en las pruebas de rutina simples, la comunidad de laboratorios debe mantener su presencia; pero queda por ver. qué tipo de presencia, y a qué distancia, 

La pandemia de la enfermedad por coronavirus-2019 (COVID-19) ha llevado las pruebas de laboratorio a la conciencia pública como nunca antes. Las escuelas, los lugares de trabajo e incluso los equipos deportivos quieren servicios de prueba rápidos y accesibles. Esta experiencia moldeará las expectativas de los médicos y los pacientes en el futuro. En el mundo posterior a COVID, los modelos de prueba descentralizados se explorarán como nunca antes. Las nuevas tecnologías vienen con oportunidades, riesgos, posibilidades y limitaciones. 

En esta presentación, se les pidió a 5 expertos de diversos entornos clínicos y áreas de especialización que mapeen este nuevo territorio y describan "dónde podrían estar los dragones" para ayudar a los profesionales de laboratorio, medicos y administradores a evaluar los posibles impactos clínicos de las pruebas de enfermedades infecciosas,en pacientes cercanos 

Preguntas a considerar:

1-¿Qué tan completo es el menú de POCT molecular para las enfermedades infecciosas?. 

2- ¿Dónde se utilizan en su sistema de salud y qué impacto han tenido?. 

3- ¿Cuáles son los inconvenientes de las pruebas descentralizadas en las enfermedades infecciosas?. 

4- ¿Existen oportunidades o riesgos específicos para descentralizar las pruebas de COVID-19?. 

5- ¿Cuáles son las limitaciones importantes para su implementación/impacto?. 

6- ¿Cuáles son las probables tendencias futuras en las pruebas descentralizadas de enfermedades infecciosas?

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785- Mucormicosis: actualización

Anna Skiada, Ioannis Pavleas, Maria Drogari-Apiranthitou. Epidemiología y diagnóstico de la mucormicosis: actualización. J Fungi (Basel). 2020 Dec; 6(4): 265. First Department of Medicine, Laiko Hospital, National and Kapodistrian University of Athens, Greece

Resumen

La mucormicosis es una micosis angioinvasiva, debida a hongos del orden Mucorales. Su incidencia no se puede medir con exactitud, ya que hay pocos estudios basados ​​en la población, pero múltiples estudios han demostrado que está aumentando. La prevalencia de mucormicosis en la India es aproximadamente 80 veces mayor que la prevalencia en los países desarrollados, aproximadamente 0,14 casos por 1000 habitantes. La diabetes mellitus es la principal enfermedad subyacente a nivel mundial, especialmente en los países de ingresos bajos y medianos. En los países desarrollados, las enfermedades subyacentes más comunes son las neoplasias hematológicas y el trasplante. La epidemiología de la mucormicosis está evolucionando a medida que se utilizan nuevos agentes inmuno-moduladores en el tratamiento del cáncer y enfermedades autoinmunes, y a medida que las herramientas de diagnóstico modernas conducen a la identificación de géneros/ especies previamente poco comunes como Apophysomyces o complejo Saksenaea . Además, se informan nuevos factores de riesgo de Asia, incluida la tuberculosis pospulmonar y la enfermedad renal crónica. Las nuevas especies emergentes incluyen Rhizopus homothallicus, Thamnostylum lucknowense, Mucor irregularis y Saksenaea erythrospora. El diagnóstico de mucormicosis sigue siendo un desafío. El enfoque clínico del diagnóstico tiene una sensibilidad y una especificidad bajas; sin embargo, ayuda a generar sospechas y a impulsar el inicio de las pruebas de laboratorio. La histopatología, el examen directo y el cultivo siguen siendo herramientas esenciales, aunque los métodos moleculares están mejorando. La región del espaciador transcrito interno (ITS) es la región de ADN más secuenciada para hongos y se recomienda como método de primera línea para la identificación de especies de Mucorales. Se están investigando nuevas plataformas moleculares y se están explorando nuevos objetivos genéticos de hongos. Los métodos de base molecular han ganado aceptación para la confirmación de la infección es cuando se aplican en tejidos. Los métodos de detección de ADN de Mucorales en sangre han mostrado resultados prometedores para un diagnóstico más temprano y rápido y podrían usarse como pruebas de detección en pacientes de alto riesgo, pero deben validarse en estudios clínicos. Se están desarrollando más métodos rápidos y muy necesarios que no requieren procedimientos invasivos, como las pruebas de aliento basadas en la serología o en el punto de atención basado en la metabolómica, y se espera que se evalúen en un futuro próximo.

1. Introducción

La mucormicosis es una micosis angioinvasiva debida a hongos del orden Mucorales. Dependiendo de la presentación clínica se clasifica en rinocerebral, pulmonar, cutánea, gastrointestinal, diseminada u otras, lo que incluye formas raras poco frecuentes, como endocarditis, osteomielitis, peritonitis, renal, etc. La enfermedad fue descrita por primera vez en 1876 cuando Fürbinger describió en Alemania un paciente que murió de cáncer y en el que el pulmón derecho mostró un infarto hemorrágico con hifas fúngicas y algunos esporangios. En 1885, Arnold Paltauf publicó el primer caso de mucormicosis diseminada, al que denominó “Micosis mucorina”. Sus dibujos del agente etiológico mostraron la presencia de esporangióforos y estructuras similares a rizoides, lo que llevó a la conclusión de que la infección probablemente fue causada por el Lichtheimia corymbifera. Con el tiempo, se diagnosticaron más casos y la incidencia de la enfermedad ha aumentado. Actualmente, los hongos Mucorales son los siguientes patógenos de moho más comunes después de Aspergillus , lo que conduce a una enfermedad fúngica invasiva en pacientes con neoplasias malignas o trasplantes. 

La incidencia de mucormicosis también ha aumentado significativamente en pacientes con diabetes, que es el factor de riesgo subyacente más común a nivel mundial. La epidemiología de la mucormicosis está evolucionando a medida que se utilizan nuevos agentes inmunomoduladores en el tratamiento del cáncer y las enfermedades autoinmunes, y a medida que las herramientas de diagnóstico modernas conducen a la identificación de géneros/especies previamente poco comunes, como el Apophysomyces o el complejo Saksenaea . El objetivo de este artículo es presentar una actualización sobre la epidemiología y los métodos de diagnóstico disponibles para esta enfermedad potencialmente letal....

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784- Pruebas IVD para Aspergillus

Jeffrey D. Jenks, Marisa H. Miceli, Juergen Prattes, Toine Mercier, Martin Hoenigl. Ensayo de flujo lateral de Aspergillus para el diagnóstico de aspergilosis invasiva: actualización. Curr Fungal Infect Rep. 2020 Dec 4 : 1–6. Division of General Internal Medicine, University of California San Diego, La Jolla, CA USA

Resumen

Propósito: Revisar los datos del ensayo de flujo lateral de Aspergillus para el diagnóstico de aspergilosis invasiva.

Hallazgos recientes:  El Aspergillus spp. causan un amplio espectro de enfermedades con aspergilosis invasiva (IA) como su manifestación más grave. El diagnóstico temprano y confiable de la enfermedad es crucial para disminuir la morbilidad y la mortalidad asociadas y permitir el inicio rápido del tratamiento para la AI. Más recientemente, las pruebas no basadas en cultivos, como Aspergillus galactomannan (GM), han sido útiles en la identificación temprana y el tratamiento de pacientes con IA. Sin embargo, el costo, el tiempo de respuesta y el rendimiento variable de las poblaciones en riesgo de IA siguen siendo inconvenientes importantes para el uso de esta prueba. Se han desarrollado varias pruebas de diagnóstico para IA, incluida la prueba rápida de ensayo de flujo lateral  Aspergillus GM (GM-LFA) que ha demostrado un rendimiento excelente para el diagnóstico de IA en pacientes con neoplasias hematológicas y puede ser una opción viable para entornos donde la prueba ELISA GM no es factible. La evaluación adicional del GM-LFA en el entorno no hematológico está en curso, incluso en receptores de trasplantes de órganos sólidos y pacientes en la unidad de cuidados intensivos.

Introducción

El Aspergillus spp. es un  hongos ambientales que causan un amplio espectro de infecciones en humanos, incluida la aspergilosis invasiva (IA), la manifestación más grave de la enfermedad. A nivel mundial, la AI causa más de 300.000 infecciones diagnosticadas anualmente, con una tasa de mortalidad que oscila entre el 30 y el 80%. Recientemente, IA también surgió como una complicación en pacientes con enfermedad grave por coronavirus 2019, lo que resultó en altas tasas de mortalidad.

El diagnóstico de AI sigue siendo difícil, especialmente en pacientes que reciben antifúngicos activos contra el moho. El  Aspergillus galactomannan (GM) es un ensayo inmunoabsorbente ligado a enzimas (ELISA) que detecta el polisacárido GM que existe principalmente en la pared celular de las especies de Aspergillus. El ELISA GM se utiliza como criterio micológico para el diagnóstico de IA y se utiliza en muestras de suero o líquido broncoalveolar (BALF). 

En todas las poblaciones de pacientes, ELISA GM es más sensible que el cultivo, con una sensibilidad y especificidad de la sangre del 82% y 81%, respectivamente, mientras que el ELISA GM en BALF ha mostrado un mejor rendimiento diagnóstico que en sangre, con una sensibilidad y especificidad del 88% y 81%, respectivamente . El rendimiento de GM BALF, en comparación con el suero, también es superior en determinadas poblaciones de pacientes, como los que reciben agentes activos antimoho y los que no tienen neutropenia, que suelen desarrollar enfermedad invasiva de las vías respiratorias. 

A pesar de que ELISA GM ha estado disponible comercialmente durante más de dos décadas, muchos laboratorios de micología en todo el mundo no tienen acceso a las pruebas ELISA GM, y solo el 23% de los laboratorios encuestados en Asia pueden ofrecer esta prueba. Las pruebas ELISA GM adolecen de muchas limitaciones, incluido el coste y el tiempo de respuesta, especialmente en entornos donde no se realizan habitualmente pruebas a granel o las muestras se envían a un laboratorio central. 

Las pruebas moleculares como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) se utilizan ampliamente para diagnosticar AI , aunque hay una falta de estandarización entre las pruebas  y una gran variación en el rendimiento diagnóstico entre estudios y entornos. La PCR de Aspergillus de la sangre muestra un rendimiento particularmente deficiente para el diagnóstico de infecciones irruptivas en entornos que utilizan profilaxis activa contra el moho. 

Los ensayos de diagnóstico con un rendimiento mejorado y resultados más rápidos se pueden realizar más fácilmente en instalaciones con una infraestructura limitada para permitir un tratamiento dirigido más temprano de la aspergilosis invasiva (IA). La siguiente revisión proporciona una actualización sobre el rendimiento del ensayo de flujo lateral (LFA) de Aspergillus Galactomannan (IMMY, Norman, Oklahoma, EE. UU.), Una prueba rápida para el diagnóstico rápido de AI....

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783- El laboratorio en enfermedades fungicas

Chadi A. Hage, Eva M. Carmona, Oleg Epelbaum, Scott E. Evans, Luke M. Gabe, Qusay Haydour, Kenneth S. Knox, Jay K. Kolls, M. Hassan Murad, Nancy L. y  Wengenack en nombre de la American Thoracic Society Assembly on Pulmonary Infections and Tuberculosis. Pruebas de laboratorio microbiológicas en el diagnóstico de infecciones fúngicas en la práctica pulmonar y  cuidados intensivos. Una guía de práctica clínica oficial de la American Thoracic Society.  Pulmonary and Critical Care, Mayo Clinic, Rochester MN-USA . 

Resumen

Antecedentes:  las infecciones fúngicas tienen una incidencia e importancia cada vez mayores en pacientes inmunodeprimidos e inmunocompetentes. El diagnóstico oportuno se basa en el uso apropiado de pruebas de laboratorio en pacientes susceptibles.

Métodos: Se revisó sistemáticamente la literatura relevante relacionada con el diagnóstico de aspergilosis pulmonar invasiva, candidiasis invasiva y micosis endémicas comunes. Se realizó un metanálisis cuando fue apropiado. Las recomendaciones se desarrollaron utilizando el enfoque de evaluación, desarrollo y evaluación de la clasificación de recomendaciones.

Resultados: Esta guía incluye recomendaciones específicas sobre el uso de la prueba de galactomanano en suero y BAL y para el diagnóstico de aspergilosis pulmonar invasiva, el papel de la PCR en el diagnóstico de aspergilosis pulmonar invasiva, el papel de los análisis de β-d-glucano en el diagnóstico de candidiasis invasiva, y la aplicación de serología y pruebas de antígenos en el diagnóstico de micosis endémicas.

Conclusiones: El diagnóstico rápido y preciso de las infecciones por hongos se basa en la aplicación adecuada de las pruebas de laboratorio, incluidas las pruebas de antígenos, las pruebas serológicas y las pruebas basadas en PCR.

Resumen de recomendaciones

• En pacientes con inmunodepresión grave, como aquellos con neutropenia o neoplasias hematológicas malignas o receptores de trasplantes de células madre hematológicas o de órganos sólidos que presentan infiltrados pulmonares inexplicables sospechosos de IPA, recomendamos el uso de pruebas de GM en suero ( fuerte recomendación, evidencia de alta calidad).

• En pacientes con sospecha de enfermedades fúngicas invasivas, incluidos aquellos con GM sérico negativo pero con fuertes factores de riesgo de aspergilosis invasiva o GM sérico positivo, pero factores de confusión para resultados falsos positivos de GM (p. Ej., Pacientes sometidos a quimioterapia o con riesgo de mucositis, en qué epítopos de reacción cruzada de otros hongos o bacterias pueden penetrar en la mucosa intestinal, causando positividad de la prueba), recomendamos la prueba de BAL con GM (fuerte recomendación, evidencia de alta calidad)

.• En pacientes con inmunodepresión grave, como aquellos con neoplasias hematológicas o receptores de trasplantes de células madre hematológicas o de órganos sólidos, que se sospecha que tienen IPA, recomendamos el uso de pruebas de PCR de Aspergillus en sangre o suero (fuerte recomendación, evidencia de alta calidad).

• En pacientes con inmunodepresión grave, como aquellos con neoplasias hematológicas malignas o receptores de trasplantes de células madre hematológicas o de órganos sólidos que se sospecha que tienen IPA, recomendamos la inclusión de Aspergillus PCR en las pruebas de BAL como parte de la evaluación (fuerte recomendación, alta evidencia de calidad ).

• En pacientes con inmunodepresión grave, como aquellos con neoplasias hematológicas malignas o receptores de trasplantes de células madre hematológicas o de órganos sólidos con fuerte sospecha de tener IPA pero en quienes el resultado de la prueba de PCR para Aspergillus es negativo, sugerimos considerar la biopsia y / o pruebas adicionales con o sin pruebas adicionales de PCR o GM (recomendación condicional, evidencia de baja calidad)

.• En pacientes críticamente enfermos en los que existe preocupación clínica por la CI, sugerimos no depender únicamente de los resultados de la prueba de BDG en suero para la toma de decisiones diagnósticas (recomendación condicional, evidencia de baja calidad ).

• Recomendamos el uso de antígeno de Histoplasma en orina o suero para el diagnóstico rápido de histoplasmosis pulmonar aguda y diseminada sospechada cuando el diagnóstico y el tratamiento oportunos son de suma importancia para el resultado ( fuerte recomendación, evidencia de alta calidad).

• Sugerimos el uso de serologías de Histoplasma en pacientes inmunocompetentes con sospecha de histoplasmosis pulmonar. Agregar antígeno de histoplasma a las pruebas serológicas podría mejorar el rendimiento diagnóstico ( recomendación condicional, evidencia de calidad moderada).

• En pacientes con exposición geográfica apropiada y enfermedad compatible con infección o neumonía debido a blastomicosis, sugerimos utilizar más de una prueba de diagnóstico, incluida la visualización directa y el cultivo de BAL de esputo u otro material de biopsia, prueba de antígeno en orina y prueba de anticuerpos en suero. La evidencia actual no puede respaldar una sola mejor prueba como lo suficientemente sensible como para solicitarla aisladamente de otras pruebas. El enfoque debe adaptarse en función de la gravedad de la enfermedad, el contexto clínico y la disponibilidad de pruebas ( recomendación condicional, evidencia de calidad moderada ).

• En pacientes con sospecha de blastomicosis, sugerimos que las pruebas de anticuerpos séricos dirigidas específicamente contra el antígeno anti-BAD-1 (anti-adhesina1 de Blastomyces) para blastomicosis se utilicen junto con datos clínicos y epidemiológicos para establecer el diagnóstico          (recomendación condicional, baja evidencia de calidad).

• En pacientes con sospecha de blastomicosis, particularmente en pacientes inmunodeprimidos, sugerimos que se utilicen pruebas de antígenos urinarios para blastomicosis junto con datos clínicos y epidemiológicos para establecer el diagnóstico (recomendación condicional, evidencia de calidad moderada ).

• En pacientes con exposición geográfica apropiada y enfermedad compatible con infección o neumonía debida a coccidioidomicosis, sugerimos utilizar más de una prueba de diagnóstico, incluida la visualización directa y el cultivo de BAL de esputo u otro material de biopsia, pruebas de antígenos en orina y suero, y serología (suero prueba de anticuerpos). La evidencia actual no puede respaldar una sola prueba.  El enfoque debe adaptarse en función de la gravedad de la enfermedad, el contexto clínico y la disponibilidad de pruebas (recomendación condicional, evidencia de calidad moderada).

• En pacientes con sospecha de coccidioidomicosis, particularmente en pacientes inmunodeprimidos, sugerimos realizar pruebas de antígenos urinarios y séricos para ayudar a establecer el diagnóstico (recomendación condicional, evidencia de calidad moderada).

• En pacientes con sospecha de neumonía adquirida en la comunidad (NAC) del área endémica de coccidioidomicosis, sugerimos pruebas serológicas iniciales con seguimiento clínico cercano y pruebas seriadas (recomendación condicional, evidencia de calidad moderada ).

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782- Covid-19- Reactivos para diagnostico uso in vitro

Bruna Aparecida Souza Machado, Katharine Valéria Saraiva Hodel, Valdir Gomes Barbosa-Júnior, Milena Botelho Pereira Soares, Roberto Badaró. Shan-Lu Liu, Academic Editor. Los principales métodos moleculares y serológicos para el diagnóstico de COVID-19: una descripción general basada en la literatura. Viruses. 2021; 13(1): 40. SENAI Institute of Innovation (ISI) in Health Advanced Systems (CIMATEC ISI SAS), University Center SENAI/CIMATEC, Salvador, Bahia, Brazil

Resumen

Las pruebas diagnósticas han sido consideradas como la principal alternativa para el control de la enfermedad por coronavirus (COVID-19), causada por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), ya que un diagnóstico correcto permite tomar decisiones a la hora de afrontar la enfermedad, en particular porque hay una falta de suficientes vacunas y protocolos terapéuticos eficaces. Por lo tanto, en esta revisión, resumimos los principales enfoques de diagnóstico actualmente disponibles para el diagnóstico de la infección por SARS-CoV-2 en humanos según los estudios disponibles en las bases de datos de artículos. Las pruebas se pueden organizar en dos categorías principales: i) pruebas basadas en ácidos nucleicos, recomendadas para la detección inicial del virus, y ii) pruebas serológicas, recomendadas para evaluar la progresión de la enfermedad. Los estudios han demostrado que el rendimiento de los métodos de diagnóstico depende de diferentes factores, como el tipo de muestras y las características de cada ensayo. Se identificó que la positividad de las pruebas se relaciona principalmente con la aparición de síntomas. También observamos que los diagnósticos en el punto de atención se consideran una de las principales tendencias en esta área, debido al bajo costo y la simplicidad del ensayo; sin embargo, el desempeño analítico debe ser analizado críticamente. Por lo tanto, la pandemia de COVID-19 ha puesto de relieve el papel fundamental de las tecnologías de diagnóstico en el control de enfermedades infecciosas.

1. Introducción

La batalla contra las enfermedades infecciosas causadas por microorganismos, particularmente virus, sigue siendo una tarea desafiante e interminable a pesar de las enormes fuerzas y los importantes avances en la salud pública de diferentes partes del mundo. Debido a los avances de la medicina, varios investigadores y científicos creían que la batalla de la humanidad contra los agentes infecciosos estaba prácticamente terminada, con la humanidad como ganadora. Sin embargo, los repetidos brotes de las últimas dos décadas, incluidos coronavirus, influenza aviar y chikungunya, han demostrado la prematuridad de esa posición. 

Recientemente, a fines de 2019, se informó de una nueva enfermedad respiratoria de rápida propagación en Wuhan, en la provincia china de Hubei, y ahora ha afectado a más de 216 países en todo el mundo. Los datos completos del genoma viral sugirieron que la enfermedad es causada por un nuevo virus de ARN relacionado con la familia Coronaviridae , que luego fue designado como síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Posteriormente, la enfermedad se denominó enfermedad por coronavirus nuevo (COVID-19).

Los coronavirus (CoV) son virus de ARN de sentido positivo, esféricos, con envoltura, no segmentados y de gran tamaño (100-160 nm), que se sabe que se distribuyen ampliamente en humanos y otros mamíferos. El genoma de CoVs es el genoma viral de ARN más grande, con una longitud de entre 26 y 32 kb. Por lo general, dos tercios del ARN genómico codifica dos grandes poliproteínas superpuestas, el marco de lectura abierto (ORF) 1a y ORF1b, que se procesan en la polimerasa viral (RdRp) y otras proteínas no estructurales (Nsps) involucradas en la síntesis de ARN o la modulación de la respuesta del huésped. El otro tercio del genoma codifica cuatro proteínas estructurales (pico (S), envoltura (E), membrana (M) y nucleocápside (N) y otras proteínas accesorias (3a, 3b, p6, 7a, 7b, 8b, 9b y ORF14).

El análisis filogenético de todo el genoma indicó que el SARS-CoV-2 comparte una identidad de secuencia del 80% y 50% con el SARS-CoV y el coronavirus del síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS-CoV), respectivamente, que son otros coronavirus importantes que fueron responsables de endemias anteriores. Además, el SARS-CoV-2 presenta más del 90% de identidad de secuencia para enzimas esenciales y proteínas estructurales, lo que indica un mecanismo de patogénesis común y, por lo tanto, un objetivo terapéutico común con estos virus.

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ANMAT: Reactivos de Uso in Vitro para COVID-19 que se encuentran autorizados  en el marco de la emergencia sanitaria

Lista actualizada al 3 de junio de 2021  

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781- Covid-19: nuevas variantes

David Adam. Editor Nature  News  article 24 May 2021. Lo que saben los científicos sobre las nuevas variantes de coronavirus de rápida propagación.

Sigue habiendo preguntas clave sobre la rapidez con la que se pueden propagar las variantes de B.1.617, su potencial para evadir la inmunidad y cómo podrían afectar el curso de la pandemia.

Desde que la variante SARS-CoV-2 conocida como B.1.617 se informó por primera vez en la India a fines del año pasado, se ha extendido a docenas de otros países, incluidos los Estados Unidos, Singapur y el Reino Unido, donde se ha vuelto dominante en algunas regiones. .

Desde entonces, los investigadores han identificado tres subtipos, conocidos como B.1.617.1 (el B.1.617 'original'), B.1.617.2 y B.1.617.3, cada uno con una estructura genética ligeramente diferente.

Ahora se apresuran a investigar estas variantes y averiguar cómo podrían afectar la trayectoria de la pandemia en los países donde se han afianzado. Quedan preguntas clave sobre la rapidez con la que se pueden propagar las variantes, su potencial para evadir la inmunidad y si causan una enfermedad más grave.

Gran parte de esta investigación adopta la forma de epidemiología estándar: confirma los casos de COVID-19 mediante pruebas, identifica las variantes responsables de las infecciones y hace referencias cruzadas de estos datos con los síntomas clínicos y los estados de vacunación de las personas. Los científicos también pueden obtener conocimientos de los datos de secuenciación genómica, identificando qué mutaciones están presentes en los subtipos B.1.617 y comparándolas con mutaciones en variantes anteriores cuyo comportamiento se comprende mejor.

Más transmisible

“Observo las mutaciones individuales porque cada una tiene propiedades individuales que creemos que pueden conferir una mayor transmisibilidad”, dice Julian Tang, virólogo consultor en Leicester Royal Infirmary, Reino Unido. Una mayor transmisibilidad, una medida de la rapidez con la que las variantes se pueden propagar de una persona a otra, podría acelerar los brotes, lo que podría ejercer más presión sobre los sistemas de atención médica y contramedidas como los programas de vacunación. Por ejemplo, la variante B.1.617.2 tiene mutaciones llamadas 452R y 478K, que según Tang están vinculadas a una mayor transmisibilidad. Ambas mutaciones alteran la proteína pico, que el virus usa para ingresar a las células humanas.

Los investigadores también han podido rastrear rápidamente la propagación de B.1.617.2 porque su genoma contiene un marcador del que carece la variante B.1.1.7 dominante. La presencia de este marcador, conocido como el 'objetivo del gen S', se puede ver en los resultados de algunas de las pruebas de PCR utilizadas para confirmar los casos de COVID-19, por lo que los investigadores pueden utilizar los resultados positivos del objetivo S como un proxy para rápidamente mapear la dispersión de B.1.617.2, sin necesidad de secuenciar completamente las muestras. Tanto las pruebas del gen S como los datos de secuenciación más detallados de las muestras de virus del Reino Unido indican que B.1.617.2 está superando a los otros dos subtipos B.1.617 y reemplazando a B.1.1.7, una variante identificada en el sureste de Inglaterra a fines de 2020 la variante más común que genera nuevas infecciones en el país...........

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780- COVID-19 : buscando nuevos marcadores

Editor, Smriti Mallapaty. Los científicos se concentran en el marcador buscado durante mucho tiempo sobre la eficacia de la vacuna COVID.  Nature  News  21 May 2021

Los datos de siete ensayos de vacunación ayudan a identificar un marcador sanguíneo para la protección contra la enfermedad 

Una vez que las personas han sido vacunadas contra COVID-19, según un modelo computacional los niveles de anticuerpos que bloquean la infección en su sangre son un fuerte indicador de cuánta protección han obtenido contra la enfermedad, . La investigación mostró que la presencia de incluso pequeñas cantidades de estos potentes "anticuerpos neutralizantes" indica que una vacuna es eficaz para proteger contra COVID-19. 

El estudio es el mejor intento hasta ahora para definir las características de la respuesta inmune que pueden actuar como un sustituto de la protección contra COVID-19, conocido como un "correlato de protección", dice Daniel Altmann, inmunólogo del Imperial College of London. “Encontrar el correlato de protección ha sido realmente un santo grial para esta enfermedad, como para otras. Es sorprendente lo difícil que es hacerlo".

Si los investigadores tienen un correlato de protección bien definido, pueden predecir a partir de los datos de los primeros ensayos qué tan efectiva será una vacuna, dice James Triccas, microbiólogo médico de la University of Sydney en Australia y coautor del estudio. Esto "alivia la necesidad de realizar ensayos de fase III más grandes, más costosos y que requieren más tiempo".

Triccas y sus colegas examinaron datos de anticuerpos neutralizantes de ensayos de siete vacunas ampliamente utilizadas. El equipo encontró un fuerte vínculo entre los niveles de anticuerpos de los participantes registrados en los ensayos en etapa inicial y los resultados de eficacia de la vacuna de los ensayos en etapa tardía. Los investigadores estiman que una vacuna tiene una eficacia del 50% incluso si induce niveles de anticuerpos un 80% más bajos que los encontrados, en promedio, en una persona que se ha recuperado del COVID-19.

Las vacunas que generaron las respuestas de anticuerpos neutralizantes más fuertes, como las vacunas basadas en ARNm fabricadas por Moderna y Pfizer-BioNTech, fueron las más protectoras. Las vacunas que indujeron una respuesta más débil, que incluyó el Oxford-AstraZeneca, proporcionaron niveles más bajos de protección. Los investigadores predicen que debido a que los niveles de anticuerpos disminuyen con el tiempo, es posible que se necesiten inyecciones de refuerzo en aproximadamente un año, pero la protección contra enfermedades graves podría durar muchos años incluso sin ellas.

Los hallazgos ayudan a explicar por qué, a pesar de que los estudios muestran que algunas variantes del coronavirus SARS-CoV-2 reducen la capacidad de neutralizar los anticuerpos para bloquear la infección, a la mayoría de las personas que se han vacunado, incluso con una sola dosis, no les va tan mal si está infectado con esas variantes, dice Altmann. "Incluso los niveles bajos de anticuerpos, más bajos de lo que pensamos, probablemente te ayudarán".

Se necesitan más estudios para precisar qué células o moléculas determinan el nivel de protección, dice Dan Barouch, del Center for Virology and Vaccine Research en el  Beth Israel Deaconess Medical Center, Boston, Massachusetts. . Esto podría diferir según la tecnología de la vacuna, .

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(*) Una vez que esta en la pagina del articulo, pulsando el botón derecho puede acceder a su  traducción al idioma español. Este blog de bioquímica-clínica está destinado a profesionales bioquímicos y médicos; la información que contiene es de actualización y queda a criterio y responsabilidad de los mencionados profesionales, el uso que le den a la misma. Las páginas de este blog , se renuevan dentro de 2 días en forma automática. Cordiales saludos. 

Dr. Anibal E. Bagnarelli,

Bioquímico-Farmacéutico-UBA.

Ciudad de Buenos Aires, R. Argentina

779- Serologia de la toxoplasmosis

Rochelle Haidee D. Ybañez,  Adrian P. Ybañez, Yoshifumi Nishikawa. Revisión sobre las tendencias actuales del serodiagnóstico de toxoplasmosis en humanos. Front Cell Infect Microbiol. 2020; 10: 204. National Research Center for Protozoan Diseases, Obihiro University of Agriculture and Veterinary Medicine, Obihiro, Japan.

Resumen

La toxoplasmosis es una infección zoonótica de amplia distribución causada por el parásito apicomplexano intracelular obligado Toxoplasma gondii . Se transmite principalmente a través de la ingestión de ooquistes desprendidos por un gato infectado que actúa como su huésped definitivo. La clave para el control y el tratamiento eficaces de la toxoplasmosis es la detección rápida y precisa de T. gondiiinfección. Se han establecido varios métodos de diagnóstico de laboratorio, incluidos los ensayos serológicos más utilizados como la prueba de colorante (DT), prueba de aglutinación directa o modificada (DAT/MAT), prueba de hemaglutinación indirecta (IHA), prueba de aglutinación de látex (LAT), prueba de aglutinación indirecta prueba de inmunofluorescencia (IFAT), pruebas de inmunoabsorción ligada a enzimas (ELISA), pruebas inmunocromatográficas (ICT) y western blot. No obstante, la creación de enfoques específicos y fiables para el serodiagnóstico de T.gondiiin, y diferenciar entre las fases aguda y crónica de la infección sigue siendo un desafío. Esta revisión proporciona información sobre las tendencias actuales en el serodiagnóstico de la toxoplasmosis humana. Destaca las ventajas del uso de proteínas recombinantes para pruebas serológicas y proporciona información sobre la posible dirección futura de estos métodos.

Introducción

La toxoplasmosis es una infección zoonótica de amplia distribución causada por el parásito apicomplexano intracelular obligado Toxoplasma gondii. El T. gondii infecta a los seres humanos y a casi todos los animales de sangre caliente, por lo que es uno de los parásitos importantes que afectan la salud pública y la producción animal. Se transmite principalmente a través de la ingestión de ooquistes desprendidos por un gato infectado como hospedador definitivo. 

La toxoplasmosis afecta aproximadamente a un tercio de la población humana mundial. Sin embargo, generalmente es asintomático en individuos inmunocompetentes o puede manifestar síntomas similares a los de la gripe y otros signos clínicos inespecíficos. La enfermedad puede incluso ser grave o mortal en pacientes inmunodeprimidos . La transmisión vertical del parásito a través de la placenta de la madre infectada puede comprometer la vida del feto y de las madres infectadas . La clave para el control y el tratamiento eficaces de la toxoplasmosis depende de la detección precisa de la infección por T. gondii. 

La utilización de métodos de diagnóstico altamente sensibles y específicos es un paso vital en la prevención y el tratamiento de la enfermedad.  Debido a la falta de especificidad de los signos clínicos, el diagnóstico de la infección por T. gondii no se puede realizar mediante la evaluación de las manifestaciones clínicas. El diagnóstico de T. gondii para pacientes inmunodeprimidos generalmente se realiza mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), ensayos de hibridación, aislamiento y análisis histológico. Para los casos congénitos, el diagnóstico se realiza mediante la detección directa del organismo mediante inoculación en ratón, cultivo celular o PCR a partir de muestras extraídas de líquido amniótico, líquido cefalorraquídeo, sangre y orina  y mediante exámenes oftalmológicos y radiológicos. 

Sin embargo, la forma más común de infección por T. gondii es latente, en la que los parásitos generalmente no se encuentran en la circulación, y el aislamiento de los parásitos es particularmente desafiante). Pero como el T. gondii induce una respuesta inmune humoral intensa y a menudo persistente con títulos de anticuerpos detectables, independientemente de las manifestaciones clínicas en los individuos infectados, las pruebas serológicas que detectan respuestas de anticuerpos específicas son necesarias. 

A lo largo de los años, se han establecido varios métodos serológicos para el diagnóstico de la toxoplasmosis y muchos han arrojado resultados satisfactorios. Sin embargo, el desarrollo de enfoques específicos y fiables para el serodiagnóstico de la infección por T. gondii , que idealmente podría diferenciar entre las fases aguda y crónica de la infección, sigue siendo muy complicado. Esta revisión ofrece conocimientos actualizados sobre las tendencias actuales en el serodiagnóstico de la toxoplasmosis humana. Destaca las ventajas del uso de proteínas recombinantes para pruebas serológicas. Además, también se proporciona información sobre la posible dirección futura de estos métodos.

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778- Diagnóstico de Chagas

Fernando Abad-Franch. Editor Pierre Buekens. Diagnóstico y evaluación de la curación de la enfermedad de Chagas: jerarquizar formalmente un problema naturalmente jerárquico. PLoS Negl Trop Dis. 2020; 14(10): e0008751.  Núcleo de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina, Universidade de Brasília, Brazil. Tulane University, USA

Detección de patógenos en hosts infectados: una cuenta informal

En un artículo reciente de Viewpoint, Alonso-Padilla y sus colegas discuten las dificultades de clasificar con seguridad a un paciente con enfermedad de Chagas como "curado", o con "cura", definida como la "eliminación de los parásitos Trypanosoma cruzi del cuerpo del paciente después del tratamiento".  Este es, por supuesto, un caso particular de un problema mucho más general: los médicos deben clasificar con seguridad a los sujetos como infectados o no con un patógeno para tomar decisiones clínicas, comprender la epidemiología de las enfermedades infecciosas y medir los efectos de las intervenciones terapéuticas o preventivas. .

Sin embargo, la detección de patógenos en los cuerpos infectados no suele ser fácil. Un revés común es que el patógeno puede estar presente en algunas partes del cuerpo del sujeto (por lo que el sujeto está infectado ), pero ausente de la muestra específica utilizada para la prueba, digamos, una gota de sangre. En el caso de la enfermedad de Chagas, el T. cruzi está de hecho ausente del torrente sanguíneo de los sujetos infectados la mayor parte del tiempo, particularmente en la fase crónica, y los parásitos del torrente sanguíneo deberían volverse aún más raros después de que los pacientes tomen medicamentos para matar parásitos. Un resultado negativo de la prueba cuando el patógeno objetivo no estaba disponible para la detección en la muestra analizada difícilmente puede verse como un falso negativo "verdadero"; la prueba dio el resultado correcto a nivel de la muestra, a pesar de que el sujeto estaba infectado. 

Tenga en cuenta que el "objetivo" de detección puede ser el propio patógeno o un biomarcador sustituto, ya sea derivado de un patógeno, como proteínas o ácidos nucleicos, o derivado del huésped, como los anticuerpos.También producen un resultado negativo a pesar de que el objetivo está presente, y por lo tanto disponible para detección , en una muestra dada de un sujeto infectado; esto califica como un verdadero falso negativo. En la práctica, cualquier prueba puede no detectar un patógeno objetivo (o biomarcador) que está presente en una muestra porque todas las pruebas tienen una sensibilidad imperfecta (<1.0). Finalmente, una prueba puede arrojar un resultado positivo a partir de una muestra que no contenía el objetivo. Esto refleja el problema general de la especificidad de la prueba imperfecta. 

En lo que sigue, me centraré en la disponibilidad del objetivo y la sensibilidad de la prueba asumiendo temporalmente una especificidad del 100%; aunque es difícil de garantizar incluso con las mejores prácticas de muestreo y laboratorio, la especificidad puede ser cercana al 100% para la determinación directa de la presencia de patógenos (por ejemplo, a través de métodos parasitológicos basados ​​en microscopía, cultivo o xenodiagnóstico) y para algunas pruebas basadas en ADN (por ejemplo, usando PCR o amplificación isotérmica). Revisaré la especificidad imperfecta al final de mi argumento.......

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777- Neurocisticercosis-Taenia solium

Héctor H. García , Seth E. O'Neal , John Noh , Sukwan Handali, Colleen Suzanne Kraft, . Diagnóstico de laboratorio de neurocisticercosis (Taenia solium). J Clin Microbiol. 2018 Sep; 56 (9): e00424-18. Unidad de Cisticercosis, Instituto Nacional de Ciencias Neurológicas, Lima, Perú y Emory University, Atlanta-USA 

Resumen

La neurocisticercosis representa aproximadamente el 30% de todos los casos de epilepsia en la mayoría de los países en desarrollo. El inmunodiagnóstico de la cisticercosis es complejo y está muy influenciado por el curso de la infección, la carga de la enfermedad, la ubicación del quiste y la respuesta inmunitaria del huésped. Por tanto, el enfoque principal del inmunodiagnóstico debería consistir en evaluar si los resultados serológicos concuerdan con el diagnóstico sugerido por las imágenes. La detección de anticuerpos se realiza utilizando antígenos de parásitos purificados con lectina de lentejas en un formato de transferencia de inmuno-electrotransferencia ligado a enzimas, mientras que la detección de antígenos utiliza un ensayo de inmuno-absorción ligado a enzimas (ELISA) basado en anticuerpos monoclonales. Se han desarrollado nuevas configuraciones de ensayo prometedoras para la detección tanto de anticuerpos como de antígenos,

Introducción

La Taenia solium, o  tenia del cerdo, es endémica en la mayoría de los países en desarrollo donde se crían cerdos. La coexistencia de la cría de cerdos domésticos y las malas condiciones sanitarias permite el establecimiento del ciclo de vida del parásito, en el que los cerdos se infectan con la etapa quística larvaria (cisticerco) al ingerir huevos infecciosos de Taenia excretados en las heces de un ser humano portador de la tenia intestinal adulta. Los seres humanos, a su vez, se infectan con la etapa adulta de tenia al ingerir quistes en carne de cerdo mal cocida. Los seres humanos también pueden albergar la etapa larvaria y adquirir cisticercosis por contaminación fecal-oral. Si bien los quistes en la mayoría de los tejidos son asintomáticos y rara vez se notan, los quistes en el sistema nervioso (neurocisticercosis [NCC]) son una causa importante de epilepsia y otras morbilidades neurológicas en regiones de endemicidad. Los casos de NCC se observan en regiones donde no es endémica con una frecuencia cada vez mayor debido a los viajes y la migración. En los Estados Unidos, se estima que ocurren más de 1,800 hospitalizaciones relacionadas con NCC por año. Los costos de hospitalización por cisticercosis superan los de la malaria y todas las demás enfermedades tropicales desatendidas combinadas .

Infección por Cisticercosis

Se sabe muy poco sobre la evolución habitual de las infecciones por cisticercosis humana. En el modelo porcino, los embriones contenidos en los huevos de tenia ingeridos se liberan, atraviesan la mucosa intestinal, migran a través del sistema circulatorio y se convierten en cisticercos que alcanzan su tamaño definitivo en 3 a 4 meses. Los cisticercos se encuentran típicamente en el tejido muscular y subcutáneo y con menos frecuencia en el sistema nervioso. No hay razón para sospechar que este proceso inicial sea diferente en humanos que en cerdos.

Neurocisticercosis

En general, se acepta que, aunque la cisticercosis humana afecta a múltiples tejidos, el sistema inmunológico del huésped suele destruir el parásito y sobrevive principalmente en sitios inmunológicamente privilegiados como el cerebro o el ojo. Es más probable que la infección del sistema nervioso produzca síntomas prominentes y, por lo tanto, es más probable que se diagnostique que las infecciones de otros tejidos. A pesar de esto, la mayoría de las infecciones permanezcan sin diagnosticar durante meses o años. La evidencia de una gran serie de casos de NCC ocurridos en soldados británicos que sirvieron en la India durante un período definido demostró que en una proporción significativa de casos, los síntomas neurológicos se presentan años después de la infección.

El proceso por el cual los embriones invaden el sistema nervioso central no se ha dilucidado claramente. Sin embargo, una vez que se establece la infección, la evolución de los cisticercos en el sistema nervioso humano sigue un curso algo predecible. Los quistes cerebrales intraparenquimatosos viables se convierten en vesículas redondeadas compuestas por una fina membrana parasitaria llena de un líquido claro similar al líquido cefalorraquídeo y que contiene una cabeza de tenia retraída (escólex). 

Existe evidencia de que el parásito emplea múltiples mecanismos de evasión inmunitaria activa para evitar el reconocimiento. La inflamación periquística en esta etapa inicial es mínima o inexistente. En algún momento, el sistema inmunológico del huésped detecta el parásito y lanza una respuesta celular con inflamación perilesional local que conduce gradualmente a la muerte del quiste. El líquido dentro del quiste se vuelve turbio y denso, se encoge y el tejido parásito remanente finalmente se elimina o se reemplaza con una calcificación residual......

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776- Tipificacion de giardias

Adriana Higuera, Marina Muñoz, Myriam Consuelo López, Patricia Reyes, Plutarco Urbano, Oswaldo Villalobos, Juan David Ramírez. Desarrollo de un esquema de tipificación de secuencias multilocus para Giardia.  Genes (Basel). 2020; 11(7): 764. Grupo de Investigaciones Microbiológicas-UR (GIMUR), Departamento de Biología, Facultad de Ciencias Naturales, Universidad del Rosario, Colombia

Resumen

La Giardia intestinalis es un protozoo intestinal que se encuentra con mayor frecuencia en los seres humanos. Se ha agrupado en 8 ensamblajes (AH). Los marcadores como el gen de la glutamato deshidrogenasa, la triosa fosfato isomerasa y la beta-giardina (beta-giardina) se han utilizado ampliamente para la genotipificación. Además, se han propuesto diferentes dianas genéticas como una alternativa valiosa para evaluar la diversidad y genética de este microorganismo. Así, nuestro objetivo fue evaluar nuevos marcadores para el estudio de la diversidad y estructura genética intra-taxa de G. intestinalisin silico y en ADN obtenido de muestras de heces. Analizamos nueve genes constitutivos en 80 secuencias genómicas completas y en un grupo de 24 muestras de heces de Colombia. La diversidad alélica se evaluó por locus y para la secuencia concatenada de nueve loci que podían discriminar hasta 53 alelos. Las reconstrucciones filogenéticas nos permitieron identificar conjuntos de AI, AII y B. Encontramos evidencia de eventos de recombinación intra e interensamblaje. El análisis de la estructura de la población mostró una diferenciación genética entre los conjuntos analizados.

1. Introducción

La Giardia intestinalis (sinónimo G. lamblia , G. duodenalis ), un protozoo eucariota unicelular, es la causa más común de diarrea parasitaria en humanos en todo el mundo. Infecta aproximadamente al 2% de los adultos y entre el 6% y el 8% de los niños en los países desarrollados. Aproximadamente el 33% de las personas han tenido giardiasis en los países en desarrollo. La transmisión de este protozoo se considera tanto zoonótica como zooantroponótica, ya que está presente en animales domésticos y salvajes. La frecuencia de transmisión entre los huéspedes no está clara . Aún así, se sabe que existe un riesgo de propagación masiva.

Se han utilizado diferentes herramientas moleculares  y marcadores genéticos  con diferentes tasas de mutación para evaluar la variación inter e intraespecífica de G. intestinalis , basándose  principalmente en 3 loci: β-giardina, triosa-fosfato-isomerasa y glutamato deshidrogenasa. Estos loci apoyaron la identificación de ocho ensamblajes, denominados de la A a la H. Estos ensamblajes pueden ser específicos del anfitrión  y han permitido la determinación de los ensamblajes A y B como los más frecuentes , siendo el ensamblaje B el más común en humanos . El ensamblaje B también se asocia con una enfermedad más grave y prolongada y se considera el más virulento . También se han establecido subconjuntos, como AI, AII, AIII, BIII y BIV , utilizando los loci anteriores. Sin embargo, a pesar de su utilidad, estos marcadores de tipificación han producido resultados contradictorios o de baja resolución al identificar ensamblajes en algunas muestras.

Algunos autores han propuesto el estudio de nuevos genes , que, cuando se añaden a los marcadores utilizados habitualmente, podrían dilucidar mejor la diversidad intraespecífica, junto con la heterocigosidad de nucleótidos, la divergencia alélica e incluso los procesos de recombinación e intercambio inter/intragenético. Esta posibilidad se estudia mediante polimorfismos de un solo nucleótido y análisis filogenéticos e incluso genómica comparativa. Dichos análisis indican que los procesos sexuales o meióticos pueden promover la generación de cepas más virulentas o ampliar su rango de hospedadores. Además, la exploración de otros marcadores genéticos permitirá la caracterización de subconjuntos no claramente establecidos en el ensamblaje E y quizás otros, y proporcionará la información necesaria sobre las subestructuras de los ensamblajes C, D, F y G.

Es necesaria la evaluación de regiones adicionales del genoma de G. intestinalis para identificar nuevos marcadores para comprender su diversidad y evolución. Dichos marcadores deben poseer suficiente poder discriminatorio para establecer agrupaciones relacionadas con factores epidemiológicos. Por lo tanto, la investigación de nuevos marcadores debe centrarse en la detección y tipificación, y permitir inferencias adicionales sobre la reproducción, la evolución, el potencial zoonótico y la estructura de la población.

Hay pocos estudios disponibles sobre G. intestinalis que buscaran abordar marcadores genéticos adicionales. Sin embargo, generar análisis multilocus es esencial para comprender las características genéticas de las cepas circulantes en diferentes regiones geográficas y monitorear su evolución y adaptación. Dicho análisis fomentará el diseño de estrategias para reducir la incidencia de infecciones . En el presente estudio, evaluamos diferentes loci codificadores de enzimas constitutivas involucradas en vías metabólicas, como la glucólisis y el ciclo del ácido tricarboxílico (TCA), enfocados en identificar características genotípicas de G. intestinalis,  probando en secuencias de genoma completo (WGS) disponibles públicamente y posteriormente analizar estos marcadores en el ADN de muestras de heces de algunas regiones de Colombia. Nuestros nuevos marcadores propuestos son capaces de dilucidar la diversidad, la estructura de la población y los posibles eventos de recombinación entre y dentro de los ensamblajes de G. intestinalis .......

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Dr. Anibal E. Bagnarelli,

Bioquímico-Farmacéutico-UBA.

Ciudad de Buenos Aires, R. Argentina

11º Aniversario

Estimado/a  Colega,

El 15 de Mayo de 2010, inicie mis tareas en este blog y deseo celebrar su 11º Aniversario. Es un blog de actualización profesional destinado a colegas bioquímicos y médicos. Mi agradecimiento a todos sus lectores y en especial a la Asociación Bioquímica Argentina, que me honra al poner un link del mismo en su pagina Web. Solo me resta transcribir el contenidos de la pagina inicial donde me impuse los objetivos del mismo y que los he mantenido en el tiempo.          

...."Las nuevas técnicas de comunicación permiten poder escribir y transmitir inquietudes, sueños e ideales a otras personas que tienen similares o diferente punto de vista. El blog es una forma de hacerlo y lo que se expresa en ellos están fuera del control y el arbitrio de personas, grupos o instituciones de cualquier tipo y es exclusiva responsabilidad de su autor. Este  blog  está dedicado a Bioquímica Clínica y lo voy a desarrollar teniendo todo ello en cuenta. Adelanto que no me impondré límites en los temas que voy a tratar; serán tópicos de carácter científicos, técnicos, institucionales y habrá algunas publicaciones de mi autoría. Las páginas se renuevan automáticamente cada 3-5 días y será un placer compartir con ustedes lo que publique. También les agradeceré sus criticas y difusión"......
                                                                                                                       

Cordiales saludos. 

                                                                                           

Dr. Anibal E. Bagnarelli

Bioquímico-Farmacéutico, UBA. 
Ciudad de Buenos Aires, R. Argentina

                                                                                              

                                                                                                                                         

775- Invasión del huésped por amebas

Abigail Betanzos, Cecilia Bañuelos, Esther Orozco. Invasión del huésped por amebas patógenas: alteración epitelial por proteínas parasitarias. Genes (Basel). 2019; 10(8): 618. Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT), Mexico City, Mexico

Resumen

El epitelio representa la primera y más extensa línea de defensa contra patógenos, toxinas y agentes contaminantes en humanos. En general, los patógenos han desarrollado estrategias para superar esta barrera y utilizarla como entrada al organismo. La Entamoeba histolytica, Naegleria fowleri y el Acanthamoeba spp. son amebas principalmente responsables de disentería intestinal, meningo-encefalitis y queratitis, respectivamente. Estas amebas causan importantes tasas de morbilidad y mortalidad. Por lo tanto, la identificación, caracterización y validación de moléculas que participan en las interacciones huésped-parásito pueden proporcionar objetivos atractivos para intervenir oportunamente en el progreso de la enfermedad. En este trabajo presentamos un compendio de adhesinas, lectinas, proteasas, hidrolasas, quinasas y otras del parásito, que participan en eventos patogénicos clave. Se hace especial hincapié en el análisis de diversas moléculas y mecanismos implicados en la interacción de los parásitos con los receptores de la superficie epitelial, cambios en los marcadores de unión epitelial, implicaciones en la función de barrera, entre otros. Esta revisión permite la evaluación de la interacción inicial huésped-patógeno,

1. Introducción

Aproximadamente 15 millones de muertes anuales en todo el mundo están directamente relacionadas con enfermedades infecciosas. Las enfermedades desatendidas y las infecciones asociadas a la asistencia sanitaria, así como los patógenos nuevos y emergentes, son desafíos cada vez mayores . Por lo tanto, la investigación adicional debe abordar  lagunas existentes en el conocimiento de la biología de los parásitos, las interacciones huésped-parásito, los mecanismos de patogénesis, la evasión de la respuesta inmune del huésped y el desarrollo de parásitos fármaco-resistentes. La entrada de patógenos al huésped ocurre típicamente a través de cavidades naturales como la boca, ojos, nariz o aberturas genitales, o por heridas que rompen la barrera cutánea, en general cubiertas o revestidas por epitelios.

Los epitelios están formados por láminas de células fuertemente cohesivas, que cubren o recubren las superficies del cuerpo, como la piel, el intestino, la nariz y otras, y también funcionan como glándulas secretoras, como el tejido salival y el páncreas. Las funciones epiteliales se deben en gran medida a la disposición de las células, unidas firmemente entre sí mediante estructuras adhesivas, que anclan el cito-esqueleto de cada célula a sus vecinas y a los componentes de la matriz extracelular (MEC) subyacente o circundante . Estas estructuras adhesivas, conocidas como uniones intercelulares (IJ), se organizan principalmente en uniones estrechas (TJ), uniones adherentes (AJ) y desmosomas (DSM), y se localizan en la membrana celular lateral .

Las uniones estrechas son el contacto célula-célula más apicolateral y representan el primer desafío para los patógenos que penetran en el epitelio del huésped . Están compuestos de proteínas transmembrana (TM), como ocludina, claudinas y moléculas de adhesión de unión (JAM), que forman dimeros con sus proteínas equivalentes de las células vecinas; y por la placa citoplasmática, formada por proteínas de zonula occludens (ZOs), cingulina, guanilato quinasas asociadas a membrana con estructura de dominios invertidos y proteínas de partición defectuosa (PARs), que se unen al citoesqueleto de actina.  

Las uniones estrechas regulan el flujo de macromoléculas e iones a través de la ruta paracelular y también mantienen la polarización de lípidos y proteínas en la membrana plasmática. Detrás de los TJ, se encuentran AJ y DSM. Dan fuerza al epitelio y lo preservan como una valla fuerte y selectiva contra patógenos y compuestos dañinos. Las uniones adherentes mantienen la integridad de las TJ y la homeostasis tisular. Algunas proteínas AJ (afadina, nectina y β-catenina) participan en la señalización intracelular y la regulación transcripcional. Otros, como las glicoproteínas TM de la superfamilia cadherina (E-cadherina), tienen colas citoplasmáticas que se unen a cateninas, que interactúan con el citoesqueleto de actina, dando una actividad adhesiva completa a las células. Los desmosomas mantienen la integridad del epitelio mediante fuertes enlaces extracelulares unidos a los filamentos intermedios. También están constituidos por cadherinas (desmogleína y desmocolina) que establecen la interfaz adhesiva de estas estructuras e interactúan con las proteínas de la placa (desmoplaquina, placofilina y placoglobina) para permitir el contacto con proteínas intermedias de enlace de filamentos .

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774- Gestión de riesgos en el laboratorio clínico

Sarah W Njoroge, James H Nichols. Gestión de riesgos en el laboratorio clínico. Ann Lab Med. 2014 Jul; 34(4): 274–278. Department of Pathology, Microbiology, and Immunology, Vanderbilt University School of Medicine, Nashville, TN, USA.

Resumen

Las pruebas de laboratorio clínico juegan un papel integral en la toma de decisiones médicas y, como tales, deben ser confiables y precisas. Desafortunadamente, ninguna prueba o dispositivo de laboratorio es infalible y pueden ocurrir errores en las fases preanalítica, analítica y posanalítica de la prueba. Por lo tanto, evaluar las posibles condiciones que podrían conducir a errores y describir los pasos necesarios para detectar y prevenir errores antes de que causen daños al paciente es una parte importante de las pruebas de laboratorio. Esto se puede lograr mediante la práctica de la gestión de riesgos. EP23-A es una nueva directriz del CLSI que introduce los principios de gestión de riesgos en el laboratorio clínico. Esta guía toma prestados conceptos de la industria manufacturera y alienta a los laboratorios a desarrollar planes de gestión de riesgos que aborden los riesgos específicos inherentes a cada laboratorio. Una vez que se han identificado los riesgos, el laboratorio debe implementar procesos de control y monitorearlos y modificarlos continuamente para asegurarse de que el riesgo se mantenga en un nivel clínicamente aceptable. Esta revisión resume los principios de la gestión de riesgos en el laboratorio clínico y describe varias actividades de control de calidad empleadas por el laboratorio para lograr el objetivo de informar resultados de pruebas válidos, precisos y confiables.

Introducción 

Según la International Organization for Standardization (ISO) 14.971, la gestión de riesgos se describe como la aplicación sistemática de políticas, procedimientos y prácticas de gestión a las tareas de análisis, evaluación, control y seguimiento del riesgo. Es un proceso que implica anticipar lo que podría salir mal (errores), evaluar la frecuencia de ocurrencia de estos errores, así como las consecuencias o severidad del daño que causan y finalmente qué se puede hacer para reducir el riesgo de daño potencial a un nivel aceptable. La práctica de la gestión de riesgos se emplea habitualmente en las industrias aeroespacial y automotriz, donde los productos manufacturados se someten a rigurosas evaluaciones de riesgo antes de que estén disponibles para el público. Del mismo modo los fabricantes de dispositivos de diagnóstico in vitro (IVD) siguen protocolos de gestión de riesgos para determinar el mejor uso de sus dispositivos y luego describen las limitaciones e interferencias que pueden afectar a los dispositivos en los prospectos o manuales de usuario. La gestión de riesgos, sin embargo, es un concepto nuevo para los laboratorios clínicos. Debido a que la mayoría de las normas y directrices sobre gestión de riesgos están dirigidas a los fabricantes, existen pocos recursos sobre gestión de riesgos para los laboratorios clínicos. No obstante, los directores de laboratorio clinico pueden tomar prestados los principios industriales de la gestión de riesgos para reducir los errores en los mismos. Algunas directrices recientes, como el documento "Risk management techniques to identify and control error sources"  o el CLSI Guideline EP23-A, "Laboratory quality control based on risk management", introducen la gestión de riesgos en el laboratorio clínico. El propósito de esta revisión es destacar cómo se pueden utilizar los principios de gestión de riesgos en el laboratorio clínico para prevenir errores y minimizar el daño a los pacientes.

Definición del riesgo

Las pruebas de laboratorio de muestras de pacientes son un proceso complejo. Los errores pueden ocurrir en cualquier punto del proceso de prueba. Por lo tanto, los laboratorios deben tomar medidas para garantizar que se produzcan resultados fiables y precisos. El laboratorio debe examinar sus procesos en busca de debilidades o peligros donde puedan ocurrir errores y tomar acción para detectar y prevenir errores antes de que afecten los resultados de la prueba. Esto se puede hacer mapeando el proceso de prueba o siguiendo una muestra a través de las etapas de prueba preanalítica, analítica y posanalítica y examinando cada paso en el proceso para detectar el riesgo de peligros potenciales. El riesgo se define como la posibilidad de sufrir o sufrir daños o pérdidas. El riesgo puede estimarse mediante una combinación de la probabilidad de que ocurra un daño y la gravedad de ese daño. Existe un espectro de riesgo desde muy bajo hasta muy alto, y nunca se puede lograr un riesgo cero. Los eventos que ocurren con mayor frecuencia presentan un mayor riesgo y los eventos que causan un daño mayor son de mayor riesgo. Por lo tanto, nuestra función como directores de laboratorio es gestionar el riesgo en el laboratorio a un nivel clínicamente aceptable, un nivel que sea aceptable para nuestros médicos, nuestros pacientes y nuestra administración. El riesgo es esencialmente la probabilidad de que ocurra un error en el laboratorio que podría provocar daños. Un paciente puede sufrir daños, pero también pueden ser asumidos por el técnico, el director del laboratorio, el médico e incluso la organización del hospital como consecuencia de un error de laboratorio. El riesgo también se puede estimar a través de la detectabilidad, que tiene como objetivo detectar y prevenir errores antes de que salgan del laboratorio y toquen a un paciente.............

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Dr. Anibal E. Bagnarelli,

Bioquímico-Farmacéutico-UBA.

Ciudad de Buenos Aires, R. Argentina